More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2616 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
501 aa  981    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  60.08 
 
 
509 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  59.26 
 
 
504 aa  552  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  59.03 
 
 
518 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  62.58 
 
 
514 aa  527  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.6 
 
 
493 aa  425  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  41.89 
 
 
512 aa  324  3e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  40.34 
 
 
520 aa  320  3e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  42.08 
 
 
503 aa  319  6e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.13 
 
 
497 aa  309  6.999999999999999e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.14 
 
 
512 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.75 
 
 
494 aa  306  5.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.94 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.71 
 
 
489 aa  296  6e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.08 
 
 
515 aa  292  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  33.89 
 
 
479 aa  291  2e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  33.68 
 
 
489 aa  289  9e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.08 
 
 
486 aa  286  4e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.53 
 
 
482 aa  286  5e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  36.72 
 
 
547 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.13 
 
 
502 aa  281  3e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.21 
 
 
495 aa  279  9e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  41.18 
 
 
479 aa  278  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.53 
 
 
483 aa  277  4e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.55 
 
 
525 aa  272  1e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.06 
 
 
495 aa  272  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  34.75 
 
 
483 aa  271  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.49 
 
 
533 aa  272  1e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  33.97 
 
 
479 aa  270  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.49 
 
 
495 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.63 
 
 
477 aa  268  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.51 
 
 
519 aa  266  8.999999999999999e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  35.19 
 
 
569 aa  265  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.8 
 
 
495 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.8 
 
 
495 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.8 
 
 
495 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  33.54 
 
 
479 aa  263  8e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
483 aa  263  8e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  41.05 
 
 
520 aa  262  1e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.47 
 
 
529 aa  261  1e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.11 
 
 
480 aa  261  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
483 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.71 
 
 
493 aa  260  5.0000000000000005e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36 
 
 
475 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33 
 
 
521 aa  260  5.0000000000000005e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.97 
 
 
512 aa  259  8e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.55 
 
 
465 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  35.16 
 
 
465 aa  257  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6515  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.55 
 
 
477 aa  258  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0241936 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  37.13 
 
 
470 aa  256  9e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.71 
 
 
494 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.42 
 
 
483 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.41 
 
 
477 aa  253  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.76 
 
 
484 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4373  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.05 
 
 
483 aa  249  7e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.22 
 
 
473 aa  249  7e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.97 
 
 
484 aa  249  9e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.24 
 
 
507 aa  248  2e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.68 
 
 
473 aa  247  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.96 
 
 
457 aa  247  4e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.23 
 
 
560 aa  246  6e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.31 
 
 
546 aa  246  8e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  33.83 
 
 
518 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.2 
 
 
496 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.2 
 
 
496 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.26 
 
 
558 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2638  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.24 
 
 
505 aa  243  5e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.544022  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.84 
 
 
486 aa  243  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  36.5 
 
 
499 aa  243  6e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.24 
 
 
483 aa  243  7e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.01 
 
 
482 aa  243  7.999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  34.07 
 
 
558 aa  243  9e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.03 
 
 
561 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  34.68 
 
 
569 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.19 
 
 
504 aa  241  2e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  34.68 
 
 
569 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.94 
 
 
481 aa  241  2e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  34.69 
 
 
565 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.13 
 
 
471 aa  240  5e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  35.91 
 
 
508 aa  240  5e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.84 
 
 
561 aa  240  5e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.27 
 
 
471 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.78 
 
 
501 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.79 
 
 
500 aa  238  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.69 
 
 
471 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.6 
 
 
517 aa  237  3e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6455  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.03 
 
 
516 aa  237  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.220531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.84 
 
 
517 aa  237  3e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.91 
 
 
471 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.84 
 
 
517 aa  237  4e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  31.25 
 
 
479 aa  236  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.87 
 
 
531 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.15 
 
 
532 aa  235  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.89 
 
 
591 aa  234  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.61 
 
 
482 aa  234  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44210  multidrug efflux pump outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
506 aa  234  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.489954  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.73 
 
 
504 aa  232  1e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.68 
 
 
511 aa  232  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.12 
 
 
541 aa  232  1e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.74 
 
 
485 aa  231  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>