More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2824 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3916  penicillin-binding protein 1C (PBP-1C)  77.66 
 
 		 745 aa  1038    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.787281 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1534  penicillin-binding protein 1C  76.93 
 
 		 706 aa  1040    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232379  normal  0.600626 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0912  penicillin-binding protein 1C  57.19 
 
 		 710 aa  639    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108824  normal  0.087359 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2824  penicillin-binding protein 1C  100 
 
 		 680 aa  1336    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1733  penicillin-binding protein 1C  57.39 
 
 		 705 aa  674    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0777193  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7154  penicillin-binding protein 1C  51.82 
 
 		 692 aa  635    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.334526  normal  0.789669 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2918  penicillin-binding protein 1C  85.15 
 
 		 731 aa  1132    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2543  penicillin-binding protein 1C  79.2 
 
 		 696 aa  1028    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845119  normal  0.304866 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2552  penicillin-binding protein 1C  86.24 
 
 		 750 aa  1160    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0465357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2077  penicillin-binding protein 1C  79.46 
 
 		 706 aa  1082    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145944  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3260  penicillin-binding protein 1C  57.34 
 
 		 696 aa  681    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.247594  normal  0.375198 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0258  penicillin-binding protein 1C  52.25 
 
 		 699 aa  646    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0405  penicillin-binding protein 1C  58.25 
 
 		 699 aa  667    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00905597  normal  0.606283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1671  penicillin-binding protein 1C  58 
 
 		 733 aa  664    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.60886 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1391  penicillin-binding protein 1C  58.01 
 
 		 704 aa  666    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1396  penicillin-binding protein 1C  57.86 
 
 		 767 aa  676    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279545 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3446  penicillin-binding protein 1C  51.32 
 
 		 695 aa  629  1e-179  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6006  penicillin-binding protein 1C  50.98 
 
 		 693 aa  627  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.155172 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0605  penicillin-binding protein 1C  50.29 
 
 		 691 aa  617  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3922  penicillin-binding protein  50 
 
 		 695 aa  602  1.0000000000000001e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.731246  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4628  penicillin-binding protein 1C  50.08 
 
 		 684 aa  601  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.170087 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0023  penicillin-binding protein 1C  53.06 
 
 		 674 aa  601  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1355  glycosyl transferase family protein  52.91 
 
 		 674 aa  588  1e-166  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.186022  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0013  penicillin-binding protein 1C  53.29 
 
 		 674 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0471043 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0263  penicillin-binding protein 1C  47.32 
 
 		 679 aa  560  1e-158  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.371203 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0105  penicillin-binding protein 1C  49.7 
 
 		 706 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2772  penicillin-binding protein 1C  48.85 
 
 		 690 aa  541  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0637  penicillin-binding protein 1C  48.92 
 
 		 683 aa  518  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.405443  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0269  penicillin-binding protein 1C  43.78 
 
 		 734 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3022  penicillin-binding protein 1C  46.55 
 
 		 793 aa  443  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.505998 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3614  penicillin-binding protein 1C  46.94 
 
 		 774 aa  440  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.355013 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2726  penicillin-binding protein 1C  45.22 
 
 		 771 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2683  penicillin-binding protein 1C  45.22 
 
 		 771 aa  438  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02411  fused transglycosylase/transpeptidase  45.13 
 
 		 770 aa  432  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1149  penicillin-binding protein 1C  44.48 
 
 		 770 aa  433  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.391736  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1366  penicillin-binding protein 1C  47.25 
 
 		 794 aa  434  1e-120  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0369246  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1435  bifunctional penicillin-binding protein 1C precursor  46.59 
 
 		 794 aa  435  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.443847  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3748  penicillin-binding protein 1C  44.48 
 
 		 770 aa  433  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1158  penicillin-binding protein 1C  44.48 
 
 		 770 aa  433  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.729598  normal  0.0485769 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2670  penicillin-binding protein 1C  44.48 
 
 		 770 aa  433  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2789  penicillin-binding protein 1C  45.04 
 
 		 771 aa  435  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0400715  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02373  hypothetical protein  45.13 
 
 		 770 aa  432  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2901  penicillin-binding protein 1C  45.04 
 
 		 771 aa  435  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2770  penicillin-binding protein 1C  44.87 
 
 		 771 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2671  penicillin-binding protein 1C  44.3 
 
 		 770 aa  432  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.122147 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2803  penicillin-binding protein 1C  44.3 
 
 		 770 aa  432  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2894  penicillin-binding protein 1C  43.78 
 
 		 770 aa  431  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3013  penicillin-binding protein 1C  44.77 
 
 		 774 aa  427  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.928991  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0572  penicillin-binding protein 1C  46.92 
 
 		 784 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4592  penicillin-binding protein 1C  46.49 
 
 		 784 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0233923 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4387  penicillin-binding protein 1C  45.03 
 
