More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3004 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2110  serine hydroxymethyltransferase  74.31 
 
 		 434 aa  668    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  76.83 
 
 		 439 aa  680    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  75.63 
 
 		 438 aa  678    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3404  serine hydroxymethyltransferase  75.94 
 
 		 433 aa  649    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3104  serine hydroxymethyltransferase  75.87 
 
 		 433 aa  667    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425727  decreased coverage  0.00549191 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  74.47 
 
 		 433 aa  656    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  75.63 
 
 		 438 aa  679    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3956  serine hydroxymethyltransferase  76.72 
 
 		 434 aa  683    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.237015 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1727  serine hydroxymethyltransferase  87.94 
 
 		 433 aa  775    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3004  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 432 aa  887    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21133  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3171  serine hydroxymethyltransferase  76.69 
 
 		 434 aa  699    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  75.12 
 
 		 429 aa  655    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1266  serine hydroxymethyltransferase  76.29 
 
 		 432 aa  670    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0458809  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  73.3 
 
 		 431 aa  652    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2634  serine hydroxymethyltransferase  95.15 
 
 		 433 aa  840    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2659  serine hydroxymethyltransferase  91.71 
 
 		 440 aa  801    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719136  normal  0.877467 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4649  serine hydroxymethyltransferase  88.4 
 
 		 434 aa  776    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2671  serine hydroxymethyltransferase  94.2 
 
 		 433 aa  836    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1814  serine hydroxymethyltransferase  88.86 
 
 		 434 aa  785    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3495  serine hydroxymethyltransferase  76.69 
 
 		 434 aa  699    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4276  glycine hydroxymethyltransferase  77.67 
 
 		 451 aa  655    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.514948  normal  0.0110039 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  74.88 
 
 		 437 aa  669    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  75.06 
 
 		 432 aa  660    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5297  serine hydroxymethyltransferase  75.94 
 
 		 433 aa  649    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3366  serine hydroxymethyltransferase  75.99 
 
 		 434 aa  696    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2240  serine hydroxymethyltransferase  69.77 
 
 		 436 aa  631  1e-180  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435156  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2908  serine hydroxymethyltransferase  72.08 
 
 		 438 aa  627  1e-178  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000280655  hitchhiker  0.00545149 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  70.41 
 
 		 427 aa  625  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2481  serine hydroxymethyltransferase  70.78 
 
 		 431 aa  621  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.938329  normal  0.172432 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0823  serine hydroxymethyltransferase  70.55 
 
 		 431 aa  620  1e-176  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0354  serine hydroxymethyltransferase  70.31 
 
 		 431 aa  618  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0389221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0629  serine hydroxymethyltransferase  70.55 
 
 		 432 aa  618  1e-176  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.1109  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1537  serine hydroxymethyltransferase  70.64 
 
 		 435 aa  605  9.999999999999999e-173  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0821  serine hydroxymethyltransferase  68.17 
 
 		 431 aa  598  1e-170  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  68.97 
 
 		 431 aa  598  1e-170  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3047  serine hydroxymethyltransferase  69.16 
 
 		 434 aa  595  1e-169  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.302237  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2991  serine hydroxymethyltransferase  69.83 
 
 		 439 aa  595  1e-169  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.406931  normal  0.445034 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1827  serine hydroxymethyltransferase  67.54 
 
 		 430 aa  592  1e-168  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752619  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8588  serine hydroxymethyltransferase  68.37 
 
 		 420 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0055  serine hydroxymethyltransferase  67.22 
 
 		 424 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.242168 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3546  serine hydroxymethyltransferase  66.98 
 
 		 424 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3354  serine hydroxymethyltransferase  65.8 
 
 		 432 aa  582  1.0000000000000001e-165  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0554425  normal  0.88347 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3303  serine hydroxymethyltransferase  66.36 
 
 		 424 aa  580  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1585  serine hydroxymethyltransferase  66.04 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.592814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5063  serine hydroxymethyltransferase  65.57 
 
 		 424 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0644659  normal  0.0156096 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4822  serine hydroxymethyltransferase  66.27 
 
 		 424 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2113  serine hydroxymethyltransferase  67.88 
 
 		 424 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2123  serine hydroxymethyltransferase  67.82 
 
 		 432 aa  577  1.0000000000000001e-163  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.607283  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5200  serine hydroxymethyltransferase  66.13 
 
 		 424 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0571  serine hydroxymethyltransferase  66.13 
 
