74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2557 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  100 
 
 
146 aa  285  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  54.01 
 
 
144 aa  147  4e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1785  cytochrome c prime  48.25 
 
 
151 aa  123  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.849922  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1625  cytochrome c, class II  38.36 
 
 
149 aa  98.6  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1440  cytochrome c, class II  37.58 
 
 
150 aa  99  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  34.25 
 
 
149 aa  97.1  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  43.62 
 
 
146 aa  90.5  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4496  cytochrome c prime  36.49 
 
 
149 aa  90.1  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  36.91 
 
 
157 aa  85.1  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  39.17 
 
 
148 aa  84.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5606  cytochrome c, class II  39.55 
 
 
149 aa  84.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  37.4 
 
 
151 aa  66.2  1e-10  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  30.13 
 
 
155 aa  64.3  5e-10  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  37.3 
 
 
151 aa  63.9  7e-10  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  33.06 
 
 
172 aa  63.5  9e-10  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  34.44 
 
 
150 aa  60.5  8e-09  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.94758e-08 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  29.29 
 
 
154 aa  60.1  1e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  34.13 
 
 
136 aa  60.1  1e-08  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4843  cytochrome c, class II  30.58 
 
 
152 aa  58.9  2e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250644  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  30 
 
 
170 aa  57.8  4e-08  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  31.4 
 
 
148 aa  58.2  4e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  34 
 
 
147 aa  57.8  5e-08  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2126  cytochrome c, class II  35.16 
 
 
149 aa  57.8  5e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4970  cytochrome c', putative  30.58 
 
 
155 aa  57.8  5e-08  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151016  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1225  cytochrome c prime  29.73 
 
 
155 aa  56.6  1e-07  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.239177 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  32.85 
 
 
159 aa  56.6  1e-07  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  30.07 
 
 
155 aa  56.2  1e-07  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  34.43 
 
 
159 aa  55.8  2e-07  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  34.75 
 
 
146 aa  55.8  2e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0474  cytochrome c'  35.16 
 
 
149 aa  55.8  2e-07  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0041  cytochrome c, class II  28.48 
 
 
151 aa  55.8  2e-07  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.417622  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  31.71 
 
 
151 aa  53.5  8e-07  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  34.43 
 
 
153 aa  53.9  8e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  27.34 
 
 
155 aa  53.1  1e-06  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5019  cytochrome c'  30.47 
 
 
152 aa  52.8  1e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  26.03 
 
 
151 aa  52.4  2e-06  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  26.45 
 
 
149 aa  52.8  2e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  27.05 
 
 
148 aa  51.6  4e-06  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  31.06 
 
 
153 aa  51.2  4e-06  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  31.71 
 
 
153 aa  51.6  4e-06  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  34.71 
 
 
149 aa  50.8  6e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4420  cytochrome c, class II  31.15 
 
 
154 aa  50.4  7e-06  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  30.89 
 
 
153 aa  49.7  1e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  2.94803e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  32.28 
 
 
149 aa  49.7  1e-05  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  33.33 
 
 
153 aa  50.1  1e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.70281e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  33.33 
 
 
149 aa  48.9  2e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  5.71925e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  33.06 
 
 
153 aa  48.9  2e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  33.33 
 
 
149 aa  48.5  3e-05  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  31.71 
 
 
150 aa  48.5  3e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  32.54 
 
 
149 aa  48.1  4e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.08946e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  32.54 
 
 
149 aa  48.1  4e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  6.89857e-09  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  32.54 
 
 
149 aa  47.4  7e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.08815e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03580  cytochrome C  26.23 
 
 
166 aa  47.4  7e-05  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0385574  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  32.64 
 
 
150 aa  47.4  7e-05  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  33.59 
 
 
153 aa  47  8e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  32.28 
 
 
149 aa  47.4  8e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.39572e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  33.59 
 
 
153 aa  47  9e-05  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2396  cytochrome c, class II  31.5 
 
 
149 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00865436  normal  0.433653 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  34.4 
 
 
153 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  27.86 
 
 
152 aa  45.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5272  cytochrome c, class II  24.83 
 
 
149 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400589  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  29.75 
 
 
150 aa  45.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  30.87 
 
 
149 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  2.45313e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2023  cytochrome c prime  28.69 
 
 
152 aa  44.3  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  30.95 
 
 
149 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.23618e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  30.95 
 
 
149 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.42907e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  29.17 
 
 
156 aa  43.9  0.0008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  29.85 
 
 
151 aa  43.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3283  cytochrome c, class II  30.32 
 
 
152 aa  42.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00438456  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  23.58 
 
 
152 aa  41.6  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0850  cytochrome c prime  33.9 
 
 
146 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.990375 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2868  cytochrome c  29.94 
 
 
159 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1455  cytochrome c, class II  21.53 
 
 
153 aa  40.8  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  24.6 
 
 
152 aa  40.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>