More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0972 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0972  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 194 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0921311  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  76.56 
 
 		 196 aa  254  7e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  56.84 
 
 		 197 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3694  TetR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 201 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.735281  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  51.87 
 
 		 192 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 215 aa  112  5e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 215 aa  112  5e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 215 aa  112  5e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  42.78 
 
 		 211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1811  TetR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 209 aa  105  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 225 aa  105  4e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10078  transcriptional regulator  40.51 
 
 		 201 aa  105  6e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.105796 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 222 aa  103  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  40.96 
 
 		 202 aa  104  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4543  putative transcriptional regulator, TetR family  37.79 
 
 		 205 aa  100  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0569885  normal  0.220748 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0858  regulatory protein TetR  40.53 
 
 		 201 aa  100  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00117784  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  39.89 
 
 		 192 aa  98.2  7e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 197 aa  97.8  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  37.82 
 
 		 195 aa  95.9  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5717  transcriptional regulator, TetR family  37.29 
 
 		 197 aa  92.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 198 aa  92  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1736  transcriptional regulator TetR family  41.18 
 
 		 197 aa  92  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0781  transcriptional regulator, TetR family  37.43 
 
 		 197 aa  92  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2209  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 205 aa  91.7  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.539658  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2925  transcriptional regulator, TetR family  37.43 
 
 		 198 aa  91.3  9e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 195 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  38.15 
 
 		 201 aa  90.5  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  38.55 
 
 		 196 aa  90.1  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 197 aa  89.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.539516 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 195 aa  88.2  8e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3520  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 198 aa  87.8  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  36.46 
 
 		 196 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 211 aa  87.4  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 199 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  43.44 
 
 		 211 aa  79.3  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2693  regulatory protein TetR  35.53 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0770653  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2337  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 214 aa  65.1  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0181151 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1287  regulatory protein, TetR  39.64 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  38.66 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6079  transcriptional regulator, TetR family  35.25 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.615867 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  36.44 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  36.44 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  43.84 
 
 		 307 aa  62.4  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  29.69 
 
 		 197 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2373  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 222 aa  58.2  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  37.86 
 
 		 230 aa  58.2  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1550  transcriptional regulator, TetR family  42.67 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5812  TetR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 188 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0159111 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6268  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.700387  normal  0.409486 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5436  transcriptional regulator, TetR family  39.69 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2477  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3071  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1264  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3066  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.122558 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2148  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.726576 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0403  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.101074  normal  0.152412 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2292  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 186 aa  55.5  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.030142  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1632  transcriptional regulator, TetR family  40.43 
 
 		 239 aa  55.1  0.0000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8486  putative transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.251281  normal  0.72211 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0390  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3293  TetR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 190 aa  55.1  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124137 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 259 aa  55.1  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0046  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 209 aa  54.7  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1845  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 237 aa  54.7  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1564  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 228 aa  54.7  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.127259  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0336  transcriptional regulator, TetR family  28.39 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.510139 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 217 aa  54.7  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.26 
 
 		 218 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 205 aa  53.9  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  43.75 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3524  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 187 aa  53.9  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.26 
 
 		 218 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.26 
 
 		 218 aa  54.3  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2273  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 236 aa  54.3  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.702073 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0636  TetR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 250 aa  53.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0304513 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3833  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 212 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>