More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2675 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
344 aa  697    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  62.96 
 
 
332 aa  424  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  59.16 
 
 
327 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  53.37 
 
 
343 aa  345  6e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  48.11 
 
 
326 aa  325  7e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  50.45 
 
 
341 aa  321  9.999999999999999e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  48.58 
 
 
331 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  52 
 
 
285 aa  305  9.000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  49.25 
 
 
330 aa  288  9e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  48.95 
 
 
330 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  50.61 
 
 
338 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  37.27 
 
 
337 aa  225  8e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  39.62 
 
 
314 aa  224  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 
333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  35.76 
 
 
320 aa  212  7.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  38.46 
 
 
325 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  40.43 
 
 
340 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  39.29 
 
 
361 aa  180  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  37.45 
 
 
336 aa  178  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  34.46 
 
 
329 aa  177  3e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 
330 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  38.5 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2398  cyclic nucleotide-binding protein  33.95 
 
 
355 aa  172  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401511  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  39.38 
 
 
347 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 
324 aa  171  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.94 
 
 
326 aa  169  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  30.34 
 
 
321 aa  167  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  33.6 
 
 
324 aa  166  4e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 
351 aa  160  3e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  30.51 
 
 
336 aa  160  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  35.63 
 
 
345 aa  158  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 
322 aa  159  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 
332 aa  157  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  41.01 
 
 
323 aa  157  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  34.15 
 
 
330 aa  156  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 
316 aa  155  9e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  36.89 
 
 
322 aa  155  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 
320 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.14 
 
 
324 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  30.58 
 
 
339 aa  153  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  37 
 
 
334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 
306 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  35.22 
 
 
387 aa  152  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  36.52 
 
 
331 aa  152  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 
326 aa  152  8e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  35.62 
 
 
374 aa  152  8e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  35.62 
 
 
369 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 
343 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  35.62 
 
 
369 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 
334 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  37.89 
 
 
329 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 
346 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 
332 aa  152  1e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 
346 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 
346 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  31.37 
 
 
338 aa  151  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  35.19 
 
 
334 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.95 
 
 
327 aa  150  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 
334 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3587  transcriptional activator FtrA  36.97 
 
 
329 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.116485  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4403  transcriptional activator FtrA  40.83 
 
 
333 aa  150  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.59 
 
 
327 aa  150  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  32.31 
 
 
320 aa  149  1.0000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4737  transcriptional activator FtrA  35.43 
 
 
321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  35.59 
 
 
347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  34.16 
 
 
338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 
336 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  32.3 
 
 
326 aa  147  3e-34  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 
336 aa  147  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 
328 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  35.14 
 
 
347 aa  146  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  35.14 
 
 
347 aa  146  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 
342 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 
360 aa  145  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  37.26 
 
 
313 aa  145  8.000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1565  transcriptional activator FtrA  36.69 
 
 
318 aa  145  9e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0715182  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0835  transcriptional activator FtrA  36.69 
 
 
318 aa  145  9e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0055  transcriptional activator FtrA  36.69 
 
 
318 aa  145  9e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00213604  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0872  transcriptional activator FtrA  36.69 
 
 
318 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.637455  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0964  transcriptional activator FtrA  36.69 
 
 
318 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.368238  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2214  transcriptional activator FtrA  36.69 
 
 
318 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00591748  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  29.64 
 
 
331 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2087  transcriptional activator FtrA  35.34 
 
 
321 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.31788  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5373  transcriptional activator FtrA  36.48 
 
 
320 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.379602  normal  0.0775766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4725  AraC family transcriptional regulator  36.55 
 
 
332 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  31.94 
 
 
321 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 
344 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1437  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 
326 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.424387 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  31.12 
 
 
354 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4339  transcriptional regulator, AraC family  38.79 
 
 
334 aa  144  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.400268 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  29.64 
 
 
326 aa  144  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 
326 aa  144  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5890  transcriptional activator FtrA  35 
 
 
321 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4348  transcriptional activator FtrA  36.89 
 
 
324 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000580095 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1844  transcriptional regulator, AraC family  35.78 
 
 
326 aa  143  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 
333 aa  143  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6224  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 
367 aa  143  5e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 
344 aa  143  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 
344 aa  143  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4426  transcriptional activator FtrA  39.32 
 
 
331 aa  143  5e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>