More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3142 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  61.92 
 
 		 712 aa  830    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  60.74 
 
 		 710 aa  833    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  76.09 
 
 		 694 aa  1073    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  74.63 
 
 		 685 aa  1025    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  63 
 
 		 725 aa  834    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  64.38 
 
 		 702 aa  869    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  61.26 
 
 		 745 aa  821    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  70.28 
 
 		 689 aa  993    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  64.77 
 
 		 750 aa  903    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  66.09 
 
 		 720 aa  910    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  84.86 
 
 		 686 aa  1168    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  60.43 
 
 		 716 aa  824    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  74.64 
 
 		 686 aa  1036    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  79.62 
 
 		 687 aa  1103    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  66.09 
 
 		 708 aa  896    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  85.88 
 
 		 688 aa  1190    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  77.68 
 
 		 689 aa  1102    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  63.88 
 
 		 702 aa  855    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  60.43 
 
 		 716 aa  824    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  74.08 
 
 		 686 aa  1011    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  70.78 
 
 		 717 aa  999    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 687 aa  1397    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  49.78 
 
 		 700 aa  623  1e-177  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  44.44 
 
 		 676 aa  453  1.0000000000000001e-126  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  40.67 
 
 		 681 aa  434  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  36.31 
 
 		 754 aa  407  1.0000000000000001e-112  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  37.1 
 
 		 655 aa  397  1e-109  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  38.61 
 
 		 669 aa  391  1e-107  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  41.69 
 
 		 726 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  40.42 
 
 		 745 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  41.37 
 
 		 725 aa  385  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  41.53 
 
 		 726 aa  385  1e-105  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  36.9 
 
 		 714 aa  379  1e-103  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  36.49 
 
 		 742 aa  354  2.9999999999999997e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  35.89 
 
 		 648 aa  353  7e-96  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  35.89 
 
 		 648 aa  353  7e-96  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  35.94 
 
 		 656 aa  352  2e-95  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  37.34 
 
 		 724 aa  351  2e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  37.99 
 
 		 719 aa  347  3e-94  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  36.13 
 
 		 668 aa  331  4e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  34.18 
 
 		 733 aa  330  5.0000000000000004e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  37.17 
 
 		 768 aa  327  3e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  35.57 
 
 		 789 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.5 
 
 		 719 aa  322  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  33.61 
 
 		 630 aa  318  2e-85  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  35.61 
 
 		 673 aa  312  1e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.9 
 
 		 785 aa  310  5e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  31.19 
 
 		 735 aa  309  9e-83  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  31.23 
 
 		 706 aa  309  9e-83  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.34 
 
 		 773 aa  308  3e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  30.88 
 
 		 625 aa  306  6e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  33.91 
 
 		 739 aa  305  3.0000000000000004e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.71 
 
 		 781 aa  301  2e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.24 
 
 		 762 aa  301  3e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.08 
 
 		 755 aa  300  6e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.41 
 
 		 781 aa  300  7e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.72 
 
 		 718 aa  300  8e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.8 
 
 		 857 aa  300  8e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.48 
 
 		 768 aa  299  1e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  31.82 
 
 		 706 aa  298  2e-79  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7996  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.4 
 
 		 806 aa  298  2e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  32.78 
 
 		 721 aa  298  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.49 
 
 		 763 aa  297  3e-79  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  30.5 
 
 		 724 aa  296  6e-79  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  33.33 
 
 		 728 aa  297  6e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  33.33 
 
 		 728 aa  296  8e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  35.05 
 
 		 705 aa  296  1e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  32.54 
 
 		 722 aa  296  1e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  32.67 
 
 		 749 aa  296  1e-78  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  31.83 
 
 		 769 aa  295  2e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  32.54 
 
 		 722 aa  295  2e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  32.54 
 
 		 722 aa  295  2e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  32.54 
 
 		 722 aa  294  4e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.62 
 
 		 742 aa  293  6e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.36 
 
 		 741 aa  293  6e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  32.39 
 
 		 722 aa  293  8e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.2 
 
 		 851 aa  293  9e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  32.39 
 
 		 722 aa  293  9e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.49 
 
 		 729 aa  293  1e-77  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  32.79 
 
 		 753 aa  292  1e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.78 
 
 		 730 aa  292  1e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  34.34 
 
 		 762 aa  292  1e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.79 
 
 		 751 aa  292  1e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.78 
 
 		 730 aa  292  1e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  33.24 
 
 		 736 aa  292  1e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  34.1 
 
 		 744 aa  292  1e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.79 
 
 		 747 aa  291  2e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  32.54 
 
 		 722 aa  292  2e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  32.79 
 
 		 751 aa  291  2e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.92 
 
 		 754 aa  291  2e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.64 
 
 		 753 aa  291  3e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.64 
 
 		 753 aa  291  3e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.43 
 
 		 829 aa  291  3e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.95 
 
 		 858 aa  291  4e-77  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  33.08 
 
 		 768 aa  290  4e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.64 
 
 		 751 aa  291  4e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  32.12 
 
 		 734 aa  290  7e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  32.32 
 
 		 757 aa  290  7e-77  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.38 
 
 		 741 aa  290  7e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  31.74 
 
 		 722 aa  290  8e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>