225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2956 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2956  LamB/YcsF family protein  100 
 
 		 254 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2834  LamB/YcsF family protein  88.49 
 
 		 254 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886287  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2634  LamB/YcsF family protein  86.11 
 
 		 254 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.412357  decreased coverage  0.0000404715 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4134  LamB/YcsF family protein  80.32 
 
 		 257 aa  421  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.607272 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2622  LamB/YcsF family protein  83.67 
 
 		 255 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.180431 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2042  LamB/YcsF family protein  77.29 
 
 		 255 aa  408  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1503  LamB/YcsF family protein  77.29 
 
 		 255 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0456158 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3140  LamB/YcsF family protein  60.4 
 
 		 258 aa  300  1e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5814  LamB/YcsF family protein  57.14 
 
 		 257 aa  294  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492113  normal  0.0676141 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1103  LamB/YcsF family protein  55.2 
 
 		 255 aa  280  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0380368  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3454  LamB/YcsF family protein  52.99 
 
 		 256 aa  278  8e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3099  LamB/YcsF family protein  52.59 
 
 		 256 aa  276  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.489969 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2043  LamB/YcsF family protein  52.99 
 
 		 256 aa  275  5e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.815905 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5021  LamB/YcsF family protein  56.18 
 
 		 260 aa  270  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0831182 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3426  LamB/YcsF family protein  50.8 
 
 		 256 aa  269  2.9999999999999997e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.864417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4561  LamB/YcsF family protein  56.57 
 
 		 260 aa  267  8.999999999999999e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  0.157453 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0519  LamB/YcsF family protein  55.02 
 
 		 256 aa  266  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2272  LamB/YcsF family protein  52.44 
 
 		 255 aa  265  7e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5077  LamB/YcsF family protein  55.78 
 
 		 255 aa  263  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.709601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3513  LamB/YcsF family protein  53.17 
 
 		 251 aa  263  2e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655915 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1386  LamB/YcsF family protein  54.76 
 
 		 266 aa  259  4e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.624042 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1143  LamB/YcsF family protein  51.22 
 
 		 257 aa  256  2e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.395519  normal  0.256013 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5378  LamB/YcsF family protein  50.6 
 
 		 256 aa  256  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0177  LamB/YcsF family protein  51 
 
 		 252 aa  256  3e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0374  LamB/YcsF family protein  52.4 
 
 		 274 aa  256  3e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.336565 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3352  LamB/YcsF family protein  53.6 
 
 		 253 aa  253  3e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5728  LamB/YcsF family protein  49.8 
 
 		 252 aa  252  5.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536045  normal  0.717107 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5851  LamB/YcsF family protein  50.2 
 
 		 254 aa  251  6e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2026  LamB/YcsF family protein  51.38 
 
 		 256 aa  250  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0388826 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1526  LamB/YcsF family protein  47.18 
 
 		 255 aa  248  6e-65  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1269  LamB/YcsF family protein  50.4 
 
 		 255 aa  248  6e-65  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1712  LamB/YcsF family protein  47.18 
 
 		 255 aa  248  7e-65  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1899  LamB/YcsF family protein  47.18 
 
 		 255 aa  248  9e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0083  LamB/YcsF family protein  52.4 
 
 		 304 aa  247  1e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0986  lactam utilization protein B related protein  48.79 
 
 		 254 aa  247  1e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.105947  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1168  LamB/YcsF family protein  48.61 
 
 		 252 aa  246  2e-64  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.810933  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3294  LamB/YcsF family protein  49.4 
 
 		 255 aa  247  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0320  LamB/YcsF family protein  51.59 
 
 		 257 aa  245  4e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6351  LamB/YcsF family protein  54 
 
 		 254 aa  245  6e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0093  LamB/YcsF family protein  50.79 
 
 		 252 aa  243  9.999999999999999e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5650  LamB/YcsF family protein  47.81 
 
 		 255 aa  241  6e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1504  LamB/YcsF family protein  52.4 
 
 		 262 aa  240  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1696  LamB/YcsF family protein  47.81 
 
 		 250 aa  240  1e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5327  LamB/YcsF family protein  48.81 
 
 		 254 aa  240  1e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1662  LamB/YcsF family protein  47.81 
 
 		 250 aa  240  1e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1970  LamB/YcsF family protein  47.62 
 
 		 254 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.149579  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1341  LamB/YcsF family protein  47.81 
 
 		 255 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4727  LamB/YcsF family protein  48.61 
 
 		 254 aa  239  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.812327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4813  LamB/YcsF family protein  48.61 
 
 		 254 aa  239  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.297543 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5112  LamB/YcsF family protein  48.61 
 
