More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2963 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2963  SsrA-binding protein  100 
 
 		 157 aa  316  1e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2642  SsrA-binding protein  90.45 
 
 		 157 aa  295  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122546  hitchhiker  0.0029074 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2260  SsrA-binding protein  90.45 
 
 		 157 aa  293  5e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2604  SsrA-binding protein  88.54 
 
 		 157 aa  291  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0711734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2631  SsrA-binding protein  87.26 
 
 		 157 aa  289  8e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0750238  normal  0.108359 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1927  SsrA-binding protein  89.17 
 
 		 157 aa  289  9e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4692  SsrA-binding protein  87.9 
 
 		 157 aa  281  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0948548 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0847  SsrA-binding protein  69.62 
 
 		 158 aa  229  8.000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.744704 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1434  SsrA-binding protein  73.97 
 
 		 158 aa  226  7e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1869  SsrA-binding protein  68.15 
 
 		 158 aa  225  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0990  SsrA-binding protein  69.18 
 
 		 159 aa  221  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.910775  normal  0.605905 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1143  SsrA-binding protein  68.55 
 
 		 159 aa  222  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0647  SsrA-binding protein  67.53 
 
 		 158 aa  219  9.999999999999999e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0516  SsrA-binding protein  67.57 
 
 		 160 aa  218  3e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.760363 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0641  SsrA-binding protein  67.53 
 
 		 158 aa  217  5e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1730  SsrA-binding protein  69.59 
 
 		 161 aa  217  6e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.890336  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2640  SsrA-binding protein  64.29 
 
 		 158 aa  215  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.506414  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3832  SsrA-binding protein  64.1 
 
 		 158 aa  214  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0942  SsrA-binding protein  67.11 
 
 		 155 aa  212  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0373189  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0674  SsrA-binding protein  71.7 
 
 		 159 aa  211  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0696  SsrA-binding protein  68.79 
 
 		 157 aa  208  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.311551 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1485  SsrA-binding protein  68.15 
 
 		 157 aa  207  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0465  SsrA-binding protein  64.86 
 
 		 158 aa  207  5e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.174489  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3388  SsrA-binding protein  66.88 
 
 		 157 aa  205  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1444  SsrA-binding protein  64.19 
 
 		 160 aa  205  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3192  SsrA-binding protein  65.61 
 
 		 157 aa  202  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.393321  normal  0.919701 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3516  SsrA-binding protein  65.61 
 
 		 157 aa  202  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.830489  normal  0.0847481 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3085  SsrA-binding protein  66.44 
 
 		 152 aa  200  7e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0708876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1891  SsrA-binding protein  63.06 
 
 		 157 aa  197  6e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340867  hitchhiker  0.000798962 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2863  SsrA-binding protein  57.72 
 
 		 165 aa  190  7e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.643018  normal  0.0844663 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0632  SsrA-binding protein  57.14 
 
 		 156 aa  185  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.160357  normal  0.270611 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0031  SsrA-binding protein  56.76 
 
 		 158 aa  182  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.891709 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1864  SsrA-binding protein  56.46 
 
 		 160 aa  180  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0275  SsrA-binding protein  58 
 
 		 155 aa  177  4.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000343962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2482  SsrA-binding protein  55.48 
 
 		 158 aa  177  5.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.082086 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2543  SsrA-binding protein  54.55 
 
 		 157 aa  176  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.829865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0883  SsrA-binding protein  54.55 
 
 		 157 aa  176  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1582  SsrA-binding protein  56.85 
 
 		 156 aa  171  5e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0563704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0147  SsrA-binding protein  54.36 
 
 		 160 aa  170  7.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.972615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0086  SsrA-binding protein  54.79 
 
 		 148 aa  169  1e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0767  SsrA-binding protein  54.86 
 
 		 149 aa  168  3e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0104  SsrA-binding protein  51.88 
 
 		 162 aa  167  6e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.283448  normal  0.241767 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2342  SsrA-binding protein  52.56 
 
 		 156 aa  163  8e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0903697 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2325  SsrA-binding protein  54.49 
 
 		 155 aa  162  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.595693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0748  SsrA-binding protein  52.67 
 
 		 157 aa  162  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.107528  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1907  SsrA-binding protein  52.05 
 
 		 159 aa  162  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.45258  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1351  SsrA-binding protein  59.38 
 
 		 153 aa  161  3e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0820  SsrA-binding protein  53.85 
 
 		 155 aa  160  5.0000000000000005e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2748  SsrA-binding protein  54.48 
 
 		 154 aa  159  1e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000119247  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0123  SsrA-binding protein  53.25 
 
