More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0960 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA2040  glutamate synthase subunit beta  63.62 
 
 
479 aa  658    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.401643  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1370  glutamate synthase subunit beta  83.47 
 
 
482 aa  809    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2954  glutamate synthase subunit beta  79.3 
 
 
484 aa  811    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1603  glutamate synthase subunit beta  65.11 
 
 
480 aa  651    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.879773  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0960  glutamate synthase subunit beta  100 
 
 
484 aa  1000    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.538211  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4530  glutamate synthase subunit beta  89.46 
 
 
484 aa  911    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0760  glutamate synthase subunit beta  83.92 
 
 
485 aa  847    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.423731  normal  0.395533 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0876  glutamate synthase subunit beta  90.08 
 
 
484 aa  917    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.490935 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1137  glutamate synthase subunit beta  79.34 
 
 
484 aa  810    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0331749  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1963  glutamate synthase subunit beta  69.69 
 
 
473 aa  688    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3874  glutamate synthase subunit beta  71.55 
 
 
472 aa  731    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134009 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3032  glutamate synthase subunit beta  71.75 
 
 
472 aa  733    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3591  glutamate synthase subunit beta  63.45 
 
 
477 aa  625  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.118629  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0264  glutamate synthase (NADH) small subunit  62.45 
 
 
478 aa  626  1e-178  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.153251  normal  0.0665114 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3267  glutamate synthase subunit beta  63.45 
 
 
477 aa  625  1e-178  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.534293 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3465  glutamate synthase subunit beta  62.91 
 
 
477 aa  622  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.590112  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0037  glutamate synthase subunit beta  62.5 
 
 
477 aa  620  1e-176  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359975  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1811  glutamate synthase subunit beta  63.99 
 
 
476 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228111  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1172  glutamate synthase subunit beta  63.24 
 
 
477 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.203047  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3175  glutamate synthase (NADH) small subunit  63.75 
 
 
477 aa  602  1.0000000000000001e-171  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0476  glutamate synthase subunit beta  64.46 
 
 
473 aa  597  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.638304  normal  0.914259 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3590  glutamate synthase subunit beta  59.8 
 
 
489 aa  591  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.633224  hitchhiker  0.00000356893 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0331  glutamate synthase subunit beta  59.8 
 
 
488 aa  590  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.718365  normal  0.62843 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0322  glutamate synthase subunit beta  59.8 
 
 
488 aa  590  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0366  glutamate synthase subunit beta  59.48 
 
 
489 aa  587  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1153  glutamate synthase subunit beta  59.05 
 
 
492 aa  585  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3395  glutamate synthase subunit beta  60.16 
 
 
491 aa  585  1e-166  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3316  glutamate synthase subunit beta  58.3 
 
 
491 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3102  glutamate synthase subunit beta  59.92 
 
 
488 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.541547 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5557  glutamate synthase subunit beta  59.16 
 
 
491 aa  583  1.0000000000000001e-165  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536283  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3262  glutamate synthase subunit beta  59.2 
 
 
487 aa  584  1.0000000000000001e-165  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0684  glutamate synthase subunit beta  59.12 
 
 
488 aa  582  1.0000000000000001e-165  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.874899 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3615  glutamate synthase subunit beta  57.49 
 
 
491 aa  578  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.28988  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0843  glutamate synthase subunit beta  61.72 
 
 
487 aa  580  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2934  glutamate synthase subunit beta  59.12 
 
 
488 aa  579  1e-164  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2743  glutamate synthase subunit beta  58.99 
 
 
484 aa  580  1e-164  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.664254  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0792  glutamate synthase subunit beta  58.4 
 
 
488 aa  575  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135801  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3679  glutamate synthase (NADH) small subunit  60.75 
 
 
471 aa  576  1.0000000000000001e-163  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.15931  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3013  glutamate synthase subunit beta  60.8 
 
 
488 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2627  glutamate synthase subunit beta  61.4 
 
 
488 aa  573  1.0000000000000001e-162  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0306  glutamate synthase subunit beta  61 
 
 
488 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2710  glutamate synthase subunit beta  59.07 
 
 
485 aa  570  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.405041  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1616  glutamate synthases, NADH/NADPH, small subunit  56.49 
 
 
488 aa  568  1e-161  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3125  glutamate synthase subunit beta  58.32 
 
 
487 aa  571  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.996212  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2895  glutamate synthase subunit beta  58.12 
 
 
487 aa  568  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.944872  normal  0.217171 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3689  glutamate synthase subunit beta  60.2 
 
 
488 aa  567  1e-160  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3716  glutamate synthase subunit beta  60.2 
 
 
488 aa  567  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.912921  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3746  glutamate synthase subunit beta  60.2 
 
