108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2027 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4299  TonB-dependent receptor  71.1 
 
 
766 aa  1092    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.570809  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0422  TonB-dependent receptor  60.73 
 
 
744 aa  922    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328306  normal  0.298969 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2027  TonB-dependent receptor  100 
 
 
769 aa  1575    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0554382  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0465  TonB-dependent receptor  55.96 
 
 
758 aa  881    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4088  TonB-dependent receptor  43.11 
 
 
750 aa  580  1e-164  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2848  TonB-dependent receptor  43.11 
 
 
729 aa  580  1e-164  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3198  TonB-dependent receptor  42.9 
 
 
766 aa  575  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0965  TonB-dependent receptor  42.52 
 
 
773 aa  568  1e-160  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.195804  normal  0.489685 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2221  TonB-dependent receptor  42.59 
 
 
793 aa  564  1.0000000000000001e-159  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0217178  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3750  TonB-dependent receptor  42.96 
 
 
741 aa  555  1e-156  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2653  TonB-dependent receptor  41.96 
 
 
716 aa  544  1e-153  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0763  TonB-dependent receptor  43.31 
 
 
721 aa  541  9.999999999999999e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.72696  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2688  TonB-dependent receptor protein  43.03 
 
 
772 aa  531  1e-149  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.96874  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2193  TonB-dependent receptor  40.99 
 
 
780 aa  530  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.968767  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0619  TonB-dependent receptor  41.78 
 
 
767 aa  525  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0440  TonB-dependent receptor, putative  40.69 
 
 
775 aa  520  1e-146  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3804  TonB-dependent receptor  38.1 
 
 
713 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0513  TonB-dependent receptor  38.1 
 
 
713 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0539  TonB-dependent receptor  38.1 
 
 
708 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0595  TonB-dependent receptor  37.79 
 
 
713 aa  446  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4077  TonB-dependent receptor, putative  38.68 
 
 
708 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0496  TonB-dependent receptor  37.98 
 
 
713 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3454  TonB-dependent receptor  37.84 
 
 
713 aa  437  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3630  TonB-dependent receptor  37.7 
 
 
713 aa  436  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0534  TonB-dependent receptor  37.17 
 
 
713 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3368  TonB-dependent receptor  35.34 
 
 
717 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2202  TonB-dependent receptor  36.71 
 
 
714 aa  404  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113523  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3233  TonB-dependent receptor, putative  36.91 
 
 
701 aa  399  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88155  normal  0.66393 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0541  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 
718 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1053  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 
705 aa  139  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4630  TonB-dependent copper receptor  24.25 
 
 
688 aa  107  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.102852 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0484  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 
749 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698636  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1325  TonB-dependent copper receptor  23.32 
 
 
719 aa  102  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3340  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 
685 aa  102  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4838  TonB-dependent copper receptor  23.84 
 
 
688 aa  101  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.412488 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4716  TonB-dependent copper receptor  23.33 
 
 
688 aa  101  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.129936 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4452  TonB-dependent copper receptor  24.08 
 
 
710 aa  100  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.876031  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3914  TonB-dependent copper receptor  24.08 
 
 
710 aa  100  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3613  TonB-dependent copper receptor  24.08 
 
 
710 aa  100  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3808  TonB-dependent copper receptor  23.8 
 
 
687 aa  99.4  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.494445  normal  0.660377 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15070  outer membrane copper receptor OprC  23.19 
 
 
723 aa  99  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0127729 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3292  TonB-dependent copper receptor  23.8 
 
 
709 aa  98.6  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.49865 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4894  TonB-dependent copper receptor  24.03 
 
 
688 aa  98.6  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.386711  normal  0.630866 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2507  TonB-dependent copper receptor  23.82 
 
 
745 aa  97.4  8e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0821  TonB-dependent copper receptor  23.97 
 
 
749 aa  97.4  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2368  TonB-dependent copper receptor  23.97 
 
 
749 aa  97.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.468955  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0638  TonB-dependent copper receptor  23.68 
 
 
753 aa  94.7  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0427  TonB-dependent copper receptor  23.68 
 
 
745 aa  94.4  8e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1806  TonB-dependent copper receptor  23.68 
 
