More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1422 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  100 
 
 		 444 aa  920    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  92.12 
 
 		 444 aa  861    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0698  phenylacetate--CoA ligase  83.56 
 
 		 446 aa  773    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  89.86 
 
 		 444 aa  841    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1976  phenylacetate-CoA ligase  66.59 
 
 		 437 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0442  Phenylacetate--CoA ligase  61.65 
 
 		 434 aa  561  1.0000000000000001e-159  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372138 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1519  phenylacetate--CoA ligase  61.03 
 
 		 435 aa  557  1e-157  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322387 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1139  Phenylacetate--CoA ligase  59.63 
 
 		 435 aa  552  1e-156  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000376262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2084  phenylacetate-CoA ligase  59.58 
 
 		 433 aa  552  1e-156  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.268641  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2133  phenylacetate--CoA ligase  58.8 
 
 		 434 aa  554  1e-156  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00349267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  59.03 
 
 		 433 aa  547  1e-154  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1569  coenzyme F390 synthetase  57.44 
 
 		 433 aa  541  9.999999999999999e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.645557  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1669  phenylacetate--CoA ligase  58.28 
 
 		 433 aa  538  9.999999999999999e-153  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0797  Phenylacetate--CoA ligase  58 
 
 		 433 aa  538  1e-151  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2192  phenylacetate-CoA ligase  57.34 
 
 		 434 aa  538  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.724395  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1825  phenylacetate-CoA ligase  56.74 
 
 		 435 aa  531  1e-150  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2035  Phenylacetate--CoA ligase  56.88 
 
 		 434 aa  534  1e-150  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000365841 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  56.98 
 
 		 435 aa  534  1e-150  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0559  Phenylacetate--CoA ligase  59.03 
 
 		 434 aa  531  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.589341  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1683  phenylacetate--CoA ligase  56.94 
 
 		 433 aa  530  1e-149  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1737  phenylacetate-CoA ligase  56.84 
 
 		 435 aa  525  1e-148  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102545  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0513  phenylacetate-CoA ligase  58.29 
 
 		 432 aa  525  1e-148  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4801  phenylacetate-CoA ligase  58.25 
 
 		 436 aa  518  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.12484  normal  0.238866 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  56.84 
 
 		 434 aa  518  1.0000000000000001e-145  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3366  phenylacetate-CoA ligase  58.64 
 
 		 431 aa  504  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0466  phenylacetate-CoA ligase  58.59 
 
 		 434 aa  502  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0169  phenylacetate--CoA ligase  54.86 
 
 		 432 aa  503  1e-141  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.419801  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2693  phenylacetate-CoA ligase  58.49 
 
 		 434 aa  499  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.666778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1590  phenylacetate--CoA ligase  54.17 
 
 		 432 aa  498  1e-140  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3490  phenylacetate-CoA ligase  57.51 
 
 		 434 aa  498  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352435  hitchhiker  0.000125806 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1742  phenylacetate--CoA ligase  54.88 
 
 		 432 aa  499  1e-140  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.287077 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0861  phenylacetate-CoA ligase  54.4 
 
 		 432 aa  498  1e-140  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.354506  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2884  phenylacetate--CoA ligase  55.63 
 
 		 434 aa  499  1e-140  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00316572  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3741  phenylacetate-CoA ligase  59.11 
 
 		 448 aa  497  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1455  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  56.78 
 
 		 440 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0669  phenylacetate-CoA ligase  54.19 
 
 		 433 aa  495  1e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73594  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0656  phenylacetate-CoA ligase  57.08 
 
 		 434 aa  497  1e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  57.01 
 
 		 440 aa  497  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  57.01 
 
 		 440 aa  497  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  55.12 
 
 		 433 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2870  phenylacetate-CoA ligase  54.92 
 
 		 443 aa  491  9.999999999999999e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0166  Phenylacetate--CoA ligase  57.6 
 
 		 432 aa  492  9.999999999999999e-139  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  56.78 
 
 		 440 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2124  phenylacetate--CoA ligase  54.27 
 
 		 434 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0511  phenylacetate-CoA ligase  57.88 
 
 		 432 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.948349  normal  0.684224 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  57.04 
 
 		 434 aa  494  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0469  phenylacetate-CoA ligase  57.88 
 
 		 432 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.119457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0440  phenylacetate-CoA ligase  58.08 
 
 		 436 aa  491  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.908613 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2566  phenylacetate-CoA ligase  57.88 
 
 		 432 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1504  Phenylacetate--CoA ligase  54.88 
 
 		 433 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0444  phenylacetate-CoA ligase  57.65 
 
 		 432 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0539  phenylacetate-CoA ligase  57.88 
 
