More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1839 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  83.29 
 
 		 424 aa  668    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 420 aa  828    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  84.33 
 
 		 421 aa  647    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3828  secretion protein HlyD  79.85 
 
 		 430 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  67.9 
 
 		 426 aa  519  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  65.08 
 
 		 421 aa  512  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.72 
 
 		 476 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  42.82 
 
 		 414 aa  262  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5358  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.05 
 
 		 396 aa  242  1e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  43.45 
 
 		 443 aa  236  6e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3561  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.62 
 
 		 420 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.306068  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3255  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.8 
 
 		 410 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.524735  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  27.03 
 
 		 400 aa  122  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.52 
 
 		 361 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  27.95 
 
 		 360 aa  119  7.999999999999999e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.26 
 
 		 432 aa  119  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.99 
 
 		 430 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  26.8 
 
 		 407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  26.45 
 
 		 517 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  29.2 
 
 		 417 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.08 
 
 		 430 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.66 
 
 		 407 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  28.2 
 
 		 449 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.81 
 
 		 390 aa  110  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 335 aa  110  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.47 
 
 		 428 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  30.16 
 
 		 430 aa  109  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  28.64 
 
 		 424 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.57 
 
 		 419 aa  107  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 		 442 aa  107  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.93 
 
 		 360 aa  107  4e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  29.19 
 
 		 329 aa  107  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  28.77 
 
 		 344 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  28.17 
 
 		 471 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.6 
 
 		 504 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.04 
 
 		 453 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3892  secretion protein HlyD family protein  32.35 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3185  secretion protein HlyD  28.37 
 
 		 446 aa  104  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.75 
 
 		 432 aa  104  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.65 
 
 		 409 aa  104  4e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 379 aa  103  5e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.33 
 
 		 448 aa  103  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  28.09 
 
 		 403 aa  103  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  26.85 
 
 		 429 aa  103  5e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  28.2 
 
 		 354 aa  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  25.36 
 
 		 607 aa  102  9e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  27.08 
 
 		 374 aa  102  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.01 
 
 		 478 aa  102  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  26.99 
 
 		 397 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.63 
 
 		 397 aa  101  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  28.66 
 
 		 444 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.96 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.68 
 
 		 398 aa  101  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 368 aa  101  3e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 		 404 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.58 
 
 		 404 aa  100  5e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  26.97 
 
 		 408 aa  100  6e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.9 
 
 		 421 aa  100  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 		 405 aa  100  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 		 404 aa  99.8  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.3 
 
 		 419 aa  100  7e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  26.97 
 
 		 408 aa  99.8  7e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  23.08 
 
 		 397 aa  99.8  8e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  27.82 
 
 		 411 aa  99  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 429 aa  99  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  25.76 
 
 		 390 aa  98.6  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 415 aa  98.6  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 397 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.27 
 
 		 435 aa  98.2  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  26.75 
 
 		 397 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1719  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.6 
 
 		 517 aa  98.2  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0477  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 397 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.41 
 
 		 421 aa  98.6  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  27.82 
 
 		 371 aa  97.8  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0558  secretion protein HlyD  25.13 
 
 		 360 aa  97.8  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177986  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.46 
 
 		 426 aa  97.8  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  25.52 
 
 		 456 aa  97.8  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  27.82 
 
 		 371 aa  97.8  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.82 
 
 		 371 aa  97.1  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 402 aa  97.1  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.92 
 
 		 494 aa  97.1  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  27.03 
 
 		 371 aa  97.1  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  27.03 
 
 		 371 aa  97.1  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  27.03 
 
 		 371 aa  97.1  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  27.03 
 
 		 371 aa  97.1  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.05 
 
 		 512 aa  97.1  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  24.24 
 
 		 389 aa  96.7  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.37 
 
 		 399 aa  96.7  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  27.48 
 
 		 370 aa  96.7  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  24.13 
 
 		 377 aa  96.7  7e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  27.03 
 
 		 371 aa  96.7  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1456  RND family efflux transporter MFP subunit  25.55 
 
 		 405 aa  96.3  8e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.04 
 
 		 379 aa  96.3  8e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1349  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.69 
 
 		 409 aa  96.3  9e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0580213 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  29.66 
 
 		 349 aa  96.3  9e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  27.62 
 
 		 509 aa  96.3  9e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  27.56 
 
 		 371 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  28.2 
 
 		 381 aa  95.5  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.01 
 
 		 397 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 		 383 aa  95.5  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>