 		 157 aa  159  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.357206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0670  SsrA-binding protein  51.08 
 
 		 150 aa  158  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000585556  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0694  SsrA-binding protein  51.08 
 
 		 150 aa  158  3e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000543524  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0811  SsrA-binding protein  50.35 
 
 		 147 aa  157  5e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0135  SsrA-binding protein  55.48 
 
 		 149 aa  157  6e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.554782  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2984  SsrA-binding protein  49.34 
 
 		 161 aa  157  6e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000114855  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3476  SsrA-binding protein  53.38 
 
 		 150 aa  157  7e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0920584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1493  SsrA-binding protein  52.03 
 
 		 150 aa  154  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0661081  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2045  SsrA-binding protein  52.26 
 
 		 155 aa  154  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.524843 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1638  SsrA-binding protein  53.15 
 
 		 168 aa  154  6e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.223466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1584  SsrA-binding protein  53.15 
 
 		 168 aa  154  6e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.687182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1613  SsrA-binding protein  53.15 
 
 		 168 aa  154  6e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0256  SsrA-binding protein  52.03 
 
 		 153 aa  153  7e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00851918  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0920  SsrA-binding protein  50.65 
 
 		 159 aa  153  7e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07720  SsrA-binding protein  50.98 
 
 		 160 aa  152  1e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3124  SsrA-binding protein  51.7 
 
 		 155 aa  152  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1728  SsrA-binding protein  50 
 
 		 159 aa  152  2e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0984  SsrA-binding protein  50 
 
 		 159 aa  151  2.9999999999999998e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.458725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1795  SsrA-binding protein  52.03 
 
 		 154 aa  151  2.9999999999999998e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.398108  decreased coverage  0.00283091 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1916  SsrA-binding protein  51.7 
 
 		 165 aa  151  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0329726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0281  SsrA-binding protein  50.33 
 
 		 157 aa  151  2.9999999999999998e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000135529  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0795  SsrA-binding protein  49.34 
 
 		 160 aa  150  4e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.387755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13117  SsrA-binding protein  49.32 
 
 		 160 aa  150  5e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0947  SsrA-binding protein  49.36 
 
 		 161 aa  150  5e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3721  SsrA-binding protein  49.66 
 
 		 154 aa  150  5.9999999999999996e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.516097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2169  SsrA-binding protein  51.68 
 
 		 155 aa  150  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4712  SsrA-binding protein  48.67 
 
 		 156 aa  150  7e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000106723  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2231  SsrA-binding protein  51.68 
 
 		 155 aa  150  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.589723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0655  SsrA-binding protein  51.68 
 
 		 158 aa  150  8e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271498 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4003  SsrA-binding protein  48.92 
 
 		 162 aa  150  8.999999999999999e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4446  SsrA-binding protein  50.68 
 
 		 165 aa  149  1e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4865  SsrA-binding protein  50 
 
 		 157 aa  149  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1409  SsrA-binding protein  49.31 
 
 		 158 aa  149  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1236  SsrA-binding protein  49.65 
 
 		 158 aa  148  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114649  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0395  SsrA-binding protein  47.44 
 
 		 157 aa  148  3e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.269893  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10450  SsrA-binding protein  52.14 
 
 		 167 aa  147  4e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.668094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2476  SsrA-binding protein  49.66 
 
 		 160 aa  147  4e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2954  SsrA-binding protein  51.02 
 
 		 155 aa  147  5e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000670079  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0463  SsrA-binding protein  52.35 
 
 		 158 aa  147  7e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000143287  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1508  SsrA-binding protein  47.79 
 
 		 149 aa  146  9e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1424  SsrA-binding protein  51.35 
 
 		 148 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  hitchhiker  0.00854817 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1318  SsrA-binding protein  50.34 
 
 		 148 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.183841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4582  SsrA-binding protein  50.69 
 
 		 160 aa  146  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.307442 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1354  SsrA-binding protein  53.57 
 
 		 156 aa  146  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000258997  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0189  SsrA-binding protein  50.68 
 
 		 158 aa  146  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000399646  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1901  SsrA-binding protein  51.72 
 
 		 148 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1501  SsrA-binding protein  49.66 
 
 		 156 aa  145  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000046727  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1291  SsrA-binding protein  49.66 
 
 		 156 aa  145  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00149026  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3929  SsrA-binding protein  48.99 
 
 		 152 aa  145  3e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000169272  normal  0.790907 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1869  SsrA-binding protein  49.67 
 
 		 159 aa  145  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0315571  normal  0.12343 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4350  SsrA-binding protein  50.34 
 
 		 158 aa  144  3e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.08512  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>