More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0852 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 280 aa  563  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.14 
 
 		 280 aa  500  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.14 
 
 		 280 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4695  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.21 
 
 		 280 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.34 
 
 		 295 aa  246  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.06 
 
 		 287 aa  243  3e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38962  normal  0.0399907 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.02 
 
 		 282 aa  192  4e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.02 
 
 		 282 aa  191  8e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.02 
 
 		 282 aa  191  8e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.53 
 
 		 275 aa  182  6e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.126058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.4 
 
 		 276 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.952588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 		 258 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3076  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 		 285 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  38.31 
 
 		 255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.24 
 
 		 273 aa  170  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1472  short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  40.91 
 
 		 282 aa  169  5e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0273044  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  41.96 
 
 		 251 aa  168  7e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.47 
 
 		 261 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.82 
 
 		 273 aa  166  4e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00507131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  40.38 
 
 		 249 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 		 258 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 		 251 aa  166  5e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.694744  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1563  short-chain alcohol dehydrogenase  41.76 
 
 		 266 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  40.62 
 
 		 253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  40 
 
 		 248 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 		 262 aa  163  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  39.3 
 
 		 272 aa  162  6e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 		 282 aa  162  6e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0692729  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  39.3 
 
 		 272 aa  162  6e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 		 248 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  40.47 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 		 250 aa  159  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  41.11 
 
 		 262 aa  159  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 256 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 		 251 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 		 244 aa  159  7e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 249 aa  158  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 		 251 aa  158  8e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.87 
 
 		 250 aa  158  9e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 		 259 aa  158  9e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.1 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 		 268 aa  157  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 		 246 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2249  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 		 260 aa  156  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000113674  decreased coverage  1.89116e-19 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 		 249 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 259 aa  156  3e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 		 252 aa  156  4e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0620  putative short-chain dehydrogenase/reductase  41.34 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.096892 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 		 249 aa  155  6e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 		 272 aa  155  8e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 		 256 aa  155  9e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.23134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.254503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 		 262 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 		 251 aa  154  2e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 		 255 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  37.64 
 
 		 255 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 		 255 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 		 251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 		 258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  36.5 
 
 		 254 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4625  short chain dehydrogenase  39.45 
 
 		 249 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 		 258 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 		 258 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  37.11 
 
 		 255 aa  151  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 		 268 aa  151  1e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0201969  normal  0.963829 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB00370  fatty acid beta-oxidation-related protein, putative  41.48 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.170907  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 		 265 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 		 246 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.2 
 
 		 256 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 254 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  37.69 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 		 253 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 		 253 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 		 247 aa  150  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.264326 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 		 272 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0477123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 		 248 aa  150  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4948  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.13 
 
 		 250 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 		 250 aa  149  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2964  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  36.76 
 
 		 248 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.95662  hitchhiker  0.0000180421 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2523  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  36.76 
 
 		 248 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 		 248 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219217  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  35.8 
 
 		 254 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.91 
 
 		 251 aa  149  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  37.6 
 
 		 257 aa  149  6e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  40.47 
 
 		 253 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.77 
 
 		 246 aa  149  7e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000018635 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 251 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  39.45 
 
 		 249 aa  148  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 		 249 aa  148  9e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 		 252 aa  148  9e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>