More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1085 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1085  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  100 
 
 
702 aa  1430    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0195  oxidoreductase  65.65 
 
 
597 aa  751    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0093  putative NADH oxidoreductase; putative nitric oxide dioxygenase  62.87 
 
 
670 aa  719    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.303734 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2337  hypothetical protein  42.38 
 
 
627 aa  488  1e-136  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00340  putative NADH oxidoreductase; putative nitric oxide dioxygenase  38.82 
 
 
585 aa  413  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6898  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  39.31 
 
 
677 aa  411  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2334  oxidoreductase FAD-binding subunit  41.24 
 
 
669 aa  409  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.896317 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6652  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  39.12 
 
 
688 aa  400  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.640624  normal  0.369043 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2468  oxidoreductase FAD-binding region  40.73 
 
 
625 aa  400  9.999999999999999e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.82591  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3770  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  41.54 
 
 
585 aa  318  1e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708524  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1005  oxidoreductase FAD-binding protein  33.71 
 
 
368 aa  205  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6200  putative ferredoxin  34.47 
 
 
366 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71420  putative ferredoxin  34.47 
 
 
366 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4030  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  32.95 
 
 
365 aa  199  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4775  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  33.9 
 
 
366 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.05576 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4136  oxidoreductase FAD-binding subunit  34.38 
 
 
367 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6856  ferredoxin  35.13 
 
 
381 aa  198  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0402  iron-sulfur cluster-binding protein  34.38 
 
 
366 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501485  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4058  oxidoreductase FAD-binding subunit  33.06 
 
 
383 aa  196  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0362952  normal  0.241879 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4002  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.86 
 
 
381 aa  193  8e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.924171  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5215  oxidoreductase FAD-binding region  33.52 
 
 
366 aa  192  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11132  hitchhiker  0.00973319 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0316  oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.95 
 
 
368 aa  188  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482566  decreased coverage  0.00002417 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5208  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.69 
 
 
382 aa  188  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2477  ferredoxin  32.68 
 
 
379 aa  188  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.949989 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2116  iron-sulfur cluster-binding protein  31.59 
 
 
381 aa  187  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.994866  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0748  putative ferredoxin, 2Fe-2S  31.59 
 
 
380 aa  187  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3397  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.01 
 
 
375 aa  187  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5288  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.94 
 
 
363 aa  186  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.632487  normal  0.142716 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3291  oxidoreductase FAD-binding region  30.69 
 
 
382 aa  186  9e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5077  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.69 
 
 
382 aa  186  9e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0479  putative ferredoxin, 2Fe-2S  31.33 
 
 
381 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1971  putative ferredoxin, 2Fe-2S  31.33 
 
 
380 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.851205  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5014  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.69 
 
 
382 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240099  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4489  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.69 
 
 
382 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.320814  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0836  putative ferredoxin, 2Fe-2S  31.59 
 
 
380 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0998  putative ferredoxin, 2Fe-2S  31.33 
 
 
380 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0388253  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0702  putative ferredoxin, 2Fe-2S  31.33 
 
 
380 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.54952  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1166  oxidoreductase FAD-binding subunit  31.79 
 
 
367 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0579  ferredoxin/oxidoreductase  31.62 
 
 
382 aa  185  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4891  oxidoreductase FAD-binding subunit  32.95 
 
 
390 aa  185  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0931607  normal  0.322747 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3747  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.79 
 
 
375 aa  185  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.225631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0337  oxidoreductase FAD-binding subunit  32.67 
 
 
366 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00256748  normal  0.662502 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4042  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  31.25 
 
 
375 aa  184  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.186376 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0339  oxidoreductase FAD-binding subunit  32.67 
 
 
366 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0495555  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3554  oxidoreductase FAD-binding subunit  31.4 
 
 
382 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1860  iron-sulfur cluster-binding protein  31.76 
 
 
379 aa  182  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3295  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.34 
 
 
385 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1002  oxidoreductase FAD-binding subunit  33.24 
 
 
363 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0859657  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3096  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.35 
 
 
387 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.592741  normal  0.0476829 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1217  oxidoreductase FAD-binding subunit  32.02 
 
