More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1950 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1950  inner-membrane translocator  100 
 
 		 328 aa  653    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3618  inner-membrane translocator  92.68 
 
 		 328 aa  620  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466346  normal  0.345258 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1849  inner-membrane translocator  91.77 
 
 		 328 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.200349 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1663  inner-membrane translocator  86.25 
 
 		 326 aa  560  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2886  putative ABC transporter permiase component  81.96 
 
 		 334 aa  534  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0441971 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2128  inner-membrane translocator  65.84 
 
 		 344 aa  427  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212047  normal  0.208516 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1100  inner-membrane translocator  65.62 
 
 		 343 aa  421  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0111942  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1500  inner-membrane translocator  65.53 
 
 		 336 aa  408  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1708  inner-membrane translocator  43.23 
 
 		 348 aa  233  5e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550604  normal  0.0112984 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0897  inner-membrane translocator  41.16 
 
 		 357 aa  224  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1828  inner-membrane translocator  39.82 
 
 		 331 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000769607  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0006  inner-membrane translocator  39.69 
 
 		 344 aa  219  7e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  hitchhiker  0.0000215345 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1618  ABC transporter related  39.66 
 
 		 616 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.103337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3750  ABC transporter related  36.89 
 
 		 603 aa  206  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.408417  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0851  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.14 
 
 		 333 aa  204  1e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.589569  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1090  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 359 aa  196  5.000000000000001e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.538994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3398  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0288037 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0337  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP-binding protein  34.93 
 
 		 609 aa  192  6e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  35.78 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2007  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.11 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1564  inner-membrane translocator  39.59 
 
 		 339 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1532  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 368 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1437  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 368 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1453  inner-membrane translocator  36.63 
 
 		 366 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.230295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1906  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.257462 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1140  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 328 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0863  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.15 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0562534  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5993  putative branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  36.49 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  0.170989 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0361  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1602  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 336 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.47347  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2426  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 		 368 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0794  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.605525  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2301  inner-membrane translocator  32.48 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.281867 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.92 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  30.93 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.19 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3647  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0606167  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  30.91 
 
 		 328 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  30.34 
 
 		 603 aa  142  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  29.93 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  32.61 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  31.92 
 
 		 321 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 407 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1929  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.456236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 340 aa  136  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 321 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 336 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  30.9 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 407 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  34.41 
 
 		 357 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0908  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 338 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.579851  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.46 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1097  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.51 
 
 		 315 aa  129  6e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.701299  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 328 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.26 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.91 
 
 		 322 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  28.81 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  30.43 
 
 		 443 aa  127  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  29.27 
 
 		 415 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  29.93 
 
 		 297 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0801  inner-membrane translocator  33 
 
 		 326 aa  127  4.0000000000000003e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  30.57 
 
 		 376 aa  126  5e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7433  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  32.41 
 
 		 363 aa  126  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 327 aa  125  7e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  30.98 
 
 		 335 aa  125  9e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0221  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.54 
 
 		 328 aa  125  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  30.79 
 
 		 463 aa  125  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  31.11 
 
 		 463 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 320 aa  124  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  31.11 
 
 		 463 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 335 aa  124  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0643  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 347 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  29.47 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  33.56 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  33.22 
 
 		 350 aa  123  5e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 320 aa  122  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  32.76 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  32.81 
 
 		 593 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 350 aa  121  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  31.33 
 
 		 327 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  32.81 
 
 		 593 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  29.63 
 
 		 389 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2955  inner-membrane translocator  30 
 
 		 386 aa  119  6e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678807  normal  0.182209 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 319 aa  118  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1746  inner-membrane translocator  30.87 
 
 		 474 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5640  inner-membrane translocator  29.01 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  30.24 
 
 		 562 aa  117  3e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 354 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 393 aa  116  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  31.43 
 
 		 643 aa  116  5e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2015  inner-membrane translocator  29.5 
 
 		 287 aa  116  6e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.60727  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  31.29 
 
 		 332 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1113  inner-membrane translocator  29.84 
 
 		 460 aa  115  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.03 
 
 		 423 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  30 
 
 		 399 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>