More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1969 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
296 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  76.37 
 
 
293 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  70.03 
 
 
292 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1873  LysR family transcriptional regulator  72.07 
 
 
293 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  59.23 
 
 
313 aa  332  5e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  59.23 
 
 
313 aa  332  5e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 
301 aa  310  1e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  56.46 
 
 
296 aa  299  3e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  55.82 
 
 
294 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  54.8 
 
 
295 aa  279  4e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  52.11 
 
 
295 aa  275  8e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  52.96 
 
 
307 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  50.7 
 
 
299 aa  264  1e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  54.36 
 
 
297 aa  264  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  50.7 
 
 
299 aa  264  1e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
324 aa  262  6e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  53.7 
 
 
306 aa  259  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  52.74 
 
 
302 aa  259  3e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
300 aa  259  4e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 
303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 
294 aa  251  9.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2090  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 
318 aa  247  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0466986 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  47.39 
 
 
294 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 
319 aa  228  1e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 
319 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 
311 aa  221  8e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 
314 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  41.42 
 
 
296 aa  186  3e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.63 
 
 
290 aa  169  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
308 aa  168  9e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  37.46 
 
 
323 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
297 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.5 
 
 
290 aa  166  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 
308 aa  166  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
308 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
308 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  36.9 
 
 
308 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
303 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
290 aa  162  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
308 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
308 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
308 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
296 aa  162  9e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
308 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.33 
 
 
308 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  36.54 
 
 
331 aa  161  1e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.69 
 
 
294 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.33 
 
 
292 aa  161  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  35.88 
 
 
329 aa  160  3e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.89 
 
 
290 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.89 
 
 
290 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.89 
 
 
290 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 
293 aa  156  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.21 
 
 
291 aa  156  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  37.45 
 
 
308 aa  155  8e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.25 
 
 
286 aa  155  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  35.88 
 
 
319 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  35.38 
 
 
291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  35.11 
 
 
314 aa  152  5e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.17 
 
 
287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.17 
 
 
287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  34.09 
 
 
316 aa  150  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.17 
 
 
287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.17 
 
 
287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 
297 aa  150  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.17 
 
 
287 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 
295 aa  150  3e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
302 aa  150  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  38.13 
 
 
296 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  35.11 
 
 
314 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 
297 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 
296 aa  149  6e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  37.25 
 
 
308 aa  148  8e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
298 aa  148  8e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 
298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.07 
 
 
347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 
303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  32.65 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
294 aa  146  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 
298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  40.7 
 
 
304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
294 aa  146  5e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 
298 aa  145  9e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 
298 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 
304 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
318 aa  145  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.36 
 
 
293 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.36 
 
 
293 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
297 aa  144  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  34.36 
 
 
293 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.36 
 
 
293 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
309 aa  144  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>