244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2959 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2959  hypothetical protein  100 
 
 
237 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2637  hypothetical protein  93.22 
 
 
237 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0592932  hitchhiker  0.000885081 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2831  hypothetical protein  91.53 
 
 
237 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.413458  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4131  hypothetical protein  88.79 
 
 
232 aa  421  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.858095 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2625  hypothetical protein  86.27 
 
 
234 aa  407  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.572906  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6174  hypothetical protein  78.88 
 
 
232 aa  367  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0498919  normal  0.11518 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3140  hypothetical protein  74.79 
 
 
239 aa  358  4e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2471  hypothetical protein  78.28 
 
 
240 aa  349  2e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222167  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3418  hypothetical protein  75.45 
 
 
237 aa  332  3e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3441  hypothetical protein  74.53 
 
 
240 aa  324  7e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3086  hypothetical protein  74.53 
 
 
240 aa  324  7e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.565993 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2056  hypothetical protein  74.88 
 
 
238 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.339166  normal  0.33839 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1637  hypothetical protein  70.94 
 
 
239 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4683  hypothetical protein  74.68 
 
 
233 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.272394  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1552  hypothetical protein  71.98 
 
 
236 aa  308  5.9999999999999995e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00413964 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0731  hypothetical protein  69.66 
 
 
240 aa  304  9.000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1888  hypothetical protein  71.18 
 
 
233 aa  300  9e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.685918  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0375  hypothetical protein  70.31 
 
 
234 aa  300  2e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.416346 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5386  hypothetical protein  43.7 
 
 
244 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.85637 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4892  hypothetical protein  45.73 
 
 
239 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.233197  normal  0.298097 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0038  hypothetical protein  43.42 
 
 
238 aa  171  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0198  hypothetical protein  39.58 
 
 
237 aa  167  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5396  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.44 
 
 
240 aa  166  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.666245  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1697  hypothetical protein  38.24 
 
 
238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5272  hypothetical protein  40.71 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.132847  normal  0.0555869 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2296  hypothetical protein  38.89 
 
 
238 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000995564  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4023  hypothetical protein  38.63 
 
 
241 aa  159  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5710  hypothetical protein  38.2 
 
 
236 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0298234  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3344  hypothetical protein  38.2 
 
 
241 aa  159  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.460481  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4463  hypothetical protein  37.3 
 
 
241 aa  157  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529264  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4512  hypothetical protein  42.54 
 
 
258 aa  155  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3608  hypothetical protein  41.53 
 
 
505 aa  154  9e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3520  hypothetical protein  42.73 
 
 
489 aa  154  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2119  hypothetical protein  38.66 
 
 
239 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.270855 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3405  hypothetical protein  37.24 
 
 
236 aa  152  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5056  hypothetical protein  37 
 
 
241 aa  151  8.999999999999999e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5409  hypothetical protein  36.21 
 
 
236 aa  149  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0800335  hitchhiker  0.00250066 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5739  hypothetical protein  37.5 
 
 
252 aa  148  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0540  hypothetical protein  36.44 
 
 
239 aa  145  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5347  hypothetical protein  37.67 
 
 
236 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.78302 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19980  hypothetical protein  37.93 
 
 
532 aa  142  3e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6248  hypothetical protein  35.78 
 
 
241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.731942  normal  0.771556 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7522  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconateDelta- isomerase  40.57 
 
 
545 aa  138  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.12897  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0869  hypothetical protein  43.61 
 
 
508 aa  137  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.570323  normal  0.158902 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2615  hypothetical protein  38.96 
 
 
509 aa  134  9e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2659  hypothetical protein  38.96 
 
 
509 aa  134  9e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0329856  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2644  hypothetical protein  38.96 
 
 
529 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.452342  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3664  hypothetical protein  33.62 
 
 
248 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4868  hypothetical protein  33.04 
 
 
247 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.158749 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3023  hypothetical protein  33.04 
 
 
275 aa  115  5e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2046  hypothetical protein  30.87 
 
 
267 aa  105  5e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.63945  normal  0.154833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2742  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.23 
 
 
216 aa  98.6  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.492964 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44651  predicted protein  30.59 
 
 
281 aa  86.7  3e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  29.79 
 
 
216 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1928  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.68 
 
 
205 aa  84  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.787476  hitchhiker  0.00228762 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2737  DlpA protein (isocitrate and isopropylmalate dehydrogenase family protein)  27.05 
 
 
615 aa  81.6  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2610  DlpA protein (isocitrate and isopropylmalate dehydrogenase family protein)  28.02 
 
 
615 aa  80.5  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5818  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.34 
 
 
205 aa  79.7  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.95078  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  29.11 
 
 
229 aa  79.7  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  28.14 
 
 
233 aa  77.8  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0600  dimethylmenaquinone methyltransferase  29.13 
 
 
212 aa  77.8  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200875  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3066  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.77 
 
 
216 aa  77.4  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.229185 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1170  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  28.31 
 
 
413 aa  77  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1257  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.16 
 
 
227 aa  75.5  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.127757  normal  0.0123792 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  29.95 
 
 
227 aa  75.1  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2021  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.31 
 
 
207 aa  73.9  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3204  hypothetical protein  26.94 
 
 
237 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295684  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0590  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.28 
 
 
206 aa  74.3  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246427  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  28.17 
 
 
231 aa  73.6  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9410  demethylmenaquinone methyltransferase  28.03 
 
 
222 aa  74.3  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  29.27 
 
 
239 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1057  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.78 
 
 
230 aa  73.2  0.000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2817  hypothetical protein  28.84 
 
 
246 aa  72  0.000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00663011  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2091  hypothetical protein  28.25 
 
 
237 aa  71.2  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  30.68 
 
 
224 aa  70.5  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4448  Dimethylmenaquinone methyltransferase  29.63 
 
 
236 aa  70.1  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0647  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  29.44 
 
 
429 aa  69.3  0.00000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101947  normal  0.0867495 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_10700  DlpA domain protein (AFU_orthologue; AFUA_4G10940)  27.9 
 
 
286 aa  69.3  0.00000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.597325  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5773  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.34 
 
 
225 aa  68.9  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4928  Dimethylmenaquinone methyltransferase  31.72 
 
 
219 aa  68.9  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17069  normal  0.0179831 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  29.47 
 
 
235 aa  68.6  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  31.25 
 
 
227 aa  68.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.71 
 
 
211 aa  67.8  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4321  hypothetical protein  29.55 
 
 
227 aa  67.8  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524668  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6068  Demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  29.74 
 
 
312 aa  68.2  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0582  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  26.89 
 
 
437 aa  67  0.0000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.062003  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0455  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  29.25 
 
 
428 aa  67.4  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4017  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.18 
 
 
222 aa  67.4  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.724559  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2988  hypothetical protein  33.58 
 
 
212 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00687  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.76 
 
 
207 aa  66.6  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4782  dimethylmenaquinone methyltransferase  28.83 
 
 
220 aa  66.2  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.536032  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  25.76 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1367  hypothetical protein  33.58 
 
 
212 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.797673 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0986  hypothetical protein  29.11 
 
 
231 aa  65.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4018  dimethylmenaquinone methyltransferase  28.5 
 
 
232 aa  65.5  0.0000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0889  Dimethylmenaquinone methyltransferase  28.07 
 
 
223 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2323  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.13 
 
 
247 aa  64.3  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.291165  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1403  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  25.47 
 
 
438 aa  63.9  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.175956  n/a   
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9411  demethylmenaquinone methyltransferase  30.1 
 
 
224 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0461  Dimethylmenaquinone methyltransferase  27.81 
 
 
231 aa  64.3  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>