98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2007 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2007  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 317 aa  630  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0894753  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.66 
 
 		 319 aa  309  5e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.357446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3981  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 		 317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0549387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.39 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.7 
 
 		 318 aa  159  8e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.582921 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.59 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.18 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.85 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0127633 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0837  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.6 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3104  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 		 319 aa  143  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.875328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3608  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.16 
 
 		 306 aa  142  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 		 309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1542  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.39 
 
 		 309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 		 321 aa  139  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001158  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.57 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.01 
 
 		 315 aa  132  6e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.036254  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.38 
 
 		 307 aa  132  7.999999999999999e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0178809  hitchhiker  0.0040496 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.72 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00141609  hitchhiker  0.00437395 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 		 329 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535465  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.41 
 
 		 276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0341156  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.47 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.716604  normal  0.0199185 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5665  NmrA-like protein/nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.38 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.783073 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.7 
 
 		 329 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.33 
 
 		 309 aa  125  7e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.184838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.86 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.765071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1297  saccharopine dehydrogenase related protein  28.33 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 		 329 aa  122  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.85 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.377476  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1143  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 		 325 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.470047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3195  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.82 
 
 		 311 aa  119  6e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.67739  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.71 
 
 		 309 aa  119  6e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.68 
 
 		 314 aa  119  7e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1559  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.69 
 
 		 312 aa  119  9e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00329554  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.17 
 
 		 344 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.860754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4306  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.98 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1987  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.03 
 
 		 328 aa  117  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.1 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.927449  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2497  putative sugar dehydratase/epimerase  32.35 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  0.814546 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.95 
 
 		 318 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.016337 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.96 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.43 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 		 326 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354617  normal  0.0815308 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5344  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.63 
 
 		 352 aa  101  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4354  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.63 
 
 		 321 aa  101  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 		 321 aa  98.6  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.47 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 		 301 aa  96.7  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2988  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 		 340 aa  95.9  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.865432  normal  0.0888549 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2727  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 		 340 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.07 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1362  hypothetical protein  32.6 
 
 		 345 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169729  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0189  hypothetical protein  32.6 
 
 		 332 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0302861  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0217  hypothetical protein  32.6 
 
 		 345 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.644245  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2579  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.6 
 
 		 345 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62087  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2723  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.6 
 
 		 345 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1558  hypothetical protein  32.6 
 
 		 345 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0998  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.48 
 
 		 333 aa  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.6 
 
 		 312 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 		 327 aa  87  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.73 
 
 		 308 aa  86.7  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3144  hypothetical protein  28.34 
 
 		 370 aa  86.7  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428885  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 		 336 aa  86.3  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.316364  hitchhiker  0.00353615 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4696  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 		 326 aa  86.3  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.35 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.35 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.35 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.299821 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3335  hypothetical protein  30 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 		 326 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1458  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.05 
 
 		 326 aa  78.2  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.780601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23000  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.48 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109037  normal  0.0324264 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 		 337 aa  75.5  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.349018  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 		 340 aa  72.4  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.06 
 
 		 352 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0746307  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11950  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.43 
 
 		 322 aa  64.3  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.274992  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.85 
 
 		 287 aa  62  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 		 338 aa  59.7  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.678603 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.46 
 
 		 320 aa  59.3  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 		 327 aa  57  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 		 320 aa  55.8  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 		 335 aa  54.7  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.312033  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 		 324 aa  53.9  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0710053 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 		 315 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0360339 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2799  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.87 
 
 		 336 aa  49.7  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0141685  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0702  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.68 
 
 		 292 aa  48.1  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.31 
 
 		 308 aa  47.4  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 		 329 aa  46.6  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 		 372 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0121065  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.55 
 
 		 370 aa  45.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.247545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 		 370 aa  44.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.826654 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 		 348 aa  44.3  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.174057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 		 370 aa  44.3  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.82 
 
 		 294 aa  44.3  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4014  oxidoreductase domain protein  22.86 
 
 		 680 aa  42.4  0.009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.876961 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>