More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3172 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 533 aa  1063    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  84.99 
 
 		 532 aa  922    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  92.87 
 
 		 533 aa  975    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  88.76 
 
 		 534 aa  955    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  92.68 
 
 		 533 aa  972    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  86.12 
 
 		 533 aa  939    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  84.43 
 
 		 533 aa  924    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  59.22 
 
 		 535 aa  631  1e-179  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  60.11 
 
 		 856 aa  629  1e-179  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  56.45 
 
 		 535 aa  598  1e-169  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  56.37 
 
 		 856 aa  589  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  57.64 
 
 		 531 aa  582  1.0000000000000001e-165  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  55.37 
 
 		 532 aa  580  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  55.58 
 
 		 534 aa  553  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  54.04 
 
 		 534 aa  545  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  54.48 
 
 		 534 aa  547  1e-154  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  52.85 
 
 		 533 aa  535  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  52.56 
 
 		 532 aa  523  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  52.56 
 
 		 532 aa  523  1e-147  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  50.56 
 
 		 853 aa  501  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  50.35 
 
 		 556 aa  497  1e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  47.77 
 
 		 554 aa  477  1e-133  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  48.21 
 
 		 554 aa  474  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  47.86 
 
 		 554 aa  470  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  45.79 
 
 		 531 aa  467  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  50.29 
 
 		 845 aa  461  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  46.03 
 
 		 537 aa  459  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  47.34 
 
 		 554 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  50.1 
 
 		 844 aa  458  1e-127  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  47.71 
 
 		 554 aa  455  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  49.05 
 
 		 844 aa  456  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  47.71 
 
 		 554 aa  455  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  44.86 
 
 		 532 aa  455  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.67 
 
 		 848 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.33 
 
 		 849 aa  452  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  48.54 
 
 		 839 aa  446  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  46.01 
 
 		 535 aa  438  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.94 
 
 		 846 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.59 
 
 		 844 aa  429  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  43.88 
 
 		 525 aa  429  1e-119  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.4 
 
 		 846 aa  428  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  44.28 
 
 		 551 aa  415  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  44.38 
 
 		 834 aa  409  1e-113  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  44.51 
 
 		 533 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  42.62 
 
 		 533 aa  403  1e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  42.37 
 
 		 530 aa  404  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  42.27 
 
 		 524 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  40.89 
 
 		 532 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  44.88 
 
 		 632 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  41.65 
 
 		 532 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  44.49 
 
 		 632 aa  396  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  40.66 
 
 		 843 aa  392  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  45.42 
 
 		 632 aa  395  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  42.8 
 
 		 530 aa  395  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  42.26 
 
 		 533 aa  391  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  41.44 
 
 		 534 aa  384  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  44.34 
 
 		 625 aa  385  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  44.97 
 
 		 636 aa  382  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  42.78 
 
 		 533 aa  381  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  43.32 
 
 		 594 aa  380  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  43.32 
 
 		 594 aa  380  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  41.04 
 
 		 531 aa  377  1e-103  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  43.95 
 
 		 640 aa  373  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  44.49 
 
 		 626 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  43.48 
 
 		 621 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1174  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.16 
 
 		 858 aa  365  1e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149804  normal  0.102864 
 
 
-
 
NC_002978  WD0086  preprotein translocase subunit SecD  41.1 
 
 		 501 aa  363  3e-99  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.509625  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  43.9 
 
 		 633 aa  362  1e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  40.78 
 
 		 533 aa  361  2e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  42.86 
 
 		 609 aa  361  2e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  40.41 
 
 		 530 aa  360  4e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  39.92 
 
 		 532 aa  358  1.9999999999999998e-97  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1106  preprotein translocase subunit SecD  39.45 
 
 		 505 aa  358  1.9999999999999998e-97  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.737656  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  43.66 
 
 		 626 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  40.86 
 
 		 614 aa  357  3.9999999999999996e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  41.23 
 
 		 532 aa  356  5e-97  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  43.48 
 
 		 621 aa  355  8.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  43.81 
 
 		 604 aa  354  2e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  44.42 
 
 		 621 aa  355  2e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  42.07 
 
 		 533 aa  354  2e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  39.84 
 
 		 508 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  43.18 
 
 		 627 aa  352  1e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  42.27 
 
 		 599 aa  351  2e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  42.18 
 
 		 623 aa  350  3e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  42.8 
 
 		 618 aa  348  1e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  43.43 
 
 		 622 aa  347  3e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  40.66 
 
 		 629 aa  345  8e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2946  preprotein translocase subunit SecD  43.29 
 
 		 621 aa  345  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2184  protein-export membrane protein SecD  41.61 
 
 		 620 aa  345  2e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  40.46 
 
 		 629 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1696  preprotein translocase subunit SecD  43.44 
 
 		 618 aa  343  4e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  40.48 
 
 		 626 aa  343  5e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  38.39 
 
 		 616 aa  342  8e-93  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  44.2 
 
 		 614 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1407  secretion protein SecD  39.26 
 
 		 622 aa  337  2.9999999999999997e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0970542  normal  0.495357 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  41.99 
 
 		 616 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  38.8 
 
 		 526 aa  336  5.999999999999999e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  39.02 
 
 		 615 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  39.02 
 
 		 615 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  40.86 
 
 		 616 aa  335  1e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>