 		 424 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5085  serine hydroxymethyltransferase  66.13 
 
 		 424 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.750126 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3283  serine hydroxymethyltransferase  66.13 
 
 		 424 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0828  serine hydroxymethyltransferase  65.43 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1006  serine hydroxymethyltransferase  65.2 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0471  serine hydroxymethyltransferase  65.2 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0710  serine hydroxymethyltransferase  65.2 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0740  serine hydroxymethyltransferase  65.43 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2283  glycine hydroxymethyltransferase  68.48 
 
 		 425 aa  570  1e-161  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.143968  normal  0.90339 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5022  serine hydroxymethyltransferase  65.43 
 
 		 424 aa  571  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.903187 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2106  serine hydroxymethyltransferase  65.43 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1868  serine hydroxymethyltransferase  65.2 
 
 		 424 aa  568  1e-161  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1979  serine hydroxymethyltransferase  65.2 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00954911  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4497  serine hydroxymethyltransferase  65.66 
 
 		 424 aa  569  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0870  glycine hydroxymethyltransferase  68.37 
 
 		 424 aa  561  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000232  serine hydroxymethyltransferase  64.35 
 
 		 431 aa  555  1e-157  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1131  serine hydroxymethyltransferase  65.21 
 
 		 438 aa  552  1e-156  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6867  glycine hydroxymethyltransferase  64.44 
 
 		 431 aa  548  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.592385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0169  serine hydroxymethyltransferase  64.03 
 
 		 422 aa  548  1e-155  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05971  serine hydroxymethyltransferase  63.19 
 
 		 431 aa  551  1e-155  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0952  serine hydroxymethyltransferase  63.66 
 
 		 435 aa  546  1e-154  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3844  serine hydroxymethyltransferase  63.42 
 
 		 431 aa  543  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.988817  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  64.42 
 
 		 434 aa  544  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0791  serine hydroxymethyltransferase  63.81 
 
 		 435 aa  540  9.999999999999999e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0375384  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  60.96 
 
 		 425 aa  536  1e-151  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2927  serine hydroxymethyltransferase  64.11 
 
 		 415 aa  528  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2938  serine hydroxymethyltransferase  63.31 
 
 		 421 aa  530  1e-149  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.684623 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  62.65 
 
 		 411 aa  528  1e-149  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000728494  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2768  Glycine hydroxymethyltransferase  61.35 
 
 		 418 aa  527  1e-148  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  62.8 
 
 		 427 aa  525  1e-148  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3102  serine hydroxymethyltransferase  63.53 
 
 		 415 aa  525  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00573934  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3914  serine hydroxymethyltransferase  63.31 
 
 		 415 aa  525  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355744  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 		 412 aa  527  1e-148  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1160  serine hydroxymethyltransferase  63.53 
 
 		 415 aa  526  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.215239 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2581  serine hydroxymethyltransferase  63.79 
 
 		 415 aa  521  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.848716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1881  serine hydroxymethyltransferase  62.8 
 
 		 415 aa  524  1e-147  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.662029  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0253  serine hydroxymethyltransferase  62.68 
 
 		 431 aa  521  1e-147  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3135  serine hydroxymethyltransferase  64.16 
 
 		 434 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1142  serine hydroxymethyltransferase  63.66 
 
 		 434 aa  524  1e-147  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4270  serine hydroxymethyltransferase  66.19 
 
 		 423 aa  523  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.978969  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2836  serine hydroxymethyltransferase  63.04 
 
 		 417 aa  518  1e-146  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.359128  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3425  serine hydroxymethyltransferase  61.93 
 
 		 412 aa  520  1e-146  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2928  serine hydroxymethyltransferase  63.04 
 
 		 417 aa  518  1e-146  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0765  serine hydroxymethyltransferase  63.79 
 
 		 415 aa  519  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186767  normal  0.156833 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0218  serine hydroxymethyltransferase  60.48 
 
 		 419 aa  520  1e-146  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0240245  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0806  serine hydroxymethyltransferase  64.03 
 
 		 415 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0323  serine hydroxymethyltransferase  64.03 
 
 		 415 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2733  serine hydroxymethyltransferase  63.61 
 
 		 417 aa  521  1e-146  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0775  serine hydroxymethyltransferase  64.03 
 
 		 415 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0739852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5759  glycine hydroxymethyltransferase  61.81 
 
 		 431 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0209  serine hydroxymethyltransferase  61.69 
 
 		 427 aa  519  1e-146  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>