 		 432 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.743587  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3082  phenylacetate-CoA ligase  58.08 
 
 		 436 aa  494  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.6719  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4126  phenylacetate-CoA ligase  56.67 
 
 		 440 aa  488  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.351473  normal  0.162313 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3626  phenylacetate-CoA ligase  57.65 
 
 		 432 aa  491  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0611072  normal  0.539384 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  56.07 
 
 		 440 aa  490  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2855  phenylacetate-CoA ligase  57.41 
 
 		 432 aa  491  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.343301  normal  0.707193 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0815  phenylacetate--CoA ligase  54.42 
 
 		 439 aa  491  1e-137  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.180698  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  56.31 
 
 		 440 aa  490  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0809  phenylacetate-CoA ligase  55.87 
 
 		 439 aa  487  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.693616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3096  phenylacetate-CoA ligase  54.82 
 
 		 439 aa  485  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0154139  hitchhiker  0.00102169 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2752  phenylacetate-CoA ligase  56.94 
 
 		 434 aa  488  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0185722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2403  phenylacetate-CoA ligase  58.31 
 
 		 436 aa  485  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.670369 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0615  phenylacetate-CoA ligase  53.04 
 
 		 433 aa  488  1e-136  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.893262  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5526  phenylacetate-CoA ligase  58.31 
 
 		 449 aa  486  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0759485  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0811  Phenylacetate--CoA ligase  54.69 
 
 		 442 aa  487  1e-136  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1754  phenylacetate--CoA ligase  54.23 
 
 		 435 aa  485  1e-136  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0384873  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1236  phenylacetate-CoA ligase  56.44 
 
 		 436 aa  484  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0986  phenylacetate-CoA ligase  56.81 
 
 		 435 aa  481  1e-135  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.337709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  54.5 
 
 		 433 aa  483  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1908  phenylacetate-CoA ligase  55.98 
 
 		 446 aa  482  1e-135  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.26463  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  54.27 
 
 		 433 aa  483  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1515  phenylacetate-CoA ligase  52.93 
 
 		 433 aa  482  1e-135  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.049443  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1574  phenylacetate--CoA ligase  54.88 
 
 		 441 aa  484  1e-135  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.888855  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0660  phenylacetate-CoA ligase  53.12 
 
 		 431 aa  481  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2247  phenylacetate-CoA ligase  55.84 
 
 		 437 aa  480  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0997438  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  52.34 
 
 		 439 aa  479  1e-134  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2967  phenylacetate-CoA ligase  55.74 
 
 		 439 aa  480  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3568  phenylacetate-CoA ligase  56.37 
 
 		 432 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.172482  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0790  phenylacetate--CoA ligase  52.46 
 
 		 433 aa  479  1e-134  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.740022  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2486  phenylacetate-CoA ligase  56.26 
 
 		 450 aa  480  1e-134  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0773414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1392  phenylacetate-CoA ligase  55.5 
 
 		 441 aa  481  1e-134  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.276204  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1218  phenylacetate-CoA ligase  53.76 
 
 		 436 aa  481  1e-134  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0683  phenylacetate-CoA ligase  55.64 
 
 		 444 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  54.42 
 
 		 436 aa  481  1e-134  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3944  phenylacetate-CoA ligase  56.67 
 
 		 439 aa  481  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1584  phenylacetate-CoA ligase  55.61 
 
 		 437 aa  479  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0227  phenylacetate-CoA ligase  55.06 
 
 		 433 aa  481  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0539  phenylacetate-coenzyme A ligase  56.13 
 
 		 432 aa  475  1e-133  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0321632  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3017  phenylacetate-CoA ligase  56.94 
 
 		 434 aa  477  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1485  phenylacetate-CoA ligase  55.37 
 
 		 437 aa  477  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3550  phenylacetate-CoA ligase  56.37 
 
 		 432 aa  478  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.489447  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2257  phenylacetate-CoA ligase  55.37 
 
 		 437 aa  477  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.253945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2904  phenylacetate-CoA ligase  55.9 
 
 		 432 aa  475  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26570  phenylacetate-CoA ligase  57.31 
 
 		 448 aa  475  1e-133  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.123505 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3577  phenylacetate-CoA ligase  56.37 
 
 		 432 aa  478  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.306139  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0638  phenylacetate-CoA ligase  56.13 
 
 		 432 aa  475  1e-133  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100652  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3117  phenylacetate-CoA ligase  57.51 
 
 		 434 aa  475  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0603128  normal  0.0548798 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1160  phenylacetate--CoA ligase  52.22 
 
 		 433 aa  475  1e-133  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.580282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1968  phenylacetate-CoA ligase  51.86 
 
 		 433 aa  475  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>