259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0439 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  100 
 
 
137 aa  275  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  83.94 
 
 
136 aa  231  2e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  78.74 
 
 
135 aa  208  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  72.06 
 
 
137 aa  206  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  73.53 
 
 
146 aa  206  9e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  72.79 
 
 
137 aa  205  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  70.07 
 
 
138 aa  200  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  67.42 
 
 
145 aa  176  6e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  67.42 
 
 
145 aa  176  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  67.42 
 
 
145 aa  175  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  65.32 
 
 
135 aa  167  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  63.64 
 
 
142 aa  164  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  65.32 
 
 
139 aa  163  6e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  57.58 
 
 
141 aa  153  6e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  56.06 
 
 
155 aa  147  6e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  61.74 
 
 
151 aa  143  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  52.31 
 
 
132 aa  139  1e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  50.38 
 
 
136 aa  132  2e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  48.48 
 
 
134 aa  130  4e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  47.69 
 
 
134 aa  127  7e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  47.33 
 
 
197 aa  125  2e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  47.33 
 
 
150 aa  125  2e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  48.8 
 
 
135 aa  122  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  46.15 
 
 
134 aa  120  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  43.48 
 
 
150 aa  119  1e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  49.59 
 
 
131 aa  119  2e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  46.77 
 
 
137 aa  117  4e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  45.86 
 
 
165 aa  117  5e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  48 
 
 
135 aa  114  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  44.36 
 
 
140 aa  113  8e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  46.32 
 
 
138 aa  113  8e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  43.61 
 
 
137 aa  110  4e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  45.9 
 
 
133 aa  110  9e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  42.96 
 
 
143 aa  109  1e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  43.51 
 
 
141 aa  107  4e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  43.65 
 
 
140 aa  106  8e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  45.31 
 
 
148 aa  104  5e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  44.62 
 
 
164 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 
164 aa  100  8e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  44.78 
 
 
140 aa  97.4  5e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  43.52 
 
 
123 aa  83.2  1e-15  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  39.37 
 
 
145 aa  81.6  4e-15  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  35.16 
 
 
127 aa  73.6  9e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  39.34 
 
 
139 aa  69.7  1e-11  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 
118 aa  68.9  2e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  3.6841e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  34.48 
 
 
132 aa  68.9  2e-11  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.64371e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 
118 aa  68.9  2e-11  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 
118 aa  68.6  3e-11  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 
118 aa  68.6  3e-11  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.32995e-63 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 
118 aa  68.6  3e-11  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 
118 aa  68.6  3e-11  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  39.68 
 
 
138 aa  68.2  4e-11  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  44.04 
 
 
121 aa  67.8  5e-11  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 
126 aa  67.8  5e-11  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  8.26248e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 
118 aa  67.8  5e-11  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  39.52 
 
 
138 aa  67.8  5e-11  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 
118 aa  67.8  5e-11  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 
118 aa  66.2  1e-10  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
129 aa  66.2  1e-10  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 
118 aa  66.2  1e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 
118 aa  66.2  1e-10  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3851  ribosome-binding factor A  38.98 
 
 
150 aa  66.2  2e-10  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.258524  normal  0.192536 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 
123 aa  65.9  2e-10  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 
127 aa  63.5  8e-10  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  35.11 
 
 
129 aa  63.5  9e-10  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  39.45 
 
 
118 aa  63.5  9e-10  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  36.7 
 
 
131 aa  63.2  1e-09  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 
118 aa  63.2  1e-09  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 
118 aa  63.2  1e-09  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 
122 aa  63.2  1e-09  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  32.71 
 
 
117 aa  61.6  3e-09  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  31.09 
 
 
119 aa  62  3e-09  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  31.09 
 
 
119 aa  61.2  4e-09  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  36.44 
 
 
121 aa  61.2  5e-09  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  32.52 
 
 
131 aa  60.5  8e-09  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  1.45103e-05  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  29.37 
 
 
127 aa  60.5  9e-09  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  36.07 
 
 
127 aa  59.7  1e-08  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  29.84 
 
 
128 aa  59.7  1e-08  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  34.19 
 
 
122 aa  59.7  1e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 
122 aa  58.9  2e-08  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  5.70949e-12  hitchhiker  1.54001e-07 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  31.71 
 
 
140 aa  58.9  2e-08  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  30.08 
 
 
134 aa  58.5  3e-08  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1744  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 
157 aa  58.2  4e-08  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388944  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  29.09 
 
 
126 aa  57  8e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  33.61 
 
 
130 aa  57  9e-08  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1480  ribosome-binding factor A  33.66 
 
 
123 aa  56.6  1e-07  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243092  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  30.33 
 
 
123 aa  56.2  1e-07  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0564  ribosome-binding factor A  28.57 
 
 
114 aa  56.2  1e-07  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 
119 aa  56.2  1e-07  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 
119 aa  56.2  1e-07  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0466  ribosome-binding factor A  29.09 
 
 
115 aa  55.5  2e-07  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0493  ribosome-binding factor A  36.73 
 
 
120 aa  55.8  2e-07  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.852229  normal  0.935252 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  30.3 
 
 
143 aa  55.5  2e-07  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 
119 aa  55.5  2e-07  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 
156 aa  55.1  3e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2416  ribosome-binding factor A  36.73 
 
 
114 aa  55.5  3e-07  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
159 aa  55.1  3e-07  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  29.46 
 
 
139 aa  54.7  4e-07  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  34.26 
 
 
125 aa  54.7  4e-07  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 
128 aa  54.7  4e-07  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>