More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2745 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0087  SufS subfamily cysteine desulfurase  77.24 
 
 
420 aa  669  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.595541  normal  0.828259 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5928  cysteine desulfurase  76.21 
 
 
413 aa  670  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2837  SufS subfamily cysteine desulfurase  87.95 
 
 
415 aa  763  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00234776  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2325  SufS subfamily cysteine desulfurase  86.92 
 
 
414 aa  749  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.553712  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3969  cysteine desulfurase  89.88 
 
 
415 aa  781  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0413583  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2745  cysteine desulfurase, SufS subfamily  100 
 
 
415 aa  856  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2990  SufS subfamily cysteine desulfurase  92.96 
 
 
428 aa  800  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.104458 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2459  SufS subfamily cysteine desulfurase  91.33 
 
 
415 aa  796  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.117109  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1661  cysteine desulphurases, SufS  85.96 
 
 
414 aa  744  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.278494  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4466  SufS subfamily cysteine desulfurase  69.57 
 
 
419 aa  606  1e-172  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.523936 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5845  cysteine desulfurase, SufS subfamily  70.12 
 
 
413 aa  605  1e-172  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.187018  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5106  SufS subfamily cysteine desulfurase  70.12 
 
 
413 aa  604  1e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0201229 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0101  SufS subfamily cysteine desulfurase  68.67 
 
 
414 aa  597  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.724967 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0698  SufS subfamily cysteine desulfurase  68.89 
 
 
414 aa  597  1e-169  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13787  normal  0.199911 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2103  cysteine desulfurase, SufS subfamily  69.06 
 
 
413 aa  593  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.105912 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  68.81 
 
 
413 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00682669 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4348  cysteine desulfurase, SufS subfamily  66.99 
 
 
418 aa  587  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1778  SufS subfamily cysteine desulfurase  67.4 
 
 
413 aa  585  1e-166  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3980  SufS subfamily cysteine desulfurase  66.75 
 
 
418 aa  586  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.970806 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4460  cysteine desulfurase, SufS subfamily  67.65 
 
 
426 aa  575  1e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.572328  normal  0.26876 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2440  aminotransferase  65.38 
 
 
416 aa  572  1e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2252  SufS subfamily cysteine desulfurase  66.58 
 
 
414 aa  571  1e-161  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.766677  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1465  SufS subfamily cysteine desulfurase  65.93 
 
 
413 aa  570  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.204095  normal  0.0534707 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0928  aminotransferase, class V  65.59 
 
 
414 aa  561  1e-159  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.870705  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0934  aminotransferase, class V  66.09 
 
 
414 aa  563  1e-159  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.603819  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3259  SufS subfamily cysteine desulfurase  61.71 
 
 
414 aa  550  1e-155  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.797453  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0813  cysteine desulfurase SufS  59.16 
 
 
414 aa  523  1e-147  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0265605  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1249  cysteine desulfurase  56.79 
 
 
406 aa  487  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.491768  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2356  SufS subfamily cysteine desulfurase  57.67 
 
 
406 aa  484  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2593  SufS subfamily cysteine desulfurase  57.25 
 
 
408 aa  483  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.266337  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2355  SufS subfamily cysteine desulfurase  57.88 
 
 
407 aa  479  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.331891  normal  0.378457 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0431  putative selenocysteine lyase  57.67 
 
 
406 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2088  SufS subfamily cysteine desulfurase  57.67 
 
 
406 aa  478  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.519115 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0989  selenocysteine lyase  54.59 
 
 
414 aa  473  1e-132  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5780  cysteine desulfurase, SufS subfamily  54.48 
 
 
408 aa  469  1e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.649929  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3970  SufS subfamily cysteine desulfurase  55.06 
 
 
403 aa  469  1e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.615432  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1623  cysteine desulfurase  55.2 
 
 
406 aa  461  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0344832 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0975  aminotransferase class 5 protein; selenocysteine lyase  52.46 
 
 
419 aa  460  1e-128  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.18075  normal  0.925491 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4272  SufS subfamily cysteine desulfurase  55.53 
 
 
451 aa  458  1e-128  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2487  cysteine desulphurases, SufS  52.36 
 
 
420 aa  461  1e-128  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0582  SufS subfamily cysteine desulfurase  52.51 
 
 
404 aa  452  1e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0166  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52.72 
 
 
412 aa  453  1e-126  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  3.85676e-08  unclonable  1.52095e-15 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2570  cysteine desulfurase  51.94 
 
