More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2608 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2608  Nitrogenase  100 
 
 		 459 aa  938    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00388329  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0793  nitrogenase  62.16 
 
 		 466 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2591  Nitrogenase  58.01 
 
 		 463 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160092  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2909  Nitrogenase  58.28 
 
 		 460 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0772  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  46.88 
 
 		 441 aa  374  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1566  nitrogenase  39.69 
 
 		 447 aa  340  2.9999999999999998e-92  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1997  nitrogenase  35.07 
 
 		 452 aa  268  2e-70  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2010  nitrogenase  36.32 
 
 		 448 aa  264  2e-69  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.696694  normal  0.320293 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0094  Nitrogenase  34.16 
 
 		 450 aa  251  2e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.062022 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2003  nitrogenase  33.72 
 
 		 450 aa  245  1.9999999999999999e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.577427  normal  0.745673 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1354  Nitrogenase  32.44 
 
 		 444 aa  233  7.000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00134984  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2888  oxidoreductase/nitrogenase component 1  32.33 
 
 		 415 aa  209  8e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0772  nitrogenase  36.5 
 
 		 451 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.291295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1146  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  24.89 
 
 		 455 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.101192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2273  nitrogenase associated protein N  25.4 
 
 		 446 aa  109  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.1891 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4029  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  22.86 
 
 		 466 aa  107  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.522703 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0842  Nitrogenase  26.67 
 
 		 450 aa  100  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1614  oxidoreductase/nitrogenase component 1  22.2 
 
 		 425 aa  99  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0403  oxidoreductase/nitrogenase component 1  31.87 
 
 		 430 aa  98.2  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.455367 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0557  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.72 
 
 		 455 aa  97.4  4e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0151336  normal  0.228475 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2276  nitrogenase, subunit beta  23.62 
 
 		 461 aa  96.3  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.665587  normal  0.115682 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6879  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.28 
 
 		 518 aa  96.3  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.640197  normal  0.320804 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1938  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  30.2 
 
 		 355 aa  94  5e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4028  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  27.57 
 
 		 509 aa  92.8  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.764483 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1534  nitrogenase  24.83 
 
 		 450 aa  92.4  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.898228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2118  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.3 
 
 		 511 aa  92.8  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0200867 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0093  Nitrogenase  29.18 
 
 		 511 aa  92  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.061617 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0508  nitrogenase  21.46 
 
 		 402 aa  92.4  2e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0555  Nitrogenase  23.48 
 
 		 456 aa  91.7  3e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.376218 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3469  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  20.45 
 
 		 487 aa  91.7  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0838  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.8 
 
 		 458 aa  90.9  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2274  nitrogenase associated protein E  23.91 
 
 		 509 aa  90.5  6e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.204105 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1392  nitrogenase  24.23 
 
 		 462 aa  90.1  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.392625  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2366  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  20.53 
 
 		 511 aa  90.1  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1953  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.09 
 
 		 460 aa  89.7  9e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.119434  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1631  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.44 
 
 		 460 aa  89.7  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000877058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4249  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  20.88 
 
 		 512 aa  89.4  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2076  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.78 
 
 		 487 aa  89.4  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2100  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.93 
 
 		 487 aa  89.7  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0662  nitrogenase  22.66 
 
 		 462 aa  89.4  1e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.341539  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0664  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.92 
 
 		 489 aa  88.6  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.862296 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0102  nitrogenase  22.88 
 
 		 462 aa  88.6  2e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0981911  normal  0.153494 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2819  nitrogenase molybdenum-iron protein, beta subunit  23.15 
 
 		 489 aa  88.2  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2082  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  30.04 
 
 		 347 aa  87.8  3e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2817  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.33 
 
 		 463 aa  87.8  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6416  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  27.27 
 
 		 517 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2009  nitrogenase  26.95 
 
 		 516 aa  88.2  3e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0918882  normal  0.238149 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1955  Nitrogenase  22.81 
 
 		 450 aa  87.8  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0171503  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3630  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.9 
 
