292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0601 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  100 
 
 
271 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  86.51 
 
 
254 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  81.62 
 
 
272 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  80.78 
 
 
269 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  72.43 
 
 
270 aa  370  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  71.43 
 
 
271 aa  368  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  74.68 
 
 
267 aa  345  7e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  53.62 
 
 
264 aa  246  2e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  48.99 
 
 
262 aa  238  7e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  52.4 
 
 
262 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  52.74 
 
 
268 aa  226  4e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_004310  BR1878  competence protein F, putative  52.4 
 
 
262 aa  223  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  49.57 
 
 
255 aa  223  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  50.4 
 
 
255 aa  221  1e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  50.65 
 
 
236 aa  220  1e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  49 
 
 
255 aa  218  6e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  46.48 
 
 
258 aa  218  9e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  45 
 
 
258 aa  217  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  47.52 
 
 
258 aa  214  2e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  50.2 
 
 
255 aa  211  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  49.14 
 
 
253 aa  210  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1708  phosphoribosyltransferase  51.64 
 
 
264 aa  198  1e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0852956  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  49.37 
 
 
246 aa  191  8e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3006  phosphoribosyltransferase  47.31 
 
 
270 aa  188  8e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2510  phosphoribosyltransferase  46.61 
 
 
258 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.277662 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4814  phosphoribosyltransferase  49.81 
 
 
279 aa  179  3e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727604  decreased coverage  8.49043e-05 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  44.12 
 
 
255 aa  179  5e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0367  comF family protein  42.45 
 
 
251 aa  177  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  41.53 
 
 
243 aa  160  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  45.11 
 
 
260 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  43.81 
 
 
217 aa  158  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  42.24 
 
 
248 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0295  competence protein F, putative  41.67 
 
 
242 aa  151  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  40.65 
 
 
215 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1195  competence protein F  39.91 
 
 
240 aa  147  2e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2856  competence protein F  40.34 
 
 
240 aa  145  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  37.66 
 
 
243 aa  142  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2633  amidophosphoribosyltransferase-like protein  39.48 
 
 
240 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  41.55 
 
 
239 aa  142  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3500  competence protein F  41.7 
 
 
258 aa  139  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  36.32 
 
 
242 aa  137  3e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  39.45 
 
 
239 aa  136  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  34.84 
 
 
238 aa  134  2e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  27.39 
 
 
230 aa  134  2e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  35.37 
 
 
259 aa  130  3e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  38.56 
 
 
238 aa  129  4e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.02342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  35.77 
 
 
269 aa  129  4e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  36.24 
 
 
229 aa  129  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  35.4 
 
 
247 aa  128  1e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  28.88 
 
 
230 aa  123  3e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  33.33 
 
 
245 aa  121  2e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  2.43751e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2585  competence protein F  40.25 
 
 
245 aa  119  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  39.18 
 
 
213 aa  118  8e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  31.28 
 
 
227 aa  118  1e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  34.91 
 
 
247 aa  117  2e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0416  putative competence protein F  26.04 
 
 
270 aa  115  7e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  33.76 
 
 
239 aa  112  5e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  35.53 
 
 
233 aa  112  7e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  1.70778e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  34.3 
 
 
244 aa  110  2e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  29.91 
 
 
245 aa  110  3e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  31.9 
 
 
228 aa  109  4e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0158  competence protein F-related protein  34.43 
 
 
246 aa  108  1e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  33.94 
 
 
233 aa  108  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  33.74 
 
 
262 aa  107  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  32.89 
 
 
233 aa  107  2e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  32.22 
 
 
233 aa  107  2e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.15929e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  27.51 
 
 
234 aa  106  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0569  competence protein F, putative  33.19 
 
 
249 aa  106  5e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  27.51 
 
 
234 aa  105  8e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  35.06 
 
 
230 aa  104  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  34.67 
 
 
279 aa  103  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.54112e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  32.3 
 
 
242 aa  103  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  32 
 
 
246 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  26.03 
 
 
245 aa  103  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  30.84 
 
 
239 aa  103  4e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3693  amidophosphoribosyl-transferase  31.47 
 
 
230 aa  102  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.303537 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  34.04 
 
 
227 aa  102  7e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  32.08 
 
 
251 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  28.57 
 
 
220 aa  101  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  7.9712e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3610  gluconate periplasmic binding protein  32.48 
 
 
227 aa  100  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  32.61 
 
 
263 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0300  gluconate periplasmic binding protein  32.48 
 
 
227 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414054  normal  0.0237558 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03217  hypothetical protein  32.48 
 
 
227 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00548769  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03265  gluconate periplasmic binding protein with phosphoribosyltransferase domain, GNT I system  32.48 
 
 
227 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0165  phosphoribosyltransferase  30.83 
 
 
223 aa  100  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  2.98653e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  32.61 
 
 
237 aa  100  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3794  gluconate periplasmic binding protein  32.91 
 
 
227 aa  100  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  34.59 
 
 
231 aa  100  4e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1679  phosphoribosyltransferase  29.26 
 
 
231 aa  99.8  4e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4720  gluconate periplasmic binding protein  32.48 
 
 
248 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5516  phosphoribosyltransferase  28.51 
 
 
239 aa  100  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0300  comF family protein  32.91 
 
 
227 aa  99  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3856  phosphoribosyltransferase  35.17 
 
 
232 aa  98.2  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3495  amidophosphoribosyltransferase  31.2 
 
 
236 aa  98.6  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1776  competence protein F, putative  34.45 
 
 
239 aa  98.6  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.280067 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  36.55 
 
 
237 aa  98.2  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3978  amidophosphoribosyltransferase  32.08 
 
 
247 aa  98.2  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  2.28235e-09  hitchhiker  2.30998e-07 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3694  gluconate periplasmic binding protein  32.48 
 
 
227 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4754  phosphoribosyltransferase  36.63 
 
 
276 aa  97.8  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.45098e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1314  hypothetical protein  29.2 
 
 
226 aa  97.4  2e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>