More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0288 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0288  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 219 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0438  hypothetical protein  85.98 
 
 		 221 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0383  hypothetical protein  84.04 
 
 		 221 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.69916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0282  hypothetical protein  78.08 
 
 		 219 aa  348  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.118746 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0174  hypothetical protein  78.4 
 
 		 228 aa  339  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.913317 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0096  hypothetical protein  74.19 
 
 		 225 aa  332  2e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480165  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0089  hypothetical protein  73.24 
 
 		 224 aa  325  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.937473  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0278  alanine racemase domain-containing protein  66.36 
 
 		 232 aa  292  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334709  normal  0.0228737 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4380  hypothetical protein  61.19 
 
 		 219 aa  274  8e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1403  alanine racemase domain-containing protein  63.33 
 
 		 227 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.113582 
 
 
-
 
NC_004310  BR1808  hypothetical protein  63.26 
 
 		 226 aa  272  3e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1021  alanine racemase domain protein  63.29 
 
 		 227 aa  271  5.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3208  hypothetical protein  60.37 
 
 		 225 aa  271  6e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491657  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1285  alanine racemase domain-containing protein  67.88 
 
 		 230 aa  270  1e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1741  hypothetical protein  63.26 
 
 		 226 aa  269  2e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1661  alanine racemase domain protein  61.11 
 
 		 244 aa  268  5e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.19823 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0226  alanine racemase domain-containing protein  61.5 
 
 		 230 aa  267  8e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0695521  normal  0.167093 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3197  alanine racemase domain-containing protein  60.27 
 
 		 219 aa  266  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1857  alanine racemase domain protein  59.72 
 
 		 247 aa  265  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.821186 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4249  alanine racemase domain protein  60.27 
 
 		 219 aa  265  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.405464 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1094  alanine racemase domain-containing protein  62.79 
 
 		 250 aa  265  5.999999999999999e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3923  alanine racemase domain protein  60.27 
 
 		 219 aa  264  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.823584  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1578  alanine racemase domain-containing protein  58.8 
 
 		 247 aa  263  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.417677  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3634  hypothetical protein  57.53 
 
 		 242 aa  260  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.205526  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0335  alanine racemase domain protein  60.09 
 
 		 230 aa  258  7e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00537658 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4107  alanine racemase domain-containing protein  58.33 
 
 		 250 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.760524  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0414  hypothetical protein  55.87 
 
 		 217 aa  242  3e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0048  hypothetical protein  57.94 
 
 		 218 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.434055 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0042  alanine racemase domain protein  55.4 
 
 		 218 aa  236  3e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000221923 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0102  hypothetical protein  52.66 
 
 		 226 aa  233  1.0000000000000001e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2762  alanine racemase domain-containing protein  58.22 
 
 		 217 aa  232  4.0000000000000004e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0716815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3131  alanine racemase domain-containing protein  57.75 
 
 		 220 aa  231  6e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  hitchhiker  0.000192693 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2856  alanine racemase domain-containing protein  56.42 
 
 		 221 aa  227  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0170216  normal  0.0492664 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0844  hypothetical protein  61.46 
 
 		 221 aa  225  4e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2502  alanine racemase domain-containing protein  61.46 
 
 		 221 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.936846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3024  hypothetical protein  57.6 
 
 		 220 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5034  alanine racemase domain-containing protein  59.9 
 
 		 214 aa  217  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0433  hypothetical protein  57.81 
 
 		 191 aa  214  5.9999999999999996e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0628  alanine racemase domain protein  56.25 
 
 		 248 aa  214  8e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0643141 
 
 
-
 
NC_003296  RS01766  hypothetical protein  50 
 
 		 226 aa  208  6e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.720058  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2952  hypothetical protein  49.76 
 
 		 225 aa  205  4e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0415  alanine racemase domain protein  47.09 
 
 		 225 aa  204  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.837437  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2054  alanine racemase domain-containing protein  53.52 
 
