More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2411 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2411  periplasmic binding protein  100 
 
 		 323 aa  642    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0166  periplasmic binding protein  73.23 
 
 		 323 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2350  periplasmic binding protein  72.24 
 
 		 323 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.048634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1969  periplasmic binding protein  67.2 
 
 		 329 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2324  periplasmic binding protein  62.66 
 
 		 288 aa  308  5.9999999999999995e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0524222  normal  0.815768 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1931  periplasmic binding protein  51.14 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  46.18 
 
 		 312 aa  225  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2339  periplasmic binding protein  41.2 
 
 		 316 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0573  hemin-binding periplasmic protein hmuT  46.33 
 
 		 278 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4203  periplasmic binding protein  42.8 
 
 		 291 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.564967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3620  periplasmic binding protein  40.08 
 
 		 297 aa  209  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3270  periplasmic binding protein  41.39 
 
 		 309 aa  209  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0101899 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0457  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  39.22 
 
 		 303 aa  205  9e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.251804  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0345  periplasmic binding protein  44.83 
 
 		 282 aa  204  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1442  periplasmic binding protein  38.82 
 
 		 321 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181866  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3019  periplasmic binding protein  40.64 
 
 		 309 aa  195  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.184479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  41.25 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4588  periplasmic binding protein  43.08 
 
 		 292 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2195  periplasmic binding protein  37.5 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0123698  normal  0.456206 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4192  periplasmic binding protein  42.81 
 
 		 320 aa  182  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0568253  normal  0.138797 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  35.42 
 
 		 362 aa  173  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3565  periplasmic binding protein  37.64 
 
 		 360 aa  168  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0182  periplasmic binding protein  39 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0861033 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  34.59 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  34.36 
 
 		 357 aa  156  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1605  periplasmic binding protein  36.9 
 
 		 279 aa  155  7e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000278278 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  36.76 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2762  periplasmic binding protein  36.25 
 
 		 272 aa  152  8.999999999999999e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.599111  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2167  periplasmic binding protein  36.08 
 
 		 276 aa  152  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.579619  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3336  periplasmic binding protein  37.83 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383489  hitchhiker  0.00144742 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5317  periplasmic binding protein  36.96 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4774  periplasmic binding protein  36.59 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1778  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  37.13 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4836  periplasmic binding protein  37.59 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5429  periplasmic binding protein  37.59 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5433  periplasmic binding protein  37.59 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0579041  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0219  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  37.59 
 
 		 305 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2460  periplasmic binding protein  35.32 
 
 		 272 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0345  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  37.09 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0438  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  37.09 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  36.95 
 
 		 283 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0853  periplasmic binding protein  34 
 
 		 280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0648  hemin-binding periplasmic protein  33.72 
 
 		 279 aa  146  6e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3891  periplasmic binding protein  33.72 
 
 		 279 aa  146  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.815625  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3803  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  33.72 
 
 		 279 aa  146  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.656087  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1828  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  36.73 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1118  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  36.73 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.403801  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2092  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  36.73 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0826  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  36.73 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  32.86 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3535  periplasmic binding protein  31.89 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.862472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3331  periplasmic binding protein  33.71 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1739  periplasmic binding protein  32.56 
 
 		 273 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.102964  normal  0.190946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  32.69 
 
 		 276 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  32.98 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0786  periplasmic binding protein  33.74 
 
 		 327 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.683071  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  32.39 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2752  periplasmic binding protein  32.82 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05241  ABC-type hemin transport system periplasmic component  36.54 
 
 		 289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2834  periplasmic binding protein  34.54 
 
 		 271 aa  132  9e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  28.33 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1210  periplasmic binding protein  33.86 
 
 		 270 aa  124  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1488  periplasmic binding protein  33.85 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  27.09 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001352  periplasmic hemin-binding protein  33.46 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00152627  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3879  periplasmic binding protein  32.42 
 
 		 379 aa  122  8e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.051517 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0324  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein HutB  33.08 
 
 		 277 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000295814  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0371  periplasmic binding protein  30.43 
 
 		 380 aa  118  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0962  periplasmic binding protein  29.47 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  31.54 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3673  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.46 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4008  periplasmic binding protein  32.21 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0948  periplasmic binding protein  32.13 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.971026  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  29.61 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1017  periplasmic binding protein  32.09 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.951283  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  31.25 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  30.8 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0993  periplasmic binding protein  30.77 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00265339  hitchhiker  0.0000000000789145 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1050  periplasmic binding protein  30.71 
 
 		 343 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  29.28 
 
 		 294 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  30.45 
 
 		 294 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3239  periplasmic binding protein  31.08 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.720856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3342  periplasmic binding protein  30.34 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0029736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01536  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  29.59 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0075  periplasmic binding protein  28.37 
 
 		 335 aa  106  5e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  30.29 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2759  periplasmic binding protein  31.77 
 
 		 380 aa  106  6e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.199201  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4800  periplasmic binding protein  29.39 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000643232  hitchhiker  0.00663707 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1566  periplasmic binding protein  27.55 
 
 		 289 aa  99.4  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.447578  normal  0.39643 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2873  periplasmic binding protein  31.85 
 
 		 364 aa  99  9e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5424  hypothetical protein  30.32 
 
 		 297 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.233376  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09830  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  31.16 
 
 		 394 aa  98.2  2e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.423992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  28.96 
 
 		 309 aa  97.4  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  26.58 
 
 		 335 aa  94.4  2e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0124  periplasmic binding protein  28.07 
 
 		 295 aa  95.1  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000158909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  30.37 
 
 		 315 aa  90.1  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  31.58 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  29.44 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  28.22 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  34.72 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>