250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0310 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0310  ATP-dependent protease peptidase subunit  100 
 
 
189 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0303  ATP-dependent protease peptidase subunit  88.17 
 
 
190 aa  335  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0404  ATP-dependent protease peptidase subunit  93.05 
 
 
187 aa  332  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.37323  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0121  ATP-dependent protease peptidase subunit  91.53 
 
 
184 aa  332  2e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.57821  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0127  ATP-dependent protease peptidase subunit  91.01 
 
 
184 aa  330  1e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.298064 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0416  ATP-dependent protease peptidase subunit  91.19 
 
 
193 aa  329  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0149  ATP-dependent protease peptidase subunit  89.89 
 
 
186 aa  328  4e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.754868  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0623  ATP-dependent protease peptidase subunit  80.79 
 
 
206 aa  299  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.659505 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5464  ATP-dependent protease peptidase subunit  81.61 
 
 
176 aa  298  4e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0644  ATP-dependent protease peptidase subunit  80.79 
 
 
186 aa  296  1e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.820486  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0256  ATP-dependent protease peptidase subunit  81.61 
 
 
176 aa  295  3e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00944074 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0655  ATP-dependent protease peptidase subunit  79.66 
 
 
186 aa  292  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.147587 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3492  ATP-dependent protease peptidase subunit  81.03 
 
 
182 aa  290  1e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0839  ATP-dependent protease peptidase subunit  76.4 
 
 
184 aa  281  3.0000000000000004e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2080  ATP-dependent protease peptidase subunit  74.59 
 
 
184 aa  280  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.431313  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3080  ATP-dependent protease peptidase subunit  80.79 
 
 
191 aa  280  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3599  ATP-dependent protease peptidase subunit  74.73 
 
 
187 aa  278  3e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.000487409  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2000  ATP-dependent protease peptidase subunit  74.03 
 
 
184 aa  278  4e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.299358  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4376  ATP-dependent protease peptidase subunit  76.57 
 
 
183 aa  276  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1239  ATP-dependent protease peptidase subunit  80.34 
 
 
182 aa  276  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.426925 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1261  ATP-dependent protease peptidase subunit  76.27 
 
 
193 aa  274  5e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3264  ATP-dependent protease peptidase subunit  75.86 
 
 
185 aa  272  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0250  ATP-dependent protease peptidase subunit  75.4 
 
 
197 aa  271  3e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.505749  normal  0.814167 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3982  ATP-dependent protease peptidase subunit  75.88 
 
 
175 aa  269  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1594  ATP-dependent protease peptidase subunit  70.11 
 
 
188 aa  268  2.9999999999999997e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.403262  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2987  ATP-dependent protease peptidase subunit  70.59 
 
 
189 aa  267  8e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2295  ATP-dependent protease peptidase subunit  76.97 
 
 
182 aa  266  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.611787 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0032  ATP-dependent protease peptidase subunit  75.29 
 
 
186 aa  259  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5054  ATP-dependent protease peptidase subunit  72.22 
 
 
187 aa  258  5.0000000000000005e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.351795 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4309  ATP-dependent protease peptidase subunit  75.58 
 
 
175 aa  256  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3440  ATP-dependent protease peptidase subunit  70.95 
 
 
185 aa  255  3e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.952306  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0185  ATP-dependent protease peptidase subunit  68.16 
 
 
185 aa  253  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.203254  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3082  ATP-dependent protease peptidase subunit  67.38 
 
 
199 aa  250  7e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0189555 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2558  ATP-dependent protease peptidase subunit  76.24 
 
 
188 aa  249  1e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1531  ATP-dependent protease peptidase subunit  70.22 
 
 
185 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2849  ATP-dependent protease peptidase subunit  68.93 
 
 
185 aa  249  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.303381 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1410  ATP-dependent protease peptidase subunit  68.36 
 
 
182 aa  248  4e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0181  ATP-dependent protease peptidase subunit  69.66 
 
 
185 aa  248  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0996  ATP-dependent protease peptidase subunit  65.73 
 
 
189 aa  248  5e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0804  ATP-dependent protease peptidase subunit  63.74 
 
 
189 aa  247  7e-65  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.169738  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2949  ATP-dependent protease peptidase subunit  68.54 
 
 
185 aa  244  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.156382  normal  0.168533 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2635  ATP-dependent protease peptidase subunit  68.85 
 
 
185 aa  243  9e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.318301  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2791  ATP-dependent protease peptidase subunit  67.8 
 
 
184 aa  242  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_002978  WD1189  ATP-dependent protease peptidase subunit  68.79 
 
 
184 aa  241  5e-63  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.353132  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2112  ATP-dependent protease peptidase subunit  66.11 
 
 
204 aa  241  5e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0074  ATP-dependent protease peptidase subunit  67.82 
 
 
181 aa  239  1e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4128  ATP-dependent protease peptidase subunit  67.44 
 
 
183 aa  238  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.552067  hitchhiker  0.00000056265 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0694  ATP-dependent protease peptidase subunit  66.86 
 
 
182 aa  237  1e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0677  ATP-dependent protease peptidase subunit  66.29 
 