 
488 aa  567  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2704  glutamate synthase subunit beta  60 
 
 
488 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0382  glutamate synthase subunit beta  60 
 
 
488 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0403  glutamate synthase subunit beta  60 
 
 
488 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.709199  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1009  glutamate synthase subunit beta  58.25 
 
 
492 aa  566  1e-160  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3217  glutamate synthase subunit beta  60 
 
 
506 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1768  glutamate synthase subunit beta  60 
 
 
488 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956795  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3242  glutamate synthase subunit beta  57.52 
 
 
487 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2735  glutamate synthase subunit beta  60 
 
 
488 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2786  glutamate synthase subunit beta  60 
 
 
488 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3500  glutamate synthase subunit beta  59.6 
 
 
488 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3730  glutamate synthase subunit beta  57.78 
 
 
484 aa  562  1.0000000000000001e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178567  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2787  glutamate synthase subunit beta  59.72 
 
 
505 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0095  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  57.92 
 
 
487 aa  560  1e-158  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.440417  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2396  glutamate synthase subunit beta  57.46 
 
 
492 aa  558  1e-158  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0742  glutamate synthase subunit beta  59.24 
 
 
492 aa  546  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0648887  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2964  glutamate synthase subunit beta  58.32 
 
 
487 aa  542  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0710  glutamate synthase subunit beta  59.05 
 
 
492 aa  542  1e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.893657  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0050  glutamate synthase subunit beta  58.38 
 
 
484 aa  539  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0055  glutamate synthase subunit beta  58.38 
 
 
484 aa  539  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0218  glutamate synthase (NADH) small subunit  57.8 
 
 
488 aa  536  1e-151  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4276  glutamate synthase subunit beta  57.78 
 
 
484 aa  533  1e-150  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.156086  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2339  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  51.12 
 
 
482 aa  521  1e-147  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3777  glutamate synthase subunit beta  53.29 
 
 
500 aa  520  1e-146  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0731  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  54.47 
 
 
491 aa  520  1e-146  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000132905 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2132  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  52.94 
 
 
488 aa  505  9.999999999999999e-143  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.550582  normal  0.12901 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0707  glutamate synthase (NADH) small subunit  52.54 
 
 
482 aa  507  9.999999999999999e-143  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2865  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  54.07 
 
 
487 aa  508  9.999999999999999e-143  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000000168893  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0108  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  53.56 
 
 
488 aa  496  1e-139  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.808183  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3656  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  51.1 
 
 
494 aa  493  9.999999999999999e-139  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5065  glutamate synthase subunit beta  56.45 
 
 
489 aa  494  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0342  glutamate synthase (NADH) small subunit  52.34 
 
 
475 aa  494  9.999999999999999e-139  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1936  glutamate synthase subunit beta  56.06 
 
 
481 aa  494  9.999999999999999e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.336215  normal  0.23616 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0855  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  53.49 
 
 
495 aa  492  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.554857  normal  0.298305 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5153  glutamate synthase subunit beta  56.45 
 
 
489 aa  494  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.973427 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6713  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  52.55 
 
 
495 aa  493  9.999999999999999e-139  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5444  glutamate synthase subunit beta  56.09 
 
 
492 aa  490  1e-137  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3212  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  52.81 
 
 
495 aa  487  1e-136  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0119  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  53.37 
 
 
484 aa  485  1e-136  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5478  glutamate synthase subunit beta  50.5 
 
 
502 aa  484  1e-135  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1115  glutamate synthase subunit beta  52.43 
 
 
491 aa  483  1e-135  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.765664  normal  0.334154 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2320  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  52 
 
 
496 aa  484  1e-135  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.106456  normal  0.283017 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2693  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  51.72 
 
 
489 aa  483  1e-135  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.207302  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5697  glutamate synthase subunit beta  53.97 
 
 
488 aa  483  1e-135  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.159886 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2160  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  50 
 
 
484 aa  478  1e-134  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00927  glutamate synthase subunit beta  49.9 
 
 
489 aa  479  1e-134  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3165  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  52.25 
 
 
484 aa  479  1e-134  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00040465  normal  0.173868 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0629  glutamate synthase subunit beta  50.1 
 
 
491 aa  478  1e-134  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1459  glutamate synthase, NADH/NADPH small subunit  51.2 
 
 
494 aa  476  1e-133  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.1665  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0185  glutamate synthase subunit beta  49.6 
 
 
491 aa  477  1e-133  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0818  glutamate synthase (NADH) small subunit  52.89 
 
 
495 aa  475  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3012  glutamate synthase subunit beta  54.21 
 
 
480 aa  477  1e-133  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.183003 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1261  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  50.3 
 
 
492 aa  476  1e-133  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.53874  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>