174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3175 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  76.41 
 
 		 570 aa  902    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  79.23 
 
 		 570 aa  927    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  100 
 
 		 566 aa  1162    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  48.33 
 
 		 562 aa  485  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  46.94 
 
 		 559 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  46.85 
 
 		 561 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  35.47 
 
 		 997 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  32.76 
 
 		 571 aa  209  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6126  putative outer membrane protein  30.35 
 
 		 577 aa  206  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  39.34 
 
 		 578 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7000  hypothetical protein  30.72 
 
 		 583 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.000000122606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  33.33 
 
 		 243 aa  104  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  36.59 
 
 		 243 aa  103  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  33.58 
 
 		 242 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  32.34 
 
 		 240 aa  100  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.08 
 
 		 236 aa  100  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  33.46 
 
 		 236 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  31.72 
 
 		 251 aa  99.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  31.66 
 
 		 209 aa  95.9  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  32.45 
 
 		 254 aa  95.5  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  33.48 
 
 		 238 aa  94.7  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  28.46 
 
 		 240 aa  94.7  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  34.11 
 
 		 652 aa  94.4  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  35.56 
 
 		 255 aa  94  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  30.34 
 
 		 237 aa  94  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  30.94 
 
 		 261 aa  92.8  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  32.65 
 
 		 225 aa  92.8  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  36.45 
 
 		 452 aa  91.7  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  32.92 
 
 		 232 aa  90.5  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  28.46 
 
 		 240 aa  89.7  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  30.94 
 
 		 237 aa  89.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  32.08 
 
 		 447 aa  89.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  32.23 
 
 		 251 aa  88.2  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  32.57 
 
 		 244 aa  87.4  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  30.77 
 
 		 453 aa  87.4  7e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  35.86 
 
 		 638 aa  85.1  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  29.63 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  32.17 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  32.64 
 
 		 254 aa  83.6  0.000000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  28.57 
 
 		 243 aa  83.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  34.62 
 
 		 645 aa  83.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  31.35 
 
 		 237 aa  83.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  29.96 
 
 		 241 aa  82  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  35.32 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  33.83 
 
 		 689 aa  80.9  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  29.44 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  31.95 
 
 		 251 aa  80.5  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  28.46 
 
 		 255 aa  79.7  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  32.31 
 
 		 240 aa  80.1  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  33.18 
 
 		 236 aa  79.7  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  33.62 
 
 		 241 aa  79.3  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  26.42 
 
 		 258 aa  79  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  28.51 
 
 		 257 aa  79.3  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  29.37 
 
 		 246 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  31.12 
 
 		 235 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  33.98 
 
 		 662 aa  78.2  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  30.71 
 
 		 241 aa  78.2  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  30 
 
 		 237 aa  78.2  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  32.97 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  31.05 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  30.13 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  33.51 
 
 		 239 aa  77  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.33 
 
 		 661 aa  76.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  30.15 
 
 		 724 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  32.19 
 
 		 279 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  31.34 
 
 		 670 aa  76.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  28.41 
 
 		 251 aa  75.9  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.43 
 
 		 206 aa  75.1  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.39 
 
 		 206 aa  75.5  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  30.63 
 
 		 193 aa  75.1  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  35.45 
 
 		 207 aa  75.5  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  28.25 
 
 		 245 aa  74.7  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  28.76 
 
 		 449 aa  73.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  29.1 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  29.81 
 
 		 449 aa  73.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  31.48 
 
 		 247 aa  72.4  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  31.46 
 
 		 454 aa  72  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  28.57 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.85 
 
 		 207 aa  71.2  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  27.78 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  31.38 
 
 		 236 aa  70.1  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  33.49 
 
 		 206 aa  70.1  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  29.19 
 
 		 234 aa  69.3  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  34.92 
 
 		 598 aa  68.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  30.77 
 
 		 708 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  30.39 
 
 		 234 aa  67.8  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  26.48 
 
 		 283 aa  67.8  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  30.22 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  28.04 
 
 		 230 aa  67  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  28.04 
 
 		 230 aa  67  0.0000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  30.05 
 
 		 665 aa  67  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  29.89 
 
 		 248 aa  66.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  28.67 
 
 		 693 aa  66.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4777  porin  32.89 
 
 		 243 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  29.03 
 
 		 692 aa  65.9  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  30.13 
 
 		 255 aa  65.9  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  34.13 
 
 		 710 aa  65.5  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  30 
 
 		 703 aa  64.7  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  30.97 
 
 		 229 aa  65.1  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  29.1 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>