More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1699 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  63.17 
 
 		 508 aa  642    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  64.95 
 
 		 507 aa  679    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  64.16 
 
 		 508 aa  672    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  69.86 
 
 		 512 aa  723    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  91.78 
 
 		 511 aa  975    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  63.37 
 
 		 508 aa  645    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  78.67 
 
 		 511 aa  847    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  92.76 
 
 		 511 aa  982    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  65.99 
 
 		 507 aa  677    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  65.35 
 
 		 508 aa  690    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  100 
 
 		 511 aa  1055    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  63.76 
 
 		 508 aa  668    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  56.67 
 
 		 492 aa  576  1.0000000000000001e-163  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  50.49 
 
 		 519 aa  525  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  50.82 
 
 		 493 aa  523  1e-147  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  53.66 
 
 		 492 aa  517  1.0000000000000001e-145  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  50.1 
 
 		 537 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  51.45 
 
 		 504 aa  512  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  50.4 
 
 		 518 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  52.16 
 
 		 495 aa  490  1e-137  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  49.7 
 
 		 518 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  49.7 
 
 		 518 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  49.79 
 
 		 496 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  48.59 
 
 		 524 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  47.59 
 
 		 505 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  47.53 
 
 		 504 aa  455  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  48.1 
 
 		 531 aa  454  1.0000000000000001e-126  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  45.11 
 
 		 552 aa  449  1e-125  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  45.99 
 
 		 549 aa  445  1.0000000000000001e-124  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  44.13 
 
 		 553 aa  440  9.999999999999999e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  45.4 
 
 		 546 aa  438  1e-121  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  45.27 
 
 		 492 aa  432  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  46.39 
 
 		 492 aa  432  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  45.47 
 
 		 498 aa  424  1e-117  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  42.64 
 
 		 556 aa  398  1e-109  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  36.25 
 
 		 525 aa  294  3e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  34.93 
 
 		 504 aa  288  1e-76  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  36.44 
 
 		 497 aa  284  3.0000000000000004e-75  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  32.65 
 
 		 553 aa  283  4.0000000000000003e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  36.44 
 
 		 530 aa  280  3e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  35.38 
 
 		 530 aa  278  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  36.23 
 
 		 530 aa  277  3e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  34.67 
 
 		 529 aa  263  8e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  34.16 
 
 		 509 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  33.13 
 
 		 512 aa  257  3e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  33.13 
 
 		 512 aa  257  4e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  33.13 
 
 		 512 aa  256  6e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  32.29 
 
 		 492 aa  251  3e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  32.73 
 
 		 509 aa  248  2e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  31.33 
 
 		 502 aa  247  4e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  31.33 
 
 		 502 aa  247  4e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  30.77 
 
 		 506 aa  244  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  31.43 
 
 		 503 aa  241  2.9999999999999997e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  32.85 
 
 		 491 aa  239  9e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  31.65 
 
 		 490 aa  238  1e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  31.1 
 
 		 494 aa  238  2e-61  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  32.1 
 
 		 495 aa  237  3e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  32.32 
 
 		 506 aa  236  6e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  32.34 
 
 		 502 aa  234  3e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  30.98 
 
 		 509 aa  232  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  31.4 
 
 		 491 aa  232  1e-59  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  31.45 
 
 		 507 aa  232  2e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  32.62 
 
 		 494 aa  229  7e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  31.57 
 
 		 519 aa  228  3e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  33.27 
 
 		 498 aa  225  1e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  31.32 
 
 		 492 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  32.24 
 
 		 502 aa  220  6e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  27.89 
 
 		 499 aa  219  1e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  30.59 
 
 		 492 aa  216  8e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  29.94 
 
 		 518 aa  216  9.999999999999999e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  30.44 
 
 		 499 aa  214  3.9999999999999995e-54  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  31.57 
 
 		 495 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  30.12 
 
 		 504 aa  213  5.999999999999999e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  29.9 
 
 		 503 aa  211  2e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  28.85 
 
 		 519 aa  209  7e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  29.19 
 
 		 488 aa  206  8e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  29.78 
 
 		 494 aa  203  6e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  29.83 
 
 		 490 aa  202  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  30.63 
 
 		 516 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  27.48 
 
 		 488 aa  200  5e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  30.06 
 
 		 500 aa  199  1.0000000000000001e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  29.59 
 
 		 506 aa  198  2.0000000000000003e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  26.8 
 
 		 497 aa  197  4.0000000000000005e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  27.1 
 
 		 497 aa  193  5e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  27.1 
 
 		 497 aa  193  5e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0318  phytoene desaturase  29.73 
 
 		 526 aa  193  7e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.158779  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  29.28 
 
 		 489 aa  192  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  28.6 
 
 		 552 aa  191  2e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  30.78 
 
 		 512 aa  191  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  29.72 
 
 		 516 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  30.58 
 
 		 512 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  30.58 
 
 		 512 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  26.36 
 
 		 501 aa  190  5e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  29.7 
 
 		 527 aa  188  2e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  29.29 
 
 		 524 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  28.71 
 
 		 536 aa  184  4.0000000000000006e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  29.27 
 
 		 492 aa  182  1e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  28.84 
 
 		 519 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  27.75 
 
 		 521 aa  181  4e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  27.54 
 
 		 493 aa  180  5.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>