196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0473 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  62.71 
 
 		 674 aa  800    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  78.8 
 
 		 661 aa  1070    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  63.02 
 
 		 692 aa  820    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  56.54 
 
 		 598 aa  681    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 689 aa  1388    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  64.32 
 
 		 662 aa  822    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  46.81 
 
 		 710 aa  568  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  41.01 
 
 		 693 aa  451  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  38.73 
 
 		 680 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  38.71 
 
 		 665 aa  428  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  39.83 
 
 		 708 aa  424  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  39.57 
 
 		 670 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  38.66 
 
 		 724 aa  416  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  38.62 
 
 		 703 aa  392  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  46.88 
 
 		 498 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  39.14 
 
 		 703 aa  387  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  39 
 
 		 703 aa  384  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  48.09 
 
 		 446 aa  383  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  47.8 
 
 		 462 aa  383  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  46.65 
 
 		 498 aa  382  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  46.38 
 
 		 501 aa  362  1e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  41.29 
 
 		 494 aa  332  1e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  42.86 
 
 		 482 aa  330  4e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  42.86 
 
 		 482 aa  330  4e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  41.71 
 
 		 492 aa  329  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  43.41 
 
 		 437 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  42.86 
 
 		 476 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  40.72 
 
 		 458 aa  323  6e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  42.37 
 
 		 482 aa  323  7e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  41.03 
 
 		 499 aa  301  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  38.19 
 
 		 471 aa  284  3.0000000000000004e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  40.33 
 
 		 478 aa  278  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  37.39 
 
 		 490 aa  267  5e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  36.87 
 
 		 472 aa  265  2e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  29.31 
 
 		 471 aa  173  1e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  29.31 
 
 		 473 aa  170  8e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  35.75 
 
 		 232 aa  106  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  31.91 
 
 		 244 aa  98.2  5e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  34.06 
 
 		 228 aa  97.4  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  33.85 
 
 		 261 aa  91.3  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  35.42 
 
 		 236 aa  90.1  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  33.66 
 
 		 236 aa  89.7  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  30.99 
 
 		 240 aa  89.4  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  30.99 
 
 		 240 aa  89  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  32.65 
 
 		 225 aa  88.6  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  35.29 
 
 		 453 aa  88.6  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  36.04 
 
 		 207 aa  88.6  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  34.13 
 
 		 243 aa  88.6  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  33.33 
 
 		 250 aa  87  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  31.19 
 
 		 250 aa  86.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  31.72 
 
 		 258 aa  86.3  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  31.84 
 
 		 248 aa  85.9  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  35.71 
 
 		 452 aa  84.7  0.000000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  30.29 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  28.02 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  28.02 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  30.49 
 
 		 578 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  31.67 
 
 		 566 aa  82  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  29.39 
 
 		 229 aa  82  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  33.99 
 
 		 447 aa  81.6  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.51 
 
 		 236 aa  81.6  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  34.31 
 
 		 238 aa  81.6  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  32.88 
 
 		 559 aa  81.6  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  35.75 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  36.9 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  32.17 
 
 		 570 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  34.83 
 
 		 449 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  32.43 
 
 		 239 aa  79.3  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  28.86 
 
 		 228 aa  79  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  31.98 
 
 		 207 aa  79  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  31.76 
 
 		 236 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  33.65 
 
 		 242 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  29.08 
 
 		 228 aa  79  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  31.58 
 
 		 570 aa  78.2  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  31.12 
 
 		 229 aa  78.6  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.03 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  31.34 
 
 		 562 aa  77  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  28.97 
 
 		 251 aa  76.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  31.31 
 
 		 207 aa  77  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  29.07 
 
 		 283 aa  77  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.48 
 
 		 207 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  30.43 
 
 		 258 aa  75.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  34.43 
 
 		 449 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  31.82 
 
 		 255 aa  76.3  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  35.76 
 
 		 241 aa  75.5  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  31.16 
 
 		 219 aa  75.5  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  32.11 
 
 		 561 aa  75.5  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  29.81 
 
 		 254 aa  75.1  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  29.54 
 
 		 237 aa  75.1  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.85 
 
 		 206 aa  75.1  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  31.22 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  35.54 
 
 		 243 aa  74.7  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.81 
 
 		 207 aa  73.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  33.84 
 
 		 241 aa  73.2  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  29.83 
 
 		 237 aa  73.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  30.39 
 
 		 234 aa  72.8  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  36.77 
 
 		 454 aa  71.6  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  33.8 
 
 		 283 aa  71.2  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  29.63 
 
 		 254 aa  70.9  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  31.8 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>