 		 254 aa  239  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.267702 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1948  LamB/YcsF family protein  48.39 
 
 		 251 aa  238  5.999999999999999e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000410312  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2847  LamB/YcsF family protein  47.37 
 
 		 253 aa  238  6.999999999999999e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1594  LamB/YcsF family protein  47.79 
 
 		 256 aa  238  8e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0465  LamB/YcsF family protein  49.6 
 
 		 261 aa  238  9e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0497  LamB/YcsF family protein  49.4 
 
 		 254 aa  237  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3119  LamB/YcsF family protein  46.56 
 
 		 253 aa  236  2e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2802  LamB/YcsF family protein  48.4 
 
 		 273 aa  236  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1497  LamB/YcsF family protein  52.78 
 
 		 251 aa  237  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0258316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0708  LamB/YcsF family protein  46.18 
 
 		 258 aa  236  3e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00425486  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3392  LamB/YcsF family protein  48.39 
 
 		 253 aa  236  3e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0612122 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2808  LamB/YcsF family protein  46.96 
 
 		 253 aa  235  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2150  LamB/YcsF family protein  46.96 
 
 		 253 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2074  LamB/YcsF family protein  47.41 
 
 		 250 aa  234  1.0000000000000001e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.910264  normal  0.628028 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3558  LamB/YcsF family protein  50.59 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455471  normal  0.87063 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3118  LamB/YcsF family protein  46.56 
 
 		 253 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000358938  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2060  LamB/YcsF family protein  48.39 
 
 		 252 aa  233  3e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.284201  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2872  LamB/YcsF family protein  46.15 
 
 		 254 aa  231  1e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2880  LamB/YcsF family protein  46.15 
 
 		 253 aa  230  2e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.178795  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3095  LamB/YcsF family protein  46.15 
 
 		 253 aa  230  2e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2055  LamB/YcsF family protein  50.2 
 
 		 257 aa  230  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3100  LamB/YcsF family protein  46.56 
 
 		 253 aa  230  2e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2131  LamB/YcsF family protein  54.62 
 
 		 260 aa  229  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0476  LamB/YcsF family protein  51.39 
 
 		 260 aa  229  3e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.26266  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0541  LamB/YcsF family protein  50 
 
 		 249 aa  228  6e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0173  LamB/YcsF family protein  47.77 
 
 		 254 aa  228  1e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05397  hypothetical protein  46.03 
 
 		 260 aa  226  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.491165 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3086  LamB/YcsF family protein  44.53 
 
 		 253 aa  226  2e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.621895  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00400  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  49.6 
 
 		 252 aa  227  2e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.736442 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2198  LamB/YcsF family protein  47.6 
 
 		 250 aa  227  2e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.929247  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2917  LamB/YcsF family protein  44.84 
 
 		 256 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5927  LamB/YcsF family protein  47.41 
 
 		 252 aa  225  4e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0870  LamB/YcsF family protein  48.61 
 
 		 255 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.781458  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1958  LamB/YcsF family protein  49.19 
 
 		 252 aa  225  5.0000000000000005e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.289074  hitchhiker  0.00226482 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2338  LamB/YcsF family protein  50.41 
 
 		 256 aa  224  9e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1828  LamB/YcsF family protein  47.41 
 
 		 250 aa  224  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.365387  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2401  LamB/YcsF family protein  45.56 
 
 		 258 aa  223  3e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0902  LamB/YcsF family protein  44.22 
 
 		 255 aa  221  9e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.773139  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01950  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  46.18 
 
 		 255 aa  221  9.999999999999999e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.581711 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0313  LamB/YcsF family protein  47.2 
 
 		 249 aa  220  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6367  hypothetical protein  48.39 
 
 		 254 aa  220  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0512992  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0608  LamB/YcsF family protein  45.42 
 
 		 253 aa  219  3.9999999999999997e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.329744  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2592  LamB/YcsF family protein  45.2 
 
 		 256 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1980  LamB/YcsF family protein  48 
 
 		 259 aa  218  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171805  normal  0.0279771 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2973  LamB/YcsF family protein  46.4 
 
 		 301 aa  216  2e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0191185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0535  LamB/YcsF family protein  47.79 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.884685  normal  0.0105482 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19260  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  48.61 
 
 		 255 aa  217  2e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09670  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  45.6 
 
 		 253 aa  216  2.9999999999999998e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673064  normal  0.33099 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1451  LamB/YcsF family protein  51 
 
 		 252 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0595  hypothetical protein  45.02 
 
 		 252 aa  214  9e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2905  LamB/YcsF family protein  46.37 
 
 		 250 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.493812 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>