More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1316 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 		 346 aa  664    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  68.12 
 
 		 346 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  75.29 
 
 		 347 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  65.67 
 
 		 371 aa  424  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  64.04 
 
 		 345 aa  414  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  72.22 
 
 		 346 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  62.46 
 
 		 358 aa  345  8.999999999999999e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  57.7 
 
 		 368 aa  293  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.61 
 
 		 339 aa  210  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.23 
 
 		 345 aa  203  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.05 
 
 		 400 aa  201  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.09 
 
 		 377 aa  182  7e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.64 
 
 		 443 aa  178  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.37 
 
 		 344 aa  176  7e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  55.45 
 
 		 342 aa  169  7e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  55 
 
 		 347 aa  164  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.67 
 
 		 430 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  55.83 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.96 
 
 		 434 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.54 
 
 		 417 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  46.05 
 
 		 412 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.05 
 
 		 412 aa  152  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  30.82 
 
 		 433 aa  152  1e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  46.45 
 
 		 422 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  47.73 
 
 		 462 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.87 
 
 		 412 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.45 
 
 		 409 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.51 
 
 		 446 aa  132  6.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.26 
 
 		 454 aa  130  4.0000000000000003e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  30.41 
 
 		 431 aa  129  8.000000000000001e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.18 
 
 		 456 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.78 
 
 		 450 aa  128  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  43.32 
 
 		 454 aa  125  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  45.33 
 
 		 326 aa  125  9e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  46.24 
 
 		 448 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.24 
 
 		 448 aa  125  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.48 
 
 		 491 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.62 
 
 		 464 aa  120  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.62 
 
 		 464 aa  120  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.98 
 
 		 453 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.03 
 
 		 509 aa  119  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.82 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.26 
 
 		 492 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.23 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.71 
 
 		 423 aa  109  8.000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  34.67 
 
 		 321 aa  109  9.000000000000001e-23  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.85 
 
 		 358 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.72 
 
 		 455 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.93 
 
 		 326 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.56 
 
 		 476 aa  108  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  43.68 
 
 		 284 aa  107  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  41.58 
 
 		 442 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.11 
 
 		 476 aa  105  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.34 
 
 		 476 aa  105  9e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.65 
 
 		 481 aa  104  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  37.31 
 
 		 476 aa  105  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  43.81 
 
 		 445 aa  105  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41 
 
 		 457 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  36.55 
 
 		 676 aa  103  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  36.82 
 
 		 476 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.87 
 
 		 472 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.82 
 
 		 476 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  36.82 
 
 		 476 aa  103  5e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  36.82 
 
 		 476 aa  103  5e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  36.82 
 
 		 476 aa  103  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.82 
 
 		 476 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.82 
 
 		 456 aa  103  6e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.62 
 
 		 344 aa  102  7e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.55 
 
 		 390 aa  102  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.11 
 
 		 470 aa  102  9e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.05 
 
 		 457 aa  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.43 
 
 		 349 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  36.5 
 
 		 454 aa  100  4e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.1 
 
 		 459 aa  100  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.45 
 
 		 471 aa  100  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  35.82 
 
 		 445 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.07 
 
 		 436 aa  99.8  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.51 
 
 		 464 aa  99.8  6e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.31 
 
 		 524 aa  99.8  7e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.28 
 
 		 442 aa  99.8  7e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.35 
 
 		 468 aa  98.6  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.29 
 
 		 440 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  28.72 
 
 		 427 aa  99  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  37.91 
 
 		 458 aa  97.8  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  30.15 
 
 		 484 aa  98.2  2e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1138  hypothetical protein  36.67 
 
 		 336 aa  98.6  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.743192  normal  0.140512 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0014  hypothetical protein  27.66 
 
 		 401 aa  98.2  2e-19  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.709368  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  36.12 
 
 		 425 aa  97.8  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0202  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.31 
 
 		 398 aa  97.4  3e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.135787 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0544  hypothetical protein  25.4 
 
 		 431 aa  97.1  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000216418  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.37 
 
 		 334 aa  97.1  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.52 
 
 		 476 aa  97.1  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0531  hypothetical protein  25.4 
 
 		 431 aa  97.1  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00156827  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 		 344 aa  97.1  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 		 470 aa  96.7  6e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.85 
 
 		 444 aa  96.3  7e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.11 
 
 		 427 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.99 
 
 		 473 aa  95.9  8e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1673  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.25 
 
 		 457 aa  95.1  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.45 
 
 		 390 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>