118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0997 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0997  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 69 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4482  XRE family transcriptional regulator  88.24 
 
 		 82 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.111215  normal  0.686525 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4332  helix-turn-helix type 3  88.24 
 
 		 77 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0314  XRE family transcriptional regulator  84.85 
 
 		 74 aa  119  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.203005  normal  0.441895 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4792  XRE family transcriptional regulator  75.76 
 
 		 71 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0662158  normal  0.716445 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1951  XRE family transcriptional regulator  72.06 
 
 		 82 aa  108  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0335085 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0100  transcriptional regulator, XRE family  72.46 
 
 		 70 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3255  transcriptional regulator, XRE family  71.01 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71330  putative transcriptional regulator  72.73 
 
 		 68 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6190  putative transcriptional regulator  72.73 
 
 		 68 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.876157  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2718  putative transcriptional regulator  77.42 
 
 		 78 aa  103  6e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.973938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0375  XRE family transcriptional regulator  71.88 
 
 		 76 aa  103  9e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1981  XRE family transcriptional regulator  69.7 
 
 		 68 aa  102  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.287792  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4481  XRE family transcriptional regulator  73.13 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0478  XRE family transcriptional regulator  73.85 
 
 		 70 aa  101  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5039  XRE family transcriptional regulator  69.12 
 
 		 74 aa  100  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.927312 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3417  transcriptional regulator, XRE family  68.12 
 
 		 77 aa  100  7e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1665  XRE family transcriptional regulator  69.12 
 
 		 74 aa  99.8  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.542106  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0484  XRE family transcriptional regulator  67.65 
 
 		 77 aa  99.8  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1757  XRE family transcriptional regulator  69.12 
 
 		 74 aa  99.4  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3364  transcriptional regulator, XRE family  66.18 
 
 		 106 aa  99.4  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1216  putative HTH-type transcriptional regulator  63.24 
 
 		 75 aa  98.6  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893532  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4238  transcriptional regulator, XRE family  66.18 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11560  predicted transcriptional regulator  65.22 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0490  hypothetical protein  66.15 
 
 		 78 aa  96.7  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0466  hypothetical protein  66.15 
 
 		 78 aa  96.7  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3550  XRE family transcriptional regulator  66.15 
 
 		 77 aa  96.3  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3040  DNA-binding protein  64.62 
 
 		 71 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.119109  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2791  DNA-binding protein  64.62 
 
 		 71 aa  95.9  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0381729  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2740  Cro/CI family transcriptional regulator  64.62 
 
 		 71 aa  95.9  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.29378  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2721  Cro/CI family transcriptional regulator  64.62 
 
 		 71 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2300  putative transcriptional regulatory protein  69.23 
 
 		 74 aa  95.5  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3003  DNA-binding protein  64.62 
 
 		 71 aa  95.9  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0902628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2169  hypothetical protein  69.23 
 
 		 74 aa  95.5  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0666173  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2194  XRE family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 72 aa  95.9  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.135264  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3038  DNA-binding protein  64.62 
 
 		 71 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00121923  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2209  transcription regulator, Cro/CI family -related protein  60.87 
 
 		 72 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3005  DNA-binding protein  64.62 
 
 		 71 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2236  DNA-binding protein  64.62 
 
 		 71 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.972034  hitchhiker  0.0000000327322 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3001  DNA-binding protein  64.62 
 
 		 71 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000935469 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1037  transcriptional regulator, XRE family  63.77 
 
 		 74 aa  95.5  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0918  DNA-binding protein  57.97 
 
 		 72 aa  95.1  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2285  Cro/CI family transcription regulator  69.23 
 
 		 74 aa  94.7  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3870  transcriptional regulator, XRE family protein  63.77 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3642  XRE family transcriptional regulator  63.77 
 
 		 82 aa  95.1  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.182949  normal  0.278552 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2183  XRE family transcriptional regulator  66.15 
 
 		 71 aa  94.7  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1687  helix-turn-helix type 3  66.15 
 
 		 74 aa  94.7  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1695  transcriptional regulator  67.16 
 
 		 70 aa  94.4  5e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0597679  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28080  putative transcriptional regulator  68.18 
 
 		 72 aa  93.6  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00426893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0218  transcription regulator, Cro/CI family -related protein  61.76 
 
 		 76 aa  94  7e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2707  transcriptional regulator, XRE family  61.76 
 
 		 78 aa  93.6  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3592  XRE family transcriptional regulator  60.29 
 