 
182 aa  236  2e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2697  ATP-dependent protease peptidase subunit  65.71 
 
 
179 aa  234  8e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0247123  decreased coverage  0.00024653 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0017  ATP-dependent protease peptidase subunit  65.71 
 
 
178 aa  233  2.0000000000000002e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3681  ATP-dependent protease peptidase subunit  62.43 
 
 
193 aa  232  3e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0908  ATP-dependent protease peptidase subunit  66.29 
 
 
181 aa  231  6e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1459  ATP-dependent protease peptidase subunit  64.04 
 
 
181 aa  231  6e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2991  ATP-dependent protease peptidase subunit  64.61 
 
 
181 aa  231  7.000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0203  ATP-dependent protease peptidase subunit  64.37 
 
 
178 aa  230  8.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0358827  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0810  ATP-dependent protease peptidase subunit  61.7 
 
 
194 aa  230  8.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.236415  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2340  ATP-dependent protease peptidase subunit  65.71 
 
 
179 aa  229  1e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0674072  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0410  ATP-dependent protease peptidase subunit  60.67 
 
 
183 aa  229  1e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.312402  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2014  ATP-dependent protease peptidase subunit  63.79 
 
 
187 aa  228  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0176  ATP-dependent protease peptidase subunit  64.2 
 
 
188 aa  228  5e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0533  ATP-dependent protease peptidase subunit  65.32 
 
 
176 aa  228  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0600  ATP-dependent protease peptidase subunit  64.33 
 
 
172 aa  227  7e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.059342  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0485  ATP-dependent protease peptidase subunit  65.9 
 
 
185 aa  227  9e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00182784 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1203  ATP-dependent protease peptidase subunit  63.58 
 
 
184 aa  226  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0788  ATP-dependent protease peptidase subunit  63.22 
 
 
178 aa  225  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.328809  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0818  ATP-dependent protease peptidase subunit  65.5 
 
 
176 aa  223  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.136015  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0116  20S proteasome A and B subunits  61.93 
 
 
180 aa  223  2e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0056  ATP-dependent protease peptidase subunit  62.64 
 
 
177 aa  222  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0066  ATP-dependent protease peptidase subunit  62.64 
 
 
183 aa  221  3e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2248  ATP-dependent protease peptidase subunit  63.74 
 
 
185 aa  221  7e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4369  ATP-dependent protease peptidase subunit  62.57 
 
 
172 aa  219  3e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2545  ATP-dependent protease peptidase subunit  60.92 
 
 
196 aa  218  3.9999999999999997e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2541  ATP-dependent protease peptidase subunit  60.92 
 
 
188 aa  218  6e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1541  ATP-dependent protease peptidase subunit  63.58 
 
 
175 aa  217  7.999999999999999e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3837  ATP-dependent protease peptidase subunit  63.22 
 
 
178 aa  216  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.552553 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4191  ATP-dependent protease peptidase subunit  63.16 
 
 
174 aa  215  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0004  ATP-dependent protease peptidase subunit  63.16 
 
 
184 aa  215  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0464  ATP-dependent protease peptidase subunit  67.46 
 
 
176 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.958298  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3436  ATP-dependent protease peptidase subunit  64.04 
 
 
182 aa  215  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.834588  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1099  ATP-dependent protease peptidase subunit  61.49 
 
 
182 aa  214  5e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5000  ATP-dependent protease peptidase subunit  67.46 
 
 
176 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4874  ATP-dependent protease peptidase subunit  67.46 
 
 
176 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.441904  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5050  ATP-dependent protease peptidase subunit  67.46 
 
 
176 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66770  ATP-dependent protease peptidase subunit  63.95 
 
 
177 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1226  ATP-dependent protease peptidase subunit  59.66 
 
 
176 aa  213  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0176208  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2720  20S proteasome A and B subunits  59.89 
 
 
179 aa  212  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5790  ATP-dependent protease peptidase subunit  63.95 
 
 
182 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03517  ATP-dependent protease peptidase subunit  61.4 
 
 
174 aa  212  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.839153  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0441  ATP-dependent protease peptidase subunit  62.21 
 
 
174 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3797  ATP-dependent protease peptidase subunit  61.85 
 
 
176 aa  212  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5140  heat shock protein HslV  63.91 
 
 
176 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0395  ATP-dependent protease peptidase subunit  63.91 
 
 
176 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4559  ATP-dependent protease peptidase subunit  60.89 
 
 
179 aa  211  3.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0113  ATP-dependent protease peptidase subunit  62.79 
 
 
174 aa  211  4.9999999999999996e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0113  ATP-dependent protease peptidase subunit  62.79 
 
 
174 aa  211  4.9999999999999996e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4103  ATP-dependent protease peptidase subunit  62.79 
 
 
174 aa  211  4.9999999999999996e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3764  ATP-dependent protease peptidase subunit  60.23 
 
 
174 aa  211  4.9999999999999996e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000856229  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1981  ATP-dependent protease peptidase subunit  59.09 
 
 
176 aa  211  4.9999999999999996e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000244115  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5624  ATP-dependent protease peptidase subunit  59.88 
 
 
180 aa  211  5.999999999999999e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>