More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1428 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 401 aa  823    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  38.4 
 
 		 388 aa  277  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  38.76 
 
 		 387 aa  277  3e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  39.05 
 
 		 392 aa  277  3e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  40.77 
 
 		 389 aa  275  7e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  39.18 
 
 		 387 aa  275  8e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.58 
 
 		 425 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 		 403 aa  135  9e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 		 386 aa  133  6.999999999999999e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 382 aa  130  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 		 385 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 		 385 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 382 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 		 472 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  25.55 
 
 		 400 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  23.87 
 
 		 408 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  30.45 
 
 		 412 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 		 409 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 		 418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 		 398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 		 390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 		 380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.45 
 
 		 415 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 		 378 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.3 
 
 		 407 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 		 406 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  29.27 
 
 		 374 aa  111  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 		 406 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 		 384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  26.6 
 
 		 410 aa  109  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  26.17 
 
 		 497 aa  109  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 		 377 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  28.76 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 		 435 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.07 
 
 		 376 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.65 
 
 		 399 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 		 398 aa  107  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 		 386 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  31.91 
 
 		 410 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 382 aa  107  5e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  28.23 
 
 		 406 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  26.49 
 
 		 379 aa  106  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  29.03 
 
 		 382 aa  106  8e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 		 410 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  27.68 
 
 		 409 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 441 aa  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 		 423 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.97 
 
 		 512 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 		 386 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 		 415 aa  105  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 		 383 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  26.96 
 
 		 409 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 		 394 aa  105  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 		 407 aa  104  3e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  29.87 
 
 		 438 aa  104  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  25.51 
 
 		 405 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 411 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 		 410 aa  103  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  23.16 
 
 		 480 aa  103  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 425 aa  102  8e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.17 
 
 		 392 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  24.93 
 
 		 517 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.4 
 
 		 404 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 		 409 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 		 411 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 		 376 aa  102  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  30.74 
 
 		 410 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 		 401 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 		 406 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 		 411 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.36 
 
 		 395 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 		 411 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 		 406 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.18 
 
 		 519 aa  100  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  25.06 
 
 		 410 aa  99.4  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 		 371 aa  99.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 		 378 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 		 376 aa  99  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 		 395 aa  98.2  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 		 382 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  28.24 
 
 		 407 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 		 382 aa  97.4  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 		 397 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 		 397 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  27.59 
 
 		 413 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 		 393 aa  96.7  7e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 402 aa  96.3  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25 
 
 		 496 aa  96.3  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  24.94 
 
 		 434 aa  96.3  9e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.41 
 
 		 396 aa  95.5  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.38 
 
 		 397 aa  95.9  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 		 373 aa  95.9  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  25.46 
 
 		 407 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 		 386 aa  96.3  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  27.27 
 
 		 374 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.03 
 
 		 391 aa  95.9  1e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 		 373 aa  95.5  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 		 379 aa  94.7  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 		 406 aa  95.5  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>