227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2278 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2278  NERD domain protein  100 
 
 		 1585 aa  3241    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468792  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2126  ATPase  99.87 
 
 		 1585 aa  3237    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3938  superfamily I DNA/RNA helicase  31.55 
 
 		 1651 aa  612  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.98348 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5029  superfamily I DNA/RNA helicase  39.41 
 
 		 1620 aa  396  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2554  superfamily I DNA/RNA helicase  31.12 
 
 		 1653 aa  144  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237962  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1883  AAA ATPase  32.72 
 
 		 1284 aa  134  1.0000000000000001e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.590232  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0918  putative DNA helicase  23.75 
 
 		 650 aa  124  1.9999999999999998e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1291  AAA ATPase  31.43 
 
 		 1099 aa  122  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0205527  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3342  DEAD-like helicase  29.62 
 
 		 636 aa  121  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.182611 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0940  DNA helicase  23.26 
 
 		 650 aa  121  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.686303  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4194  AAA ATPase  30.09 
 
 		 1126 aa  120  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0708139 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81113  DEAD-box type RNA helicase  26.15 
 
 		 1999 aa  117  1.0000000000000001e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01710  putative DNA helicase  31.96 
 
 		 754 aa  118  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_443  predicted protein  29.18 
 
 		 797 aa  115  5e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00278314 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0901  putative DNA helicase  27.89 
 
 		 643 aa  115  9e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3092  putative helicase  28.57 
 
 		 941 aa  112  4.0000000000000004e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.0418433 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00646  hypothetical protein similar to possible regulator of nonsense transcripts (Broad)  29.02 
 
 		 1077 aa  112  7.000000000000001e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07246  conserved hypothetical protein  29.51 
 
 		 2310 aa  110  2e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02960  ATP dependent helicase, putative  29.89 
 
 		 1090 aa  110  2e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.275864  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH01780  hypothetical protein  25.09 
 
 		 2245 aa  110  2e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1556  DNA helicase  27.16 
 
 		 611 aa  110  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.274637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4258  superfamily I DNA/RNA helicase  29.38 
 
 		 1108 aa  110  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_1178  predicted protein  31.35 
 
 		 609 aa  110  3e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.243815 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1489  hypothetical protein  29.28 
 
 		 1018 aa  109  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.132129  normal  0.443999 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2266  superfamily I DNA/RNA helicase  29.25 
 
 		 1175 aa  108  7e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293154  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI01000  DNA helicase, putative  27.59 
 
 		 748 aa  108  1e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.359255  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3380  AAA ATPase  28.2 
 
 		 632 aa  107  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.134452  normal  0.835582 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4394  superfamily I DNA/RNA helicase  29.68 
 
 		 585 aa  108  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.483682 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4606  superfamily I DNA/RNA helicase  28.14 
 
 		 1284 aa  107  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42380  predicted protein  29.87 
 
 		 479 aa  105  5e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL04770  DNA helicase, putative  26.22 
 
 		 952 aa  102  5e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119646  predicted protein  27.34 
 
 		 795 aa  102  7e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.44147  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_51262  predicted protein  28.14 
 
 		 388 aa  102  8e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.21292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1089  putative DNA helicase  28.82 
 
 		 633 aa  101  1e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.837557  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0955  DNA helicase  27.51 
 
 		 655 aa  97.8  1e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2411  AAA ATPase  25.82 
 
 		 635 aa  98.2  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000174617  normal  0.335241 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0828  putative DNA helicase  27.44 
 
 		 633 aa  97.4  2e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43802  predicted protein  29.11 
 
 		 1189 aa  96.3  5e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.327125  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1828  putative DNA helicase  27.44 
 
 		 633 aa  95.9  5e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3926  superfamily I DNA/RNA helicase  27.27 
 
 		 1190 aa  95.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41525  predicted protein  28.21 
 
 		 466 aa  95.5  8e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0000217661  normal  0.0334974 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4366  superfamily I DNA/RNA helicase  29.33 
 
 		 651 aa  91.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.158459 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07652  DNA helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G01090)  29.43 
 
 		 686 aa  91.3  1e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3080  type III restriction protein res subunit  24.52 
 
 		 636 aa  91.7  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0056  AAA ATPase  28.17 
 
 		 606 aa  90.9  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.414788  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2292  predicted protein  28.12 
 
 		 464 aa  90.9  2e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0893  putative DNA helicase  27.76 
 
 		 633 aa  90.1  3e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29705  predicted protein  29.08 
 
 		 553 aa  89.7  4e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0430706  hitchhiker  0.00367175 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27204  predicted protein  29.08 
 
 		 553 aa  89.7  4e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.332143  normal  0.0288393 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0958  AAA ATPase  30.36 
 
 		 629 aa  87.8  0.000000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4216  superfamily I DNA/RNA helicase  28.32 
 
