More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0406 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0406  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 206 aa  400  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0097  TetR family transcriptional regulator  76.33 
 
 		 207 aa  309  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0705  regulatory protein, TetR  72.41 
 
 		 211 aa  295  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2875  TetR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 219 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3066  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1812  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 213 aa  80.1  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.436202  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2780  transcriptional regulator TetR family  29.65 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1381  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.637245  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1963  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 215 aa  75.9  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.538053  normal  0.517781 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1338  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00412049  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2962  transcriptional regulator, TetR family  35.39 
 
 		 229 aa  73.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2750  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 216 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.622504 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1495  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.12027  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2493  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 221 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.464185 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 200 aa  70.1  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  37.96 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  37.96 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0566  transcription regulator protein  23.31 
 
 		 207 aa  65.1  0.0000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000000411686  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5326  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 218 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.256565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  30.68 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  36.45 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  31.84 
 
 		 237 aa  62.8  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  29.73 
 
 		 205 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  30 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 243 aa  58.2  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0093  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 229 aa  58.2  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0284  regulatory protein TetR  26.11 
 
 		 215 aa  57  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 236 aa  57  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 232 aa  57  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0328  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 215 aa  57  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.478904  normal  0.0897822 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1447  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.268108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  23.94 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3198  TetR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00193732  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 226 aa  56.2  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0360  transcriptional regulator, TetR family  26.75 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 225 aa  54.7  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 235 aa  54.7  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4417  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  30.97 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  33.54 
 
 		 233 aa  53.5  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 		 220 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 244 aa  53.1  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 233 aa  53.9  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  32.14 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0959  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 248 aa  53.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0776064  normal  0.539269 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1493  transcriptional regulator, TetR family  54.72 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1840  transcriptional regulator, TetR family  50.94 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0700993  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4685  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 259 aa  53.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0466377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 		 221 aa  53.5  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 214 aa  53.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 209 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 220 aa  53.9  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0286  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 186 aa  53.1  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  32.3 
 
 		 214 aa  52.8  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 221 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1550  transcriptional regulator, TetR family  25.58 
 
 		 201 aa  53.1  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3512  regulatory protein TetR  26.76 
 
 		 237 aa  53.1  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  32.3 
 
 		 243 aa  53.1  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  33.62 
 
 		 234 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 207 aa  53.1  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5253  transcriptional regulator, TetR family  26.18 
 
 		 215 aa  52.8  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0646  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 213 aa  52.8  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  24 
 
 		 224 aa  52.4  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 		 217 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 246 aa  52.4  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 218 aa  52.4  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 206 aa  52.4  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 221 aa  52  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 307 aa  52  0.000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 208 aa  52  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3563  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 254 aa  52  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.473219 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 324 aa  52  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  32.08 
 
 		 220 aa  52  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>