More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3149 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  100 
 
 		 430 aa  874    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  70.12 
 
 		 436 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  70.59 
 
 		 440 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  72.26 
 
 		 437 aa  531  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  54.42 
 
 		 430 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  55.76 
 
 		 444 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  56.04 
 
 		 426 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  56.3 
 
 		 431 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  46.59 
 
 		 414 aa  352  1e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  40.98 
 
 		 440 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  40.5 
 
 		 407 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  41.31 
 
 		 407 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  39.9 
 
 		 407 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  41.3 
 
 		 409 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  40.62 
 
 		 411 aa  264  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  42.71 
 
 		 402 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  41.1 
 
 		 407 aa  262  8e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  39.65 
 
 		 415 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  42.93 
 
 		 453 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  38.58 
 
 		 423 aa  236  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  38.14 
 
 		 418 aa  230  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  36.3 
 
 		 438 aa  230  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  37.1 
 
 		 420 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  37.1 
 
 		 420 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  37.38 
 
 		 420 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  37.23 
 
 		 420 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  38.77 
 
 		 426 aa  227  4e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  35.36 
 
 		 435 aa  226  6e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  39.02 
 
 		 422 aa  226  8e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  34.71 
 
 		 424 aa  225  2e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  37.43 
 
 		 420 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  35.41 
 
 		 433 aa  222  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  35.13 
 
 		 422 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  38.77 
 
 		 613 aa  220  3.9999999999999997e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  38.79 
 
 		 408 aa  219  5e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  36.23 
 
 		 408 aa  219  6e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  34.99 
 
 		 445 aa  218  1e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  37.76 
 
 		 454 aa  217  4e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  36.8 
 
 		 406 aa  216  8e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  33.89 
 
 		 419 aa  212  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  34.22 
 
 		 424 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  35.4 
 
 		 414 aa  210  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  36.19 
 
 		 452 aa  209  6e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  36.08 
 
 		 427 aa  209  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  34.04 
 
 		 447 aa  206  5e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  34.03 
 
 		 411 aa  206  7e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  34.34 
 
 		 425 aa  206  9e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  36.36 
 
 		 417 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  35.91 
 
 		 414 aa  204  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  37.08 
 
 		 417 aa  204  3e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  35.09 
 
 		 405 aa  204  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  34.75 
 
 		 407 aa  203  5e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  35.03 
 
 		 399 aa  202  7e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  35.53 
 
 		 405 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  35.85 
 
 		 405 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  33.96 
 
 		 411 aa  199  6e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  33.64 
 
 		 424 aa  199  7.999999999999999e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  35.03 
 
 		 399 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  35.58 
 
 		 401 aa  195  1e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  34.22 
 
 		 370 aa  192  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  33.66 
 
 		 424 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  36.6 
 
 		 410 aa  190  4e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  33.42 
 
 		 382 aa  189  1e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  34.32 
 
 		 401 aa  188  1e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  32.48 
 
 		 418 aa  187  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  36.97 
 
 		 400 aa  187  3e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  35.29 
 
 		 401 aa  187  4e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  35.97 
 
 		 401 aa  186  7e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  35.97 
 
 		 401 aa  186  7e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  35.34 
 
 		 401 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  31.41 
 
 		 468 aa  183  5.0000000000000004e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  31.94 
 
 		 416 aa  173  5.999999999999999e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  30.75 
 
 		 395 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  35 
 
 		 406 aa  169  7e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  31.75 
 
 		 409 aa  169  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  31.94 
 
 		 438 aa  168  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  30.53 
 
 		 395 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  33.33 
 
 		 394 aa  166  5e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  30.79 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  29.18 
 
 		 431 aa  164  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  28.21 
 
 		 427 aa  164  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  37.89 
 
 		 431 aa  164  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  31.7 
 
 		 438 aa  162  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  32.12 
 
 		 422 aa  160  3e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  34.29 
 
 		 389 aa  159  6e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  32.8 
 
 		 412 aa  159  9e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3549  beta-lactamase  33.05 
 
 		 400 aa  158  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  31.13 
 
 		 419 aa  155  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  31.73 
 
 		 428 aa  155  2e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  29.84 
 
 		 395 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  35.44 
 
 		 395 aa  153  5e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl216  putative beta-lactamase  26.05 
 
 		 372 aa  151  2e-35  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0035  putative beta-lactamase  31.94 
 
 		 397 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2104  beta-lactamase  32.3 
 
 		 396 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4066  beta-lactamase  32.47 
 
 		 385 aa  145  1e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.43014 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3905  beta-lactamase  30.9 
 
 		 397 aa  144  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34700  putative beta lactamase  30.23 
 
 		 391 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00182422  normal  0.248771 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0093  beta-lactamase, putative  25.8 
 
 		 375 aa  143  7e-33  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1072  beta-lactamase  31.06 
 
 		 410 aa  142  9e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.22387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2230  beta-lactamase  30.25 
 
 		 380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>