More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0874 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  81.77 
 
 		 406 aa  672    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  90.39 
 
 		 406 aa  771    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  100 
 
 		 406 aa  833    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  80.89 
 
 		 409 aa  699    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  47.25 
 
 		 407 aa  395  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  50.8 
 
 		 409 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  50.25 
 
 		 410 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 		 410 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  50.13 
 
 		 409 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  50.93 
 
 		 409 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  50.26 
 
 		 407 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  49.74 
 
 		 411 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  48.48 
 
 		 404 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  48.51 
 
 		 415 aa  382  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  49.73 
 
 		 410 aa  378  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  47.12 
 
 		 409 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  49.33 
 
 		 410 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  49.33 
 
 		 411 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  49.73 
 
 		 395 aa  376  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  46.19 
 
 		 418 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  48.4 
 
 		 410 aa  372  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  48.82 
 
 		 410 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  47.95 
 
 		 405 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  48.98 
 
 		 406 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  48.16 
 
 		 411 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  48.92 
 
 		 406 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  49.06 
 
 		 406 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  49.59 
 
 		 406 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  47.88 
 
 		 411 aa  365  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  45.95 
 
 		 435 aa  364  2e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  48.79 
 
 		 406 aa  364  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  47.34 
 
 		 406 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  46.1 
 
 		 407 aa  362  6e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  48.26 
 
 		 405 aa  359  4e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  48.94 
 
 		 403 aa  358  7e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  44.53 
 
 		 437 aa  349  5e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  45.78 
 
 		 401 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  44.41 
 
 		 411 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  42.46 
 
 		 400 aa  316  4e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  40.4 
 
 		 407 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  41.07 
 
 		 402 aa  301  9e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  40.76 
 
 		 402 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  40.86 
 
 		 399 aa  280  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  41.03 
 
 		 412 aa  274  2.0000000000000002e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  33.05 
 
 		 438 aa  162  9e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 		 415 aa  153  4e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 		 441 aa  152  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 		 436 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  28.37 
 
 		 414 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  25.88 
 
 		 434 aa  139  7e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 		 382 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 408 aa  127  5e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 		 472 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 375 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  27.91 
 
 		 480 aa  117  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 		 378 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 		 390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 		 386 aa  113  5e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 		 368 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.27 
 
 		 425 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 377 aa  110  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 		 377 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 		 377 aa  108  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 		 423 aa  103  4e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  26.05 
 
 		 379 aa  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 		 385 aa  102  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 		 386 aa  102  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 407 aa  102  9e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 		 403 aa  99.8  8e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 		 382 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 425 aa  99  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  24.25 
 
 		 398 aa  98.6  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 		 398 aa  98.6  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 		 373 aa  97.8  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.88 
 
 		 517 aa  95.1  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 394 aa  95.1  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 		 389 aa  94.4  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 		 370 aa  92.8  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 		 411 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  27.87 
 
 		 385 aa  92  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 		 370 aa  91.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 		 385 aa  90.9  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 		 392 aa  91.3  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  24.01 
 
 		 370 aa  91.3  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.91 
 
 		 392 aa  90.9  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 		 401 aa  90.5  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 395 aa  89.7  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 371 aa  89  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 		 368 aa  88.2  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 		 411 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 		 378 aa  87  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  31.63 
 
 		 382 aa  86.7  7e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  31.63 
 
 		 382 aa  86.7  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 387 aa  85.9  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  27.6 
 
 		 447 aa  85.5  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 		 387 aa  85.1  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 		 394 aa  85.5  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>