More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2701 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
312 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3030  AraC family transcriptional regulator  83.17 
 
 
312 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.331387  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  76.45 
 
 
322 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  72.67 
 
 
312 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4319  AraC family transcriptional regulator  63.02 
 
 
324 aa  373  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0493  AraC family transcriptional regulator  57.42 
 
 
315 aa  345  7e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3889  transcriptional regulator, AraC family  58.69 
 
 
311 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.363483 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4002  transcriptional regulator, AraC family  58.69 
 
 
311 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474244  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6950  transcriptional regulator  55.08 
 
 
310 aa  310  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591911  normal  0.520078 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1070  transcriptional regulator  52.77 
 
 
331 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4475  transcriptional regulator  50.32 
 
 
311 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00072916 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3583  transcriptional regulator, AraC family  50.16 
 
 
314 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.612075  normal  0.105088 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3969  transcriptional regulator, AraC family  48.87 
 
 
313 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  49.84 
 
 
324 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  49.84 
 
 
324 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  49.52 
 
 
324 aa  281  9e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3749  transcriptional regulator, AraC family  52.58 
 
 
320 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0790195  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4826  transcriptional regulator, AraC family  52.58 
 
 
320 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.478935  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  48.87 
 
 
322 aa  280  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  48.06 
 
 
322 aa  279  5e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  48.41 
 
 
317 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  48.87 
 
 
334 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1034  transcriptional regulator, AraC family  48.73 
 
 
316 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0108866  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  48.39 
 
 
322 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0152  transcriptional regulator, AraC family  48.08 
 
 
318 aa  269  4e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.143566 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0719  transcriptional regulator, AraC family  47.74 
 
 
318 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0208  ThiJ/PfpI domain-containing protein  47.76 
 
 
318 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0903161  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4201  AraC family transcriptional regulator  46.77 
 
 
312 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7238  transcriptional regulator  45.98 
 
 
315 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.402407  normal  0.120552 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0128  transcriptional regulator, AraC family  46.96 
 
 
314 aa  264  1e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3263  transcriptional regulator  47.1 
 
 
322 aa  263  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  47.91 
 
 
327 aa  263  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3567  AraC family transcriptional regulator  49.17 
 
 
311 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  47.59 
 
 
387 aa  261  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3880  AraC family transcriptional regulator  46.62 
 
 
315 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.511713 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4060  AraC family transcriptional regulator  48.55 
 
 
321 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380555  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4306  AraC family transcriptional regulator  48.55 
 
 
321 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.730191 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6096  AraC family transcriptional regulator  45.83 
 
 
342 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1705  transcriptional regulator  46.77 
 
 
319 aa  260  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3160  AraC family transcriptional regulator  44.66 
 
 
316 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4722  AraC family transcriptional regulator  45.98 
 
 
315 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3641  AraC family transcriptional regulator  45.98 
 
 
315 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0500606  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5208  AraC family transcriptional regulator  44.66 
 
 
316 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0566116 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5069  AraC family transcriptional regulator  44.66 
 
 
316 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  49.84 
 
 
338 aa  258  6e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4719  AraC family transcriptional regulator  45.19 
 
 
317 aa  258  8e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3211  AraC family transcriptional regulator  48.23 
 
 
321 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.119122  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3724  AraC family transcriptional regulator  46.3 
 
 
330 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.135775  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4200  AraC family transcriptional regulator  45.71 
 
 
319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6258  AraC family transcriptional regulator  46.95 
 
 
315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1645  transcriptional regulator AraC family  47.74 
 
 
327 aa  254  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1900  transcriptional regulator  46.45 
 
 
320 aa  252  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5953  AraC family transcriptional regulator  46.95 
 
 
315 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.884955  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4728  transcriptional regulator, AraC family  47.77 
 
 
318 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.900949 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  48.87 
 
 
343 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  48.87 
 
 
369 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  48.87 
 
 
369 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  48.87 
 
 
346 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  48.87 
 
 
374 aa  250  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  48.87 
 
 
346 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  48.87 
 
 
346 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  46.95 
 
 
338 aa  249  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6170  AraC family transcriptional regulator  48.39 
 
 
318 aa  248  8e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396266 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5187  AraC family transcriptional regulator  45.34 
 
 
317 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4299  AraC family transcriptional regulator  45.66 
 
 
323 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2955  AraC family transcriptional regulator  43.59 
 
 
321 aa  246  4.9999999999999997e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4522  AraC family transcriptional regulator  44.52 
 
 
313 aa  244  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0983647  decreased coverage  0.00465183 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1581  transcriptional regulator  43.95 
 
 
335 aa  243  3.9999999999999997e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0522474  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0874  AraC family transcriptional regulator  43.91 
 
 
334 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  46.3 
 
 
338 aa  235  8e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  42.31 
 
 
325 aa  233  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  41.8 
 
 
319 aa  233  5e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1772  AraC family transcriptional regulator  44.74 
 
 
321 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2061  AraC family transcriptional regulator  44.74 
 
 
321 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.284962  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0762  AraC family transcriptional regulator  44.74 
 
 
321 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0687  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  44.74 
 
 
321 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1055  AraC family transcriptional regulator  44.74 
 
 
321 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5819  transcriptional regulator  44.23 
 
 
338 aa  230  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321081  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0776  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  44.41 
 
 
321 aa  229  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4876  AraC family transcriptional regulator  48.86 
 
 
321 aa  229  4e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395791  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3069  AraC family transcriptional regulator  42.41 
 
 
316 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00244653  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4441  AraC family transcriptional regulator  43.69 
 
 
318 aa  226  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1652  AraC family transcriptional regulator  46.1 
 
 
327 aa  226  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.193118 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  46.1 
 
 
320 aa  225  8e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2990  transcriptional regulator  37.99 
 
 
320 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1650  AraC family transcriptional regulator  45.19 
 
 
339 aa  223  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1088  transcriptional regulator, AraC family  41.35 
 
 
332 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2717  transcriptional regulator  42.14 
 
 
325 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2375  AraC family transcriptional regulator  44.34 
 
 
351 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.229949  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  39.01 
 
 
334 aa  218  7e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1481  transcriptional regulator, AraC family  43.59 
 
 
321 aa  216  4e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2196  transcriptional regulator  41.61 
 
 
334 aa  216  5e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1856  transcriptional regulator, AraC family  38.73 
 
 
320 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922042  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2453  transcriptional regulator  41.48 
 
 
339 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  40.51 
 
 
319 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  39.37 
 
 
336 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5075  AraC family transcriptional regulator  41.85 
 
 
326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2581  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 
325 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0339755  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  40.85 
 
 
338 aa  211  1e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2560  transcriptional regulator, AraC family  46.96 
 
 
333 aa  211  1e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>