More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1949 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1949  inner-membrane translocator  100 
 
 		 292 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.926324  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3619  inner-membrane translocator  93.15 
 
 		 305 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.551009 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1848  inner-membrane translocator  93.15 
 
 		 292 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.623579  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1664  inner-membrane translocator  88.36 
 
 		 292 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2885  putative ABC transporter permiase component  83.75 
 
 		 277 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1099  inner-membrane translocator  71.92 
 
 		 292 aa  419  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110891  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2127  inner-membrane translocator  72.26 
 
 		 292 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172623  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1501  inner-membrane translocator  69.86 
 
 		 291 aa  403  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  41.4 
 
 		 288 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  41.75 
 
 		 288 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  41.4 
 
 		 288 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  40 
 
 		 290 aa  197  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 290 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1454  inner-membrane translocator  38.95 
 
 		 288 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.566264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3399  inner-membrane translocator  37.87 
 
 		 304 aa  178  8e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0293629 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 290 aa  177  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.27 
 
 		 290 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1581  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1707  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.666506  normal  0.0117709 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 287 aa  166  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0862  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.84 
 
 		 288 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0185519  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 289 aa  165  8e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2006  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.84 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.766894  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0896  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0313  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 291 aa  155  5.0000000000000005e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.53 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.53 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.88 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.88 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2141  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.694846 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0362  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0142  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  36.1 
 
 		 325 aa  142  5e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1676  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 285 aa  138  8.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0527356 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2302  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.418685 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0005  inner-membrane translocator  33.09 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.901395  hitchhiker  0.00000431174 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0852  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.28 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.416371  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  32.64 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2588  inner-membrane translocator  28.72 
 
 		 290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1601  inner-membrane translocator  31.8 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549265  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2331  inner-membrane translocator  32.37 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.729625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1139  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 287 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.124287 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5641  inner-membrane translocator  34.86 
 
 		 289 aa  125  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7434  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  30.42 
 
 		 287 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1543  inner-membrane translocator  30.54 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 289 aa  124  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0327  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 293 aa  123  4e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0975712  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4442  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 294 aa  122  5e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4887  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  29.31 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 290 aa  119  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  29.31 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0116  inner-membrane translocator  27.97 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0847  inner-membrane translocator  32.94 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.658608 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  28.47 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0505  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0978839  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1973  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4798  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 304 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.337539  normal  0.0254161 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  27.99 
 
 		 300 aa  115  8.999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1523  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00164732  normal  0.617596 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5536  inner-membrane translocator  29.93 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0898761  hitchhiker  0.00000762258 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.38 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  29.69 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  29.01 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  29.01 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  30.88 
 
 		 652 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  29.01 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0513  inner-membrane translocator  29.92 
 
 		 309 aa  113  3e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0503611  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0907  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.794087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  30.38 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  30.38 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  29.27 
 
 		 287 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4018  inner-membrane translocator  28.87 
 
 		 639 aa  113  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0220  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.04 
 
 		 290 aa  113  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  27.49 
 
 		 293 aa  112  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  29.62 
 
 		 289 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.35 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  29.35 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  32.33 
 
 		 293 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.35 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  28.67 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  27.99 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0447  inner-membrane translocator  31.73 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  29.53 
 
 		 548 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  30.42 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  29.32 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  30.93 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2201  inner-membrane translocator  28.77 
 
 		 289 aa  109  5e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.796899  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  26.28 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 289 aa  109  6e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.76 
 
 		 291 aa  109  6e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0548  inner-membrane translocator  29.62 
 
 		 291 aa  108  7.000000000000001e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.081498  hitchhiker  0.0000417079 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 287 aa  108  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 301 aa  108  8.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2284  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 285 aa  108  8.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>