More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0401 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  93.48 
 
 
399 aa  777  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  90.33 
 
 
403 aa  734  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  86.72 
 
 
399 aa  733  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  92.15 
 
 
398 aa  765  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  85.64 
 
 
427 aa  709  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 
399 aa  825  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  85.35 
 
 
397 aa  712  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  71.13 
 
 
408 aa  568  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3724  radical SAM enzyme, Cfr family  67.25 
 
 
408 aa  566  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0076  hypothetical protein  70.16 
 
 
411 aa  566  1e-160  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0077  hypothetical protein  70.16 
 
 
411 aa  565  1e-160  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0090  radical SAM protein  69.37 
 
 
411 aa  564  1e-160  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  68.73 
 
 
414 aa  563  1e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4047  radical SAM enzyme, Cfr family  68.67 
 
 
409 aa  563  1e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3068  radical SAM protein  68.05 
 
 
413 aa  560  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  69.08 
 
 
425 aa  560  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4168  Fe-S-cluster redox protein  66 
 
 
410 aa  559  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.433493  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  68.59 
 
 
425 aa  551  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4556  radical SAM protein  67.09 
 
 
431 aa  552  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15006  decreased coverage  0.00152892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4488  radical SAM enzyme, Cfr family  66.83 
 
 
431 aa  550  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  68.34 
 
 
425 aa  550  1e-155  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  68.18 
 
 
430 aa  546  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0759  radical SAM protein  66.49 
 
 
391 aa  528  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  68.6 
 
 
399 aa  531  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2966  radical SAM enzyme, Cfr family  66.4 
 
 
399 aa  519  1e-146  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.80573 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1362  radical SAM protein  64.83 
 
 
414 aa  515  1e-145  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.627333  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  64.3 
 
 
404 aa  484  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  62.53 
 
 
410 aa  482  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  63.61 
 
 
402 aa  475  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  63.36 
 
 
391 aa  478  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  63.17 
 
 
428 aa  474  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  63.19 
 
 
406 aa  476  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  62.26 
 
 
396 aa  473  1e-132  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1436  hypothetical protein  57.66 
 
 
429 aa  469  1e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  60.22 
 
 
392 aa  461  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  60.22 
 
 
392 aa  461  1e-128  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  60.22 
 
 
392 aa  461  1e-128  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0703  hypothetical protein  58.35 
 
 
420 aa  451  1e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  59.47 
 
 
390 aa  452  1e-126  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  57.18 
 
 
404 aa  449  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3014  hypothetical protein  59.45 
 
 
397 aa  439  1e-122  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.327469 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  59.58 
 
 
339 aa  404  1e-111  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  52.63 
 
 
356 aa  363  2e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  47.33 
 
 
362 aa  347  2e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  50 
 
 
376 aa  347  2e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  49.71 
 
 
383 aa  343  4e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  47.95 
 
 
382 aa  342  5e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  48.13 
 
 
377 aa  340  2e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  49.72 
 
 
371 aa  340  2e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.60208e-10 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  48.67 
 
 
369 aa  339  4e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  49.72 
 
 
382 aa  339  6e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  49.58 
 
 
382 aa  339  6e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  48.85 
 
 
383 aa  338  7e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  49.3 
 
 
382 aa  338  9e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  48.56 
 
 
383 aa  338  1e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  47.4 
 
 
382 aa  338  1e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  51.38 
 
 
363 aa  337  2e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  51.38 
 
 
362 aa  337  2e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  48.04 
 
 
384 aa  333  4e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  46.95 
 
 
381 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.55307e-08 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  48.46 
 
 
382 aa  332  8e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  46.95 
 
 
381 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  2.14748e-11 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  46.11 
 
 
375 aa  332  8e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  46.95 
 
 
381 aa  332  9e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  46.95 
 
 
381 aa  332  9e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  49.86 
 
 
359 aa  331  1e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.32 
 
 
372 aa  331  2e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  48.34 
 
 
379 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  49.12 
 
 
366 aa  330  3e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  47.9 
 
 
384 aa  329  4e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50 
 
 
373 aa  329  5e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.44 
 
 
373 aa  328  9e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.44 
 
 
373 aa  328  9e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.44 
 
 
373 aa  328  1e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.44 
 
 
373 aa  328  1e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3393  radical SAM enzyme, Cfr family  49.15 
 
 
382 aa  327  2e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  48.46 
 
 
378 aa  327  2e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.72 
 
 
373 aa  327  2e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2232  radical SAM protein  49.7 
 
 
378 aa  327  2e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.750735  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.17 
 
 
373 aa  327  3e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  48.46 
 
 
381 aa  327  3e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.44 
 
 
373 aa  327  3e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1347  radical SAM protein  49.4 
 
 
378 aa  326  4e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2357  radical SAM protein  49.4 
 
 
378 aa  326  4e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  46.15 
 
 
403 aa  326  4e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1837  radical SAM protein  49.4 
 
 
378 aa  326  4e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.323888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1109  radical SAM protein  49.4 
 
 
378 aa  326  4e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.545154  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0060  radical SAM protein  49.4 
 
 
378 aa  326  4e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0447485  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2230  radical SAM protein  49.4 
 
 
378 aa  326  4e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2192  radical SAM protein  49.4 
 
 
378 aa  326  4e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0838123  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  47.4 
 
 
360 aa  326  5e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.17 
 
 
373 aa  326  5e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.44 
 
 
373 aa  325  6e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  49.1 
 
 
365 aa  325  8e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1592  hypothetical protein  48.86 
 
 
383 aa  325  9e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.89 
 
 
373 aa  325  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2543  radical SAM enzyme, Cfr family  49.71 
 
 
383 aa  325  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  hitchhiker  0.00648935 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.89 
 
 
373 aa  325  1e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1422  radical SAM protein  47.89 
 
 
382 aa  325  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12366  normal  0.0354941 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.63 
 
 
380 aa  324  2e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>