More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2568 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0032  succinate semialdehyde dehydrogenase  68.91 
 
 		 498 aa  661    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105667  normal  0.227937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0577  succinic semialdehyde dehydrogenase  67.65 
 
 		 497 aa  641    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289417  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3136  succinic semialdehyde dehydrogenase  91.93 
 
 		 483 aa  885    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4212  succinate semialdehyde dehydrogenase  67.7 
 
 		 489 aa  663    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3493  succinic semialdehyde dehydrogenase  86.34 
 
 		 483 aa  860    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.348419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0465  succinic semialdehyde dehydrogenase  68.28 
 
 		 497 aa  656    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0255  succinic semialdehyde dehydrogenase  67.23 
 
 		 497 aa  656    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2568  succinic semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 		 486 aa  981    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.951924  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0454  succinic semialdehyde dehydrogenase  66.6 
 
 		 497 aa  633  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0231  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  63.2 
 
 		 483 aa  629  1e-179  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1022  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.59 
 
 		 482 aa  626  1e-178  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03430  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  62.29 
 
 		 483 aa  624  1e-178  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.59013  hitchhiker  1.44142e-17 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5593  succinic semialdehyde dehydrogenase  63.96 
 
 		 484 aa  624  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0343  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  62.5 
 
 		 483 aa  625  1e-178  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2781  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  61.17 
 
 		 482 aa  623  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.610238 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3903  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  61.38 
 
 		 482 aa  624  1e-177  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.85959 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2941  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  61.17 
 
 		 482 aa  622  1e-177  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1045  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  60.96 
 
 		 482 aa  619  1e-176  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3222  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.88 
 
 		 484 aa  614  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02517  succinate-semialdehyde dehydrogenase I, NADP-dependent  60.75 
 
 		 482 aa  617  1e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2796  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  60.75 
 
 		 482 aa  617  1e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6540  succinic semialdehyde dehydrogenase  63.54 
 
 		 484 aa  616  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142006 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2774  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.18 
 
 		 486 aa  617  1e-175  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1691  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.13 
 
 		 484 aa  614  1e-175  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.943711  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02481  hypothetical protein  60.75 
 
 		 482 aa  617  1e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3004  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.95 
 
 		 482 aa  615  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1113  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.09 
 
 		 482 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4208  succinate semialdehyde dehydrogenase  63.07 
 
 		 500 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485625  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49080  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  61.88 
 
 		 483 aa  612  9.999999999999999e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.133526  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3187  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.3 
 
 		 482 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.450535  normal  0.0362336 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1171  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.88 
 
 		 482 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0195542  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2904  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  60.46 
 
 		 482 aa  608  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2971  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  60.46 
 
 		 482 aa  608  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0217153 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1204  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.88 
 
 		 482 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.160081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3092  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  60.25 
 
 		 482 aa  606  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2125  succinate-semialdehyde dehydrogenase  61.83 
 
 		 489 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.481281  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0394  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.83 
 
 		 489 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.41264  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1481  succinate-semialdehyde dehydrogenase  61.62 
 
 		 489 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.670932  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1820  succinate-semialdehyde dehydrogenase  61.83 
 
 		 489 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3395  succinate semialdehyde dehydrogenase  58.85 
 
 		 509 aa  606  9.999999999999999e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.610857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2120  succinate-semialdehyde dehydrogenase  61.83 
 
 		 489 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.71661  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1099  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.88 
 
 		 482 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.681795  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0909  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.3 
 
 		 488 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2988  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  60.25 
 
 		 482 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.853074  normal  0.0957266 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0808  succinate-semialdehyde dehydrogenase  61.83 
 
 		 489 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0492  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)  61.83 
 
 		 489 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.27369  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4662  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.88 
 
 		 493 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0517  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.34 
 
 		 486 aa  606  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000530591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4421  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.01 
 
 		 479 aa  602  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0213  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  61.22 
 