 		 619 aa  87.4  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.120406  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61353  predicted protein  26.06 
 
 		 716 aa  87.4  0.000000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0014  putative DNA helicase  23.15 
 
 		 925 aa  84.7  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43905  predicted protein  26.02 
 
 		 1038 aa  84.7  0.00000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.352902  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4371  superfamily I DNA and RNA helicase  27.96 
 
 		 622 aa  84.7  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.438014  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03653  essential tripartite DNA replication factor with single-stranded DNA-dependent ATPase (Eurofung)  25.34 
 
 		 1048 aa  84.3  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51880  Superfamily I DNA and RNA helicases and helicase subunits-related protein  25.83 
 
 		 1212 aa  84.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.838373  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4348  superfamily I DNA and RNA helicase  28.67 
 
 		 622 aa  82.4  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37931  predicted protein  26.47 
 
 		 486 aa  80.5  0.0000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.310178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2111  DNA replication factor Dna2  32.01 
 
 		 934 aa  79.3  0.0000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2931  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  32.03 
 
 		 254 aa  79.7  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4335  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  28.16 
 
 		 752 aa  79.3  0.0000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_16357  predicted protein  29.55 
 
 		 268 aa  79  0.0000000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44917  predicted protein  29.53 
 
 		 315 aa  78.2  0.000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.394616  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2916  DNA replication factor Dna2  26.94 
 
 		 902 aa  77  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37994  predicted protein  29.43 
 
 		 521 aa  75.5  0.000000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.273766 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0659  superfamily I DNA and RNA helicase  26.3 
 
 		 1111 aa  74.7  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0681058 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2940  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.78 
 
 		 1196 aa  73.2  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.408455  hitchhiker  0.000165978 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0455  DNA replication factor Dna2  30.14 
 
 		 902 aa  72.4  0.00000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0238  DNA helicase  23.89 
 
 		 922 aa  72  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1059  helicase  27.74 
 
 		 986 aa  71.6  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1784  hypothetical protein  26.36 
 
 		 1118 aa  71.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.424401  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0890  hypothetical protein  24.4 
 
 		 1215 aa  71.2  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49458  predicted protein  26.17 
 
 		 715 aa  71.6  0.0000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_27246  predicted protein  25.77 
 
 		 283 aa  70.9  0.0000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.777392  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9531  helicase ATP-binding protein  25.87 
 
 		 1137 aa  71.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.964957  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4249  superfamily I DNA/RNA helicase  24.87 
 
 		 1185 aa  70.5  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0250  hypothetical protein  25.38 
 
 		 1350 aa  69.7  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3050  superfamily I DNA/RNA helicase  21.95 
 
 		 1790 aa  69.3  0.0000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.266706 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1356  RAP domain-containing protein  25.49 
 
 		 1121 aa  68.9  0.0000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2111  superfamily I DNA/RNA helicase  25.55 
 
 		 1408 aa  68.6  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1000  hypothetical protein  27.4 
 
 		 1215 aa  67.8  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0219894 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02510  predicted nuclease (RecB family)  24.3 
 
 		 1250 aa  67.8  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11277  hypothetical protein  25.65 
 
 		 1139 aa  67  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.72071 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0117  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  25.9 
 
 		 1324 aa  66.6  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0229984  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1133  superfamily I DNA/RNA helicase  27.42 
 
 		 914 aa  66.6  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03980  DNA replication helicase dna2, putative  25.99 
 
 		 1097 aa  65.9  0.000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.450462  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1698  DNA replication factor Dna2  25.19 
 
 		 901 aa  65.5  0.000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0893  phospholipase D/transphosphatidylase  26.63 
 
 		 975 aa  65.9  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370965 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38450  predicted protein  24.12 
 
 		 1427 aa  65.5  0.000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.196712  normal  0.466679 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00610  predicted nuclease (RecB family)  27.02 
 
 		 1270 aa  65.5  0.000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2717  hypothetical protein  25 
 
 		 1126 aa  64.7  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375535 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2223  RecB family-like nuclease  24.84 
 
 		 1163 aa  64.7  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07014  DEAD helicases superfamily protein (Aquarius), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G04350)  26.53 
 
 		 1422 aa  64.3  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1461  protein kinase, putative  21.52 
 
 		 1376 aa  64.3  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1455  hypothetical protein  25.67 
 
 		 758 aa  64.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0920  superfamily I DNA/RNA helicase  24.92 
 
 		 1622 aa  64.3  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1283  hypothetical protein  25.52 
 
 		 1116 aa  64.3  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.112248 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_29532  predicted protein  28.05 
 
 		 237 aa  63.5  0.00000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0486928  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0577  superfamily I DNA and RNA helicase subunits-like protein  25.6 
 
 		 1630 aa  63.2  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>