 		 782 aa  422  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0617  penicillin-binding protein 1C  46.47 
 
 		 784 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.701974  normal  0.0771525 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0603  bifunctional penicillin-binding protein 1C  43.59 
 
 		 807 aa  422  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0107  penicillin-binding protein 1C  41.99 
 
 		 762 aa  419  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1160  penicillin-binding protein 1C  42.92 
 
 		 686 aa  422  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.215949  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0611  penicillin-binding protein 1C  46.74 
 
 		 784 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09670  penicillin-binding protein 1C  41.24 
 
 		 770 aa  418  9.999999999999999e-116  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2472  penicillin-binding protein 1C  47.61 
 
 		 799 aa  412  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000462783 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4847  penicillin-binding protein  44.88 
 
 		 782 aa  411  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0390  penicillin-binding protein 1C  44.64 
 
 		 780 aa  405  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0732  penicillin-binding protein 1C  45.81 
 
 		 774 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3968  penicillin-binding protein  39.96 
 
 		 790 aa  394  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337015  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0068  penicillin-binding protein 1C  43.21 
 
 		 680 aa  394  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5076  penicillin-binding protein 1C  38.12 
 
 		 816 aa  359  9.999999999999999e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.634438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3903  penicillin-binding protein 1C  39.15 
 
 		 766 aa  359  9.999999999999999e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2639  penicillin-binding protein 1C  38.79 
 
 		 793 aa  356  1e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2254  penicillin-binding protein 1C, putative  35.99 
 
 		 688 aa  340  5e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.531479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1901  glycosyl transferase family 51  35.99 
 
 		 688 aa  340  5e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1192  glycosyltransferase  34.76 
 
 		 774 aa  321  3e-86  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.224348  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0543  membrane carboxypeptidase/penicillin-binding protein PbpC  38.93 
 
 		 780 aa  317  5e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0164  penicillin-binding protein 1C  35.18 
 
 		 797 aa  313  9e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1629  hypothetical protein  34.74 
 
 		 772 aa  311  2.9999999999999997e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2980  penicillin-binding protein 1C  35.84 
 
 		 787 aa  309  9e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1881  penicillin-binding protein 1C  35.84 
 
 		 787 aa  309  9e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.983342  hitchhiker  0.000428352 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3054  penicillin-binding protein 1C  35.84 
 
 		 787 aa  309  9e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1635  hypothetical protein  34.74 
 
 		 775 aa  306  1.0000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2192  penicillin-binding protein 1C  36.14 
 
 		 794 aa  303  5.000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1078  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  33.87 
 
 		 724 aa  298  2e-79  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00006738  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0836  penicillin-binding protein 1C  32.72 
 
 		 719 aa  298  2e-79  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0734378 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2143  penicillin-binding protein  33.57 
 
 		 765 aa  297  4e-79  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0072  penicillin-binding protein 1C  36.46 
 
 		 760 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0067  penicillin-binding protein 1C, putative  36.13 
 
 		 760 aa  287  4e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4282  penicillin-binding protein 1C  36.28 
 
 		 760 aa  284  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0067  penicillin-binding protein 1C  36.28 
 
 		 762 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1500  penicillin-binding protein 1C  34.59 
 
 		 734 aa  282  1e-74  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0509  penicillin-binding protein 1C  36.09 
 
 		 804 aa  280  5e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2036  glycosyl transferase family penicillin-binding protein transpeptidase  38.61 
 
 		 779 aa  280  8e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0247082  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1293  penicillin-binding protein 1C  37.5 
 
 		 772 aa  278  3e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1225  penicillin-binding protein  32.18 
 
 		 716 aa  276  1.0000000000000001e-72  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.555971  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1254  flagellar P-ring protein (basal body P-ring protein)  34.28 
 
 		 722 aa  275  2.0000000000000002e-72  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2356  penicillin-binding protein 1C  34.88 
 
 		 762 aa  273  1e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5133  penicillin-binding protein 1C  36.14 
 
 		 809 aa  272  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.391992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1530  penicillin-binding protein 1C  31.08 
 
 		 764 aa  271  2.9999999999999997e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3235  penicillin-binding protein 1C  36.14 
 
 		 809 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5148  penicillin-binding protein 1C  35.99 
 
 		 809 aa  270  5e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1927  glycosyl transferase family 51  38.46 
 
 		 782 aa  266  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0285568  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1842  glycosyl transferase family 51  38.49 
 
 		 782 aa  264  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0117542  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0309  penicillin-binding protein 1C  31.66 
 
 		 792 aa  259  1e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1168  penicillin-binding protein 1C  34.43 
 
 		 798 aa  257  5e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.676311  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2518  glycosyl transferase family 51  31.83 
 
 		 857 aa  245  1.9999999999999999e-63  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011285  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>