 		 519 aa  87.4  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154092 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1352  nitrogenase molybdenum-iron protein subunit beta  20.83 
 
 		 511 aa  87.4  5e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.475929  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5923  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, nifK  23.77 
 
 		 519 aa  86.7  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1755  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.08 
 
 		 460 aa  86.7  8e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.077468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0061  nitrogenase  24.62 
 
 		 462 aa  86.7  9e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1799  nitrogenase  22.44 
 
 		 462 aa  85.9  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2143  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.56 
 
 		 487 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.305963 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1198  nitrogenase  22.63 
 
 		 475 aa  85.9  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.403437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0475  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  20.86 
 
 		 520 aa  86.3  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0679  Nitrogenase  24.95 
 
 		 451 aa  86.3  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0432483  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1815  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.51 
 
 		 511 aa  85.5  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.994927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0648  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.03 
 
 		 489 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0681  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.48 
 
 		 459 aa  85.5  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.746204  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4681  nitrogenase  22.84 
 
 		 462 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2004  nitrogenase  28.92 
 
 		 515 aa  85.1  0.000000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.811675 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1787  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.51 
 
 		 511 aa  85.5  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0090  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  20.88 
 
 		 519 aa  84.7  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4027  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  23.76 
 
 		 463 aa  84.7  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.762261 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1177  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.1 
 
 		 487 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1757  Nitrogenase  22.83 
 
 		 457 aa  84.7  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0799606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2343  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.64 
 
 		 519 aa  85.1  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.303723  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0231  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.32 
 
 		 519 aa  84.3  0.000000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.819432  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1467  nitrogenase, molybdenum-iron protein beta chain(NifK)  22.94 
 
 		 519 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.261912  hitchhiker  0.00055229 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1012  nitrogenase  23.62 
 
 		 454 aa  84.3  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0740  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.54 
 
 		 459 aa  84.3  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0493  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  20.6 
 
 		 522 aa  84  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3094  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.96 
 
 		 461 aa  84  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1248  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.1 
 
 		 485 aa  84  0.000000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.36292  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2908  Nitrogenase  25.67 
 
 		 502 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0272  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.43 
 
 		 523 aa  84  0.000000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.322626  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1152  nitrogenase molybdenum-iron protein, beta subunit, putative  22.63 
 
 		 451 aa  83.6  0.000000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.680246  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3204  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  25.6 
 
 		 508 aa  83.2  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2592  Nitrogenase  25.93 
 
 		 511 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.181318  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02590  vanadium nitrogenase beta subunit, vnfK  22.3 
 
 		 475 aa  82.8  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1551  nitrogenase, subunit K  21.79 
 
 		 462 aa  82.8  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3930  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  19.91 
 
 		 512 aa  82.8  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.39743  normal  0.0737899 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0059  nitrogenase  20.67 
 
 		 458 aa  82.8  0.00000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.148206  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1154  nitrogenase molybdenum-iron protein, beta subunit  22.39 
 
 		 461 aa  82  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.813541  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1250  nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifN, putative  22.94 
 
 		 452 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.113259  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1838  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  23.61 
 
 		 508 aa  81.6  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0579609 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4461  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.42 
 
 		 518 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4138  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.3 
 
 		 512 aa  82  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.453924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1532  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  20.97 
 
 		 459 aa  81.3  0.00000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1620  Fe-only nitrogenase, beta subunit  23.58 
 
 		 461 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.855819  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3531  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  22.04 
 
 		 508 aa  80.9  0.00000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2617  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.82 
 
 		 458 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4486  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.13 
 
 		 518 aa  80.9  0.00000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2620  nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE  28.15 
 
 		 474 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1633  Nitrogenase  23.18 
 
 		 456 aa  80.9  0.00000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000322358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0148  nitrogenase  29.75 
 
 		 459 aa  80.9  0.00000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0794  nitrogenase  24.28 
 
 		 511 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1200  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.63 
 
 		 524 aa  80.1  0.00000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00251423 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>