 		 68 aa  93.6  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3131  transcriptional regulator, XRE family  64.62 
 
 		 67 aa  93.6  9e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3598  helix-turn-helix type 3  62.69 
 
 		 77 aa  92.8  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05360  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  58.82 
 
 		 68 aa  92  2e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2135  XRE family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 82 aa  92  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.160527 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2804  XRE family transcriptional regulator  63.08 
 
 		 75 aa  92.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.425929  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0630  putative transcriptional regulator  61.76 
 
 		 69 aa  92.8  2e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.054738  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5711  transcriptional regulator, XRE family  59.42 
 
 		 75 aa  92  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5760  transcriptional regulator, XRE family  58.82 
 
 		 71 aa  91.3  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.205139  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2988  transcriptional regulator, XRE family  59.09 
 
 		 74 aa  90.1  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.962229 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1830  transcriptional regulator, XRE family  63.49 
 
 		 74 aa  90.1  9e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0788  transcriptional regulator, Cro/CI family  58.46 
 
 		 76 aa  89.4  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1539  transcriptional regulator, XRE family  59.42 
 
 		 71 aa  88.2  3e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0419417 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0033  transcriptional regulator, XRE family  58.46 
 
 		 86 aa  88.2  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.656945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2806  transcriptional regulator, XRE family  55.88 
 
 		 81 aa  87.8  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1982  transcriptional regulator, XRE family  53.73 
 
 		 74 aa  87.4  6e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.995083  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4120  transcriptional regulator, XRE family  55.38 
 
 		 80 aa  86.3  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.424691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3882  XRE family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 63 aa  86.7  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3478  transcriptional regulator, XRE family  58.46 
 
 		 76 aa  86.7  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0540861  normal  0.173042 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2733  transcriptional regulator, XRE family  55.07 
 
 		 70 aa  84.7  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3957  transcriptional regulator, XRE family  52.94 
 
 		 94 aa  85.1  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.010777  normal  0.26793 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1440  XRE family transcriptional regulator  53.73 
 
 		 78 aa  84.3  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0924  XRE family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 77 aa  84.3  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.385099  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2665  transcriptional regulator, XRE family  54.41 
 
 		 74 aa  83.2  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1666  aspartate/glutamate/uridylate kinase-like protein  58.46 
 
 		 67 aa  82.4  0.000000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.962131  hitchhiker  0.00000000000435388 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2262  XRE family transcriptional regulator  58.46 
 
 		 68 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.914675  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5346  putative transcriptional regulator, XRE family  54.69 
 
 		 79 aa  80.1  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.413727 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4237  putative transcriptional regulator, XRE family  53.97 
 
 		 84 aa  77.8  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0543061 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2650  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 82 aa  77  0.00000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.213866  normal  0.098962 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1859  XRE family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 75 aa  76.3  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000246644  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0028  XRE family transcriptional regulator  58.46 
 
 		 73 aa  75.5  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230002  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0500  transcriptional regulator, XRE family  52.31 
 
 		 75 aa  72.4  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00719991  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1065  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 		 74 aa  72  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8816  transcriptional regulator, XRE family  50.79 
 
 		 79 aa  71.6  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0809895  normal  0.786244 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4401  transcriptional regulator, XRE family  53.33 
 
 		 76 aa  71.2  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0748815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0168  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 76 aa  70.9  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3008  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 76 aa  70.5  0.000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3116  transcription regulator, Cro/CI family -related protein  57.41 
 
 		 57 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.819469  hitchhiker  0.000000540333 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0937  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 74 aa  66.2  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.792674  normal  0.0631359 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2888  putative transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 93 aa  63.5  0.0000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.139071  normal  0.202628 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2481  transcriptional regulator, XRE family  48.28 
 
 		 81 aa  61.2  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.400931  normal  0.978354 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0337  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 83 aa  59.3  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.160189  normal  0.0633386 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05290  predicted transcriptional regulator  45.9 
 
 		 85 aa  59.3  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2212  putative transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 110 aa  58.5  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2751  transcriptional regulator-like protein  53.33 
 
 		 53 aa  57.8  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.080776 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1035  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 75 aa  57.4  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18370  predicted transcriptional regulator  38.81 
 
 		 78 aa  56.6  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.312817 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3657  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 79 aa  55.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.544629  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1205  putative transcriptional regulator, XRE family  64.86 
 
 		 54 aa  55.1  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.37118  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>