 
406 aa  180  7e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.640214  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1294  oxidoreductase FAD-binding subunit  32.54 
 
 
388 aa  179  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2665  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.51 
 
 
396 aa  179  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.202569  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0896  iron-sulfur cluster-binding protein  31.2 
 
 
356 aa  177  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.844973 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4814  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  30.71 
 
 
386 aa  177  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.501777  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4844  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  31.2 
 
 
356 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0431343 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4896  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  31.79 
 
 
342 aa  175  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.699955 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2913  oxidoreductase FAD-binding subunit  32.75 
 
 
380 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0404  oxidoreductase, NAD/FAD/2Fe-2S iron-sulfur cluster binding protein  28.86 
 
 
373 aa  172  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363299  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02038  ferredoxin oxidoreductase protein  30.32 
 
 
382 aa  172  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.365456 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1070  oxidoreductase FAD-binding subunit  31.56 
 
 
361 aa  172  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0484  ferredoxin  29.25 
 
 
364 aa  172  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2855  ferredoxin  29.6 
 
 
394 aa  171  3e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3608  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.05 
 
 
403 aa  171  6e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4230  FHA domain containing protein  30.05 
 
 
606 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4292  FHA domain containing protein  30.05 
 
 
606 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.168951  normal  0.224479 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2831  oxidoreductase FAD-binding subunit  32.85 
 
 
376 aa  169  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.926186  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1261  ferredoxin  28.61 
 
 
365 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.48547  hitchhiker  0.000283754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3010  oxidoreductase FAD-binding subunit  32.85 
 
 
380 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7195  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.59 
 
 
358 aa  167  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.601931  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1577  putative ferredoxin oxidoreductase protein  29.46 
 
 
418 aa  167  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5188  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  30.81 
 
 
356 aa  167  8e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726966  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1056  oxidoreductase FAD-binding subunit  29.26 
 
 
374 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3723  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  32.12 
 
 
358 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.571859 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0203  hypothetical protein  43.94 
 
 
205 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1175  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.43 
 
 
371 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5071  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  29.09 
 
 
414 aa  165  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407916  hitchhiker  0.00354835 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1188  ferredoxin  28.77 
 
 
355 aa  165  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0900  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.23 
 
 
389 aa  163  9e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001340  ferredoxin-NADPH reductase  31.46 
 
 
605 aa  163  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4285  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.09 
 
 
362 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481656  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1828  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.49 
 
 
362 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.488384  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5080  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  31.46 
 
 
682 aa  161  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.644036  decreased coverage  0.000684551 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2831  ferredoxin  29.97 
 
 
358 aa  160  5e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0794308  normal  0.972856 
 
 
-
 
NC_004310  BR1462  NADH oxidoreductase, putative  29 
 
 
372 aa  160  7e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.345138  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1138  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  30.85 
 
 
412 aa  159  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0814  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  31.75 
 
 
365 aa  158  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.382172  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5128  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  30.92 
 
 
351 aa  157  6e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.243235  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3569  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  31.27 
 
 
362 aa  157  6e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.211581 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2861  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.64 
 
 
362 aa  156  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00257919 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2869  putative phenylacetic acid degradation NADH oxidoreductase paaE  28.96 
 
 
337 aa  156  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.423535  normal  0.236927 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0291  phenylacetic acid degradation NADH oxidoreductase PaaE  29.61 
 
 
362 aa  155  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0381  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  30.93 
 
 
365 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155408  hitchhiker  0.00902786 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3637  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.88 
 
 
365 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.206041 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3728  ferredoxin  31.09 
 
 
356 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.600358 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3979  ferredoxin  29.46 
 
 
353 aa  154  4e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05229  ferredoxin/oxidoreductase  29.91 
 
 
605 aa  154  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1052  oxidoreductase FAD-binding subunit  28.43 
 
 
397 aa  154  5.9999999999999996e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.705726  normal  0.0721497 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0991  putative ring-hydroxylation complex protein 4  30.17 
 
 
361 aa  153  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.153237  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3666  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.08 
 
 
362 aa  153  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100364  hitchhiker  0.000000384073 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2660  MOSC ferredoxin--oxidoreductase  29.7 
 
 
581 aa  152  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841081  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>