More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0616 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0616  PfkB domain protein  100 
 
 		 312 aa  627  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.246916  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0090  PfkB  81.49 
 
 		 309 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0671  PfkB  80.98 
 
 		 309 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4851  PfkB  69.38 
 
 		 309 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.733485  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0460  PfkB  68.77 
 
 		 308 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.413409  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5471  PfkB domain protein  38.64 
 
 		 324 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.784292 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5201  PfkB domain protein  37.79 
 
 		 326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.515111  normal  0.135366 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4029  carbohydrate kinase, PfkB  40.07 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4413  PfkB family kinase  35.17 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4235  kinase, PfkB family  35.17 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.907464  normal  0.927219 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4302  kinase PfkB family  35.17 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4348  kinase, PfkB family  35.17 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4257  kinase, PfkB family  35.17 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4268  PfkB family kinase  35.17 
 
 		 298 aa  149  7e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03768  predicted sugar kinase  34.83 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4103  PfkB domain protein  34.83 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4406  PfkB family kinase  34.83 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03717  hypothetical protein  34.83 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5330  kinase, PfkB family  34.48 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.574224 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4349  kinase, PfkB family  34 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4103  PfkB family kinase  33.67 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4140  ribokinase-like domain-containing protein  33.67 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.682006  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2455  PfkB domain-containing protein  36.12 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.287722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0358  ribokinase-like domain-containing protein  33.66 
 
 		 306 aa  125  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0799  ribokinase-like domain-containing protein  36.21 
 
 		 310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3386  ribokinase-like domain-containing protein  32.33 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.139536 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0970  carbohydrate kinase  33.56 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1019  PfkB domain protein  33 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.485278 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  28.71 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  24.2 
 
 		 308 aa  105  7e-22  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2057  PfkB family kinase  28.75 
 
 		 315 aa  96.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124987  normal  0.010035 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  26.58 
 
 		 304 aa  96.7  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  29.56 
 
 		 316 aa  95.9  9e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  27.63 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0692  carbohydrate kinase  31.29 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.19709  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  31.61 
 
 		 309 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  26.62 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  31.61 
 
 		 309 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  25.07 
 
 		 345 aa  92.4  8e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  32.06 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3217  PfkB domain protein  27.59 
 
 		 312 aa  92.4  9e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0980  ribokinase-like domain-containing protein  30.22 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.167032 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2817  PfkB domain protein  30.54 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.575722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0752  ribokinase-like domain-containing protein  30.94 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  32.18 
 
 		 309 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  29.8 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2496  kinase, pfkB family  29.15 
 
 		 310 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0041  ribokinase-like domain-containing protein  29.9 
 
 		 304 aa  89.4  6e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  29.18 
 
 		 312 aa  89.4  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2812  PfkB  30.27 
 
 		 321 aa  89  9e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  28.16 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  27.97 
 
 		 308 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1622  PfkB domain protein  22.48 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1870  PfkB domain protein  28.21 
 
 		 315 aa  87  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0114143  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  29.14 
 
 		 302 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  30.56 
 
 		 302 aa  87  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1996  PfkB family kinase  28.21 
 
 		 315 aa  87  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1419  PfkB family kinase  27.62 
 
 		 315 aa  87  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.997387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1856  PfkB family kinase  28.16 
 
 		 315 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0158072  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  26.54 
 
 		 307 aa  86.7  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  29.04 
 
 		 302 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  29.55 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  30.28 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  30.48 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  29.47 
 
 		 302 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0662  PfkB domain-containing protein  26.9 
 
 		 327 aa  86.3  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.478793  normal  0.638402 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01741  predicted kinase  27.3 
 
 		 315 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01729  hypothetical protein  27.3 
 
 		 315 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1860  ribokinase-like domain-containing protein  27.3 
 
 		 315 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.335723  decreased coverage  0.00000390561 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0034  PfkB domain protein  28.06 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0204225  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0259  ribokinase  31.65 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00211116  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5483  PfkB domain protein  32.95 
 
 		 313 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.235286 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  30.56 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3539  PfkB  29.77 
 
 		 285 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.460191  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3612  ribokinase-like domain-containing protein  29.77 
 
 		 285 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.388195  normal  0.822465 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3544  ribokinase-like domain-containing protein  29.77 
 
 		 285 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.336922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  30.48 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  31.53 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  31.53 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  31.27 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1117  ribokinase-like domain-containing protein  26.75 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.145837 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  28.9 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  30.94 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  23.7 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  28.29 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1777  PfkB domain protein  29.36 
 
 		 331 aa  82.8  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.380379  normal  0.415006 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  27.8 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  27.8 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  30.65 
 
 		 311 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1940  PfkB  25.45 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.123547  normal  0.0238447 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2308  ribokinase  29.7 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  0.0234698 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2483  PfkB domain protein  28.71 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0733  ribokinase  25.25 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1986  PfkB  28.06 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.842187 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  27.48 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0560  ribokinase  24.92 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000679387  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0266  PfkB domain protein  28.31 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0697  ribokinase  25.16 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0813613  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  28.44 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0052  ribokinase-like domain-containing protein  27.42 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000666375 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>