 
745 aa  94.4  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0477  TonB-dependent copper receptor  23.68 
 
 
745 aa  94.4  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.157724  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1564  TonB-dependent receptor  22.6 
 
 
697 aa  91.3  6e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.298375  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4075  TonB-dependent copper receptor  23.75 
 
 
725 aa  90.1  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3427  TonB-dependent copper receptor  23.75 
 
 
698 aa  88.6  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.40271  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03808  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 
705 aa  88.6  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2174  TonB-dependent copper receptor  23.05 
 
 
710 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.25751  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4669  TonB-dependent copper receptor  22.87 
 
 
713 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0923349  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1606  TonB-dependent receptor  22.96 
 
 
696 aa  85.5  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000872297  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3560  TonB-dependent copper receptor  22.87 
 
 
695 aa  85.1  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0999  nosA protein, putative  22.49 
 
 
676 aa  84  0.000000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0941  TonB-dependent copper receptor  22.69 
 
 
676 aa  81.6  0.00000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.591251  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3452  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 
699 aa  81.3  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2133  TonB-dependent receptor  21.71 
 
 
760 aa  79.7  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.207681  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0303  TonB-dependent receptor  22.35 
 
 
681 aa  78.2  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3205  TonB-dependent copper receptor  23.56 
 
 
687 aa  78.2  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.742642  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1392  TonB-dependent copper receptor  21.6 
 
 
691 aa  73.9  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0619  TonB-dependent receptor  21.11 
 
 
673 aa  73.2  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000412727  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0677  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 
672 aa  70.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0620216  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0596  TonB-dependent copper receptor  22.41 
 
 
710 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.834175  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0655  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 
768 aa  68.6  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1039  TonB-dependent copper receptor  22.14 
 
 
667 aa  67.8  0.0000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.377632 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4607  TonB-dependent copper receptor  21.88 
 
 
724 aa  67.8  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0702651  normal  0.0726755 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0484  TonB-dependent receptor  21.66 
 
 
702 aa  67  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.766292  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2293  TonB-dependent receptor  21.94 
 
 
685 aa  66.2  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0512  TonB-dependent receptor  22.17 
 
 
702 aa  66.2  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0165393  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2981  TonB-dependent copper receptor  24.05 
 
 
669 aa  64.7  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.724806  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0517  TonB-dependent receptor  21.98 
 
 
702 aa  64.7  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.392314  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40090  outer membrane copper transport protein  21.6 
 
 
726 aa  64.3  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0630  TonB-dependent receptor  20.03 
 
 
668 aa  62.4  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0622  TonB-dependent copper receptor  20.69 
 
 
668 aa  62  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0452  TonB-dependent copper receptor  21.91 
 
 
662 aa  61.6  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 
698 aa  60.8  0.00000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3408  TonB-dependent copper receptor  20.53 
 
 
668 aa  58.9  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.233269  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1489  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 
689 aa  55.8  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000345981  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2454  TonB-dependent copper receptor  22.31 
 
 
684 aa  54.3  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119589  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0239  TonB-dependent copper receptor  24.12 
 
 
681 aa  52.4  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 
689 aa  52  0.00004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  26.56 
 
 
758 aa  51.6  0.00005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1099  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 
664 aa  51.2  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 
649 aa  51.2  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0425  TonB-dependent receptor domain-containing protein  25.26 
 
 
625 aa  50.8  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00623502  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2086  nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase  22.11 
 
 
665 aa  50.4  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.0000285057  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 
702 aa  50.1  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3712  TonB-dependent copper receptor OprC  23.53 
 
 
686 aa  49.7  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3953  TonB-dependent copper receptor OprC  23.35 
 
 
681 aa  49.3  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0043  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 
684 aa  49.3  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4157  TonB-dependent copper receptor  23.7 
 
 
667 aa  48.9  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3668  TonB-dependent copper receptor  22.26 
 
 
686 aa  48.1  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.743452  normal  0.496513 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1440  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.94 
 
 
685 aa  46.2  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0111178  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  26.26 
 
 
685 aa  46.2  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  28.23 
 
 
659 aa  46.6  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>