 
422 aa  449  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2025  cysteine desulfurase, SufS subfamily  53.52 
 
 
418 aa  449  1e-125  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1319  SufS subfamily cysteine desulfurase  52.42 
 
 
413 aa  450  1e-125  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0340803  normal  0.349427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3637  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.83 
 
 
678 aa  447  1e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51832  normal  0.140258 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1863  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.09 
 
 
416 aa  444  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1505  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  51.24 
 
 
425 aa  444  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0740826  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0124  cysteine desulphurases, SufS  51.49 
 
 
688 aa  439  1e-122  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3281  cysteine desulfurase, SufS subfamily  51.73 
 
 
429 aa  440  1e-122  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.30955  normal  0.0478783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1608  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52.27 
 
 
657 aa  439  1e-122  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0536  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.69 
 
 
416 aa  441  1e-122  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1445  cysteine desulfurase  52.38 
 
 
405 aa  440  1e-122  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0699  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.99 
 
 
419 aa  441  1e-122  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1512  cysteine desulfurase SufS  52.38 
 
 
405 aa  439  1e-122  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4001  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.6 
 
 
666 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.077192 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3517  SufS subfamily cysteine desulfurase  52.53 
 
 
650 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0846  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.35 
 
 
429 aa  435  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.411085  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1552  cysteine desulphurases, SufS  51.23 
 
 
682 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1684  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.37 
 
 
444 aa  434  1e-120  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0892  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50.12 
 
 
429 aa  429  1e-119  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50.12 
 
 
429 aa  430  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.825531  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2622  cysteine desulphurases, SufS  51.77 
 
 
666 aa  431  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.795615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3037  cysteine desulfurase, SufS subfamily  51.65 
 
 
404 aa  430  1e-119  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0138624 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2269  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.49 
 
 
414 aa  429  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.216373  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3312  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52.16 
 
 
415 aa  431  1e-119  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0757647 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4655  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.76 
 
 
644 aa  428  1e-119  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00370812  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0617  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.23 
 
 
621 aa  429  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000358817  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.37 
 
 
404 aa  430  1e-119  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.99383  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0418  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50.25 
 
 
419 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16690  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  51.49 
 
 
604 aa  426  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0023  putative cysteine desulfurase  51.98 
 
 
661 aa  427  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.493291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21000  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  51.49 
 
 
604 aa  426  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382512  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0543  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.58 
 
 
679 aa  428  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.266344 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2921  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52.26 
 
 
406 aa  425  1e-118  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1894  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52 
 
 
630 aa  426  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2661  cysteine desulfurase  50.25 
 
 
626 aa  426  1e-118  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0591977  normal  0.463261 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2493  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.38 
 
 
605 aa  427  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0728  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.31 
 
 
421 aa  428  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.88575  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1815  selenocysteine lyase  50 
 
 
665 aa  426  1e-118  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.653401  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0429  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49.63 
 
 
419 aa  425  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0754  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.62 
 
 
608 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.633954 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0488  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49.75 
 
 
774 aa  422  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3227  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.37 
 
 
662 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.545837  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52.91 
 
 
427 aa  424  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5792  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.77 
 
 
641 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0152868 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0306  SufS subfamily cysteine desulfurase  52.1 
 
 
414 aa  424  1e-117  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0801844 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0710  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.85 
 
 
414 aa  423  1e-117  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.548374  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1232  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.37 
 
 
629 aa  420  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.153291  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0448  putative cysteine desulfurase  53.69 
 
 
660 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1904  cysteine desulphurases, SufS  53.69 
 
 
660 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.256271  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0199  putative cysteine desulfurase  53.69 
 
 
660 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75031  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0362  selenocysteine lyase  53.44 
 
 
685 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.556152  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0799  cysteine desulfurase  49.75 
 
 
423 aa  419  1e-116  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.635677  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5123  cysteine desulfurase SufS  49.37 
 
 
406 aa  418  1e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0415456  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1407  putative cysteine desulfurase  53.69 
 
 
660 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3442  cysteine desulfurase, SufS subfamily  48.88 
 
 
420 aa  418  1e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  2.91669e-06 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1818  SufS family cysteine desulfurase  53.44 
 
 
660 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.295345  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0933  putative cysteine desulfurase  53.69 
 
 
671 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0117  cysteine desulfurase SufS  49.37 
 
 
406 aa  418  1e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>