More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0583 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  76.21 
 
 		 395 aa  643    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  92.61 
 
 		 406 aa  770    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 406 aa  833    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  85.47 
 
 		 406 aa  705    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  81.64 
 
 		 415 aa  694    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  70.6 
 
 		 405 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  59.49 
 
 		 404 aa  499  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  60.63 
 
 		 407 aa  499  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  59.22 
 
 		 410 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  58.64 
 
 		 409 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  58.21 
 
 		 409 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  56.78 
 
 		 410 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  58.12 
 
 		 409 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  57.59 
 
 		 410 aa  485  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  59.42 
 
 		 410 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  60.47 
 
 		 410 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  58.44 
 
 		 411 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  53.98 
 
 		 418 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  56.01 
 
 		 409 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  57.55 
 
 		 411 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  56.77 
 
 		 411 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  53.79 
 
 		 435 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  57.07 
 
 		 411 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  54.89 
 
 		 405 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  54.21 
 
 		 411 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  54.09 
 
 		 410 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  51.64 
 
 		 407 aa  440  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  53.21 
 
 		 401 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  53.52 
 
 		 403 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  52.34 
 
 		 406 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  51.85 
 
 		 406 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  50.79 
 
 		 406 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  51.79 
 
 		 437 aa  411  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  48.49 
 
 		 407 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  52.28 
 
 		 407 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  48.46 
 
 		 400 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  48.86 
 
 		 406 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  45.82 
 
 		 402 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  46.95 
 
 		 406 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  47.33 
 
 		 409 aa  362  5.0000000000000005e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  48.65 
 
 		 406 aa  362  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  45.92 
 
 		 399 aa  346  4e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  43.54 
 
 		 402 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  43.09 
 
 		 412 aa  316  5e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  36 
 
 		 414 aa  193  6e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  33.78 
 
 		 438 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 		 441 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  30.71 
 
 		 434 aa  167  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 		 436 aa  145  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 		 415 aa  143  7e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  28.91 
 
 		 480 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.67 
 
 		 425 aa  117  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 472 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 386 aa  112  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  24.47 
 
 		 423 aa  106  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 		 392 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 401 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  23.42 
 
 		 380 aa  101  3e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 388 aa  101  3e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 		 398 aa  100  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  23.66 
 
 		 407 aa  99.8  8e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 		 387 aa  99.8  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 		 382 aa  98.2  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 		 386 aa  97.4  4e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 		 389 aa  97.1  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 387 aa  96.7  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  26.37 
 
 		 379 aa  94.7  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 375 aa  94  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  32.3 
 
 		 403 aa  93.6  6e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 		 411 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 		 377 aa  90.5  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.96 
 
 		 496 aa  89.7  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 		 388 aa  89.7  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 		 370 aa  89.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 		 378 aa  89.4  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28 
 
 		 519 aa  89  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  30.71 
 
 		 400 aa  86.7  7e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 		 411 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  31.82 
 
 		 377 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  31.82 
 
 		 377 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 		 385 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 		 386 aa  84.3  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 		 368 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 		 367 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  25.62 
 
 		 539 aa  83.6  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 		 390 aa  83.6  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  30.61 
 
 		 376 aa  83.2  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 		 373 aa  83.6  0.000000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 		 592 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 		 425 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 		 394 aa  82.4  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 394 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.33 
 
 		 403 aa  82.4  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  25 
 
 		 383 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 382 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 		 382 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  28.29 
 
 		 394 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>