More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2356 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2356  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 332 aa  653    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0433  twin-arginine translocation pathway signal  66.26 
 
 		 333 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  64.42 
 
 		 344 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2856  ApbE family lipoprotein  50.91 
 
 		 330 aa  310  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  50.8 
 
 		 330 aa  310  2.9999999999999997e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6013  nitrous oxide reductase accessory protein NosX (required for nitrous oxide reduction), ApbE-like lipoprotein  52.32 
 
 		 332 aa  297  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.279768  normal  0.154991 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4341  ApbE family lipoprotein  46.85 
 
 		 336 aa  264  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4214  ApbE family lipoprotein  43.96 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3168  ApbE family lipoprotein  43.14 
 
 		 313 aa  188  9e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1333  ApbE family lipoprotein  43.56 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.254528 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  43.33 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1534  ApbE family lipoprotein  43.18 
 
 		 326 aa  176  4e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2415  ApbE family lipoprotein  44.48 
 
 		 325 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.410887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3326  hypothetical protein  40.82 
 
 		 300 aa  169  8e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.128315 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  34.72 
 
 		 344 aa  168  9e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  40.91 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  42.37 
 
 		 320 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0685  ApbE family lipoprotein  41.01 
 
 		 298 aa  155  7e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0743531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  29.24 
 
 		 352 aa  149  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  32.73 
 
 		 342 aa  142  7e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  35.08 
 
 		 336 aa  142  8e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3199  putative nitrous-oxide reductase protein NosX  39.42 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  33.46 
 
 		 336 aa  139  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2485  ApbE family lipoprotein  37.71 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  31.58 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  31.14 
 
 		 344 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  27.3 
 
 		 350 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  31.49 
 
 		 344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6245  ApbE family lipoprotein  35.34 
 
 		 264 aa  126  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.49 
 
 		 357 aa  126  6e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.22 
 
 		 349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.7 
 
 		 332 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  33.56 
 
 		 386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.14 
 
 		 363 aa  120  3.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  30.74 
 
 		 345 aa  119  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  32.13 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  34.85 
 
 		 379 aa  118  9.999999999999999e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  26.99 
 
 		 345 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  28.82 
 
 		 360 aa  117  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  28.18 
 
 		 328 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  31.76 
 
 		 306 aa  116  6e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  31.62 
 
 		 351 aa  115  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  28.67 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  29.24 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  31.46 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  29.66 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  26.3 
 
 		 309 aa  112  7.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1244  ApbE family lipoprotein  29.71 
 
 		 347 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.75152  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.07 
 
 		 336 aa  109  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  28.42 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  31.1 
 
 		 345 aa  105  7e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  30.65 
 
 		 308 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  32.9 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  27.03 
 
 		 348 aa  104  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  25.38 
 
 		 380 aa  104  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.62 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 362 aa  104  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  28.63 
 
 		 339 aa  103  3e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2563  ApbE family lipoprotein  29.86 
 
 		 329 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  26.52 
 
 		 341 aa  102  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  29.1 
 
 		 336 aa  102  7e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1225  ApbE-like lipoprotein  29.62 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.65797  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  31.25 
 
 		 355 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  27.15 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  31.67 
 
 		 336 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  27.07 
 
 		 366 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  26.55 
 
 		 330 aa  100  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  25.74 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  30.6 
 
 		 349 aa  100  3e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  25.53 
 
 		 371 aa  100  3e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  24.01 
 
 		 350 aa  100  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  30.97 
 
 		 349 aa  100  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  31.78 
 
 		 417 aa  100  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0660  ApbE-like lipoprotein  32.55 
 
 		 800 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.121438 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  27.74 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  31.69 
 
 		 345 aa  100  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  31.29 
 
 		 326 aa  100  5e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  27.86 
 
 		 338 aa  99.8  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  27.57 
 
 		 315 aa  99.8  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  33.1 
 
 		 335 aa  99.8  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  27.83 
 
 		 351 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  27.83 
 
 		 351 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.58 
 
 		 361 aa  99  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  27.83 
 
 		 351 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.83 
 
 		 351 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.83 
 
 		 351 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.83 
 
 		 351 aa  97.8  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  25.37 
 
 		 353 aa  97.8  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.83 
 
 		 351 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  32.97 
 
 		 342 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  32.71 
 
 		 339 aa  98.2  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  33.44 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  29.89 
 
 		 350 aa  97.1  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  32.68 
 
 		 337 aa  97.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  24.55 
 
 		 342 aa  97.4  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.83 
 
 		 351 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.2 
 
 		 351 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  32.92 
 
 		 365 aa  97.1  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  32.92 
 
 		 368 aa  97.1  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  32.26 
 
 		 332 aa  96.7  5e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>