 		 480 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.246043 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1275  succinate-semialdehyde dehydrogenase  61.46 
 
 		 482 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0951  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.25 
 
 		 482 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0187  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  61.09 
 
 		 480 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4305  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.75 
 
 		 484 aa  603  1.0000000000000001e-171  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4999  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  61.01 
 
 		 480 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2913  succinate semialdehyde dehydrogenase  61.46 
 
 		 482 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0320472  normal  0.673658 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3092  succinate semialdehyde dehydrogenase  61.04 
 
 		 482 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.101414  normal  0.617954 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1756  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)  62.22 
 
 		 491 aa  598  1e-170  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1093  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.67 
 
 		 486 aa  601  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0237  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  61.01 
 
 		 480 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0228  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  61.01 
 
 		 480 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3363  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.79 
 
 		 489 aa  600  1e-170  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.159343 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4443  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.8 
 
 		 483 aa  600  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.094172 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0173  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.8 
 
 		 479 aa  600  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0580  succinic semialdehyde dehydrogenase  62.82 
 
 		 480 aa  599  1e-170  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2995  succinate semialdehyde dehydrogenase  60.83 
 
 		 482 aa  598  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0765297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4908  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.37 
 
 		 489 aa  597  1e-169  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5242  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.17 
 
 		 489 aa  597  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.426538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0100  succinic semialdehyde dehydrogenase  62.13 
 
 		 484 aa  597  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0279  succinate semialdehyde dehydrogenase  60.17 
 
 		 489 aa  597  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.89832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3441  succinate semialdehyde dehydrogenase  60.5 
 
 		 479 aa  597  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.301737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0786  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.3 
 
 		 493 aa  597  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3004  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.37 
 
 		 489 aa  597  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4850  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.88 
 
 		 486 aa  597  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4712  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.17 
 
 		 489 aa  597  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5362  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.37 
 
 		 489 aa  597  1e-169  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0300  succinate-semialdehyde dehydrogenase  59.12 
 
 		 480 aa  592  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0091  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.12 
 
 		 480 aa  592  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1976  succinate semialdehyde dehydrogenase  59.09 
 
 		 496 aa  592  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.275824  normal  0.526034 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4355  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.7 
 
 		 493 aa  594  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00805728 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2991  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.7 
 
 		 485 aa  588  1e-167  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6539300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8306  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.79 
 
 		 493 aa  589  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.985186  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0274  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.71 
 
 		 492 aa  590  1e-167  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2544  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.47 
 
 		 490 aa  589  1e-167  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.642859  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4681  succinic semialdehyde dehydrogenase  60 
 
 		 492 aa  589  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4617  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.12 
 
 		 488 aa  585  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224958  normal  0.233649 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2207  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)  59.87 
 
 		 480 aa  586  1e-166  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.335018  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2827  succinate semialdehyde dehydrogenase  61.52 
 
 		 483 aa  587  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0112  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.56 
 
 		 484 aa  587  1e-166  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3095  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.75 
 
 		 491 aa  582  1.0000000000000001e-165  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.628741  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3193  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.84 
 
 		 480 aa  581  1.0000000000000001e-165  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2232  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.6 
 
 		 490 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.179886  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1292  succinic semialdehyde dehydrogenase  56.49 
 
 		 485 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00190928  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6931  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.91 
 
 		 479 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.80699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2324  succinate semialdehyde dehydrogenase  61.57 
 
 		 492 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.832005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2003  succinic semialdehyde dehydrogenase  62.89 
 
 		 496 aa  581  1.0000000000000001e-165  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000861925 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2402  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.4 
 
 		 490 aa  578  1e-164  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.341651 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2637  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD(P)(+))  61.55 
 
 		 480 aa  579  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.602715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0213  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.54 
 
 		 492 aa  579  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.786998  normal  0.906241 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0289  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.04 
 
 		 490 aa  580  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>