 		 229 aa  192  4e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0733965  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2164  alanine racemase domain protein  39.63 
 
 		 219 aa  167  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  44.75 
 
 		 223 aa  167  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  45.21 
 
 		 227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  43.86 
 
 		 231 aa  161  8.000000000000001e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  46.88 
 
 		 213 aa  159  4e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  41.92 
 
 		 231 aa  155  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1352  alanine racemase domain protein  45.66 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3759  hypothetical protein  44.2 
 
 		 238 aa  148  5e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125293  normal  0.217424 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1127  alanine racemase domain-containing protein  39.82 
 
 		 233 aa  148  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0116545  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  39.91 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000900984  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  43.17 
 
 		 244 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6110  alanine racemase domain protein  39.11 
 
 		 244 aa  145  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4142  alanine racemase domain-containing protein  40.44 
 
 		 243 aa  145  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0953  hypothetical protein  42.22 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000358691  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  42.79 
 
 		 232 aa  142  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  42.79 
 
 		 232 aa  141  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2875  alanine racemase domain protein  42.6 
 
 		 234 aa  141  8e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.99771  normal  0.581883 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  42.92 
 
 		 232 aa  141  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0712  alanine racemase domain-containing protein  39.91 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1215  hypothetical protein  37.55 
 
 		 231 aa  140  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.157009  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2919  alanine racemase domain protein  44.35 
 
 		 238 aa  139  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  38.7 
 
 		 230 aa  138  7e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3657  alanine racemase domain-containing protein  37.89 
 
 		 235 aa  138  7e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0664896  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0013  hypothetical protein  39.04 
 
 		 236 aa  138  7.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2937  hypothetical protein  41.23 
 
 		 229 aa  138  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2507  alanine racemase domain protein  44.44 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1630  alanine racemase domain-containing protein  41.52 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00531953 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3817  hypothetical protein  43.75 
 
 		 257 aa  137  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101482  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4812  alanine racemase domain protein  41.15 
 
 		 232 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  40.85 
 
 		 241 aa  137  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0247  hypothetical protein  45.09 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0731  hypothetical protein  45.09 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18938  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  43.75 
 
 		 232 aa  136  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2732  hypothetical protein  40.71 
 
 		 244 aa  135  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.688712  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0699  alanine racemase domain-containing protein  44.64 
 
 		 232 aa  135  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.239195  normal  0.289763 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  37.83 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  41.67 
 
 		 236 aa  135  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4019  alanine racemase domain protein  40.97 
 
 		 270 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.69419  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3628  alanine racemase domain-containing protein  37.99 
 
 		 234 aa  135  6.0000000000000005e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0245801  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1789  alanine racemase domain protein  42.98 
 
 		 246 aa  134  8e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3256  alanine racemase domain-containing protein  40.87 
 
 		 228 aa  134  9e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.902673  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  40 
 
 		 227 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2683  hypothetical protein  44.3 
 
 		 240 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.175356 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0647  alanine racemase domain-containing protein  44 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0621  hypothetical protein  43.75 
 
 		 268 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  37.61 
 
 		 233 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2263  alanine racemase domain protein  41.12 
 
 		 212 aa  133  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3879  hypothetical protein  40.27 
 
 		 239 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3839  alanine racemase domain protein  40 
 
 		 280 aa  132  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  39.74 
 
 		 237 aa  132  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1232  alanine racemase domain-containing protein  37.61 
 
 		 234 aa  132  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  normal  0.432188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5319  hypothetical protein  40.72 
 
 		 228 aa  131  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.213827 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3641  hypothetical protein  36.94 
 
 		 226 aa  131  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3257  alanine racemase domain protein  42.57 
 
 		 246 aa  131  9e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.228038  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0477  hypothetical protein  40.72 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0832  alanine racemase domain-containing protein  38.74 
 
 		 232 aa  130  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.399806  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1555  alanine racemase domain protein  34.23 
 
 		 224 aa  130  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>