205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0285 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 149 aa  295  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  75.68 
 
 		 148 aa  228  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  70.95 
 
 		 148 aa  215  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  66.44 
 
 		 149 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  62.84 
 
 		 149 aa  179  1e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  59.73 
 
 		 160 aa  172  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0178  cyclic nucleotide-binding protein  57.86 
 
 		 138 aa  153  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  37.93 
 
 		 151 aa  95.9  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.93 
 
 		 151 aa  93.6  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  40.46 
 
 		 155 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  39.69 
 
 		 155 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  41.8 
 
 		 151 aa  85.5  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  37.5 
 
 		 150 aa  83.2  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  36.92 
 
 		 151 aa  82.4  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  37.04 
 
 		 161 aa  81.3  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  36.36 
 
 		 163 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  37.82 
 
 		 149 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  32.21 
 
 		 151 aa  78.2  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  37.69 
 
 		 168 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  34.97 
 
 		 147 aa  71.6  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 		 153 aa  70.9  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 		 153 aa  70.9  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  32.45 
 
 		 164 aa  70.9  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  30.67 
 
 		 152 aa  67.8  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.01 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  35.43 
 
 		 159 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  35.29 
 
 		 150 aa  65.5  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  31.34 
 
 		 148 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  31.34 
 
 		 151 aa  62  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  29.93 
 
 		 149 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  29.93 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11563  predicted protein  33.33 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.684972  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  33.33 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  29.71 
 
 		 194 aa  58.9  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.19 
 
 		 211 aa  57.4  0.00000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.4392599999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.35 
 
 		 155 aa  57.4  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  29.93 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  25.5 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 226 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.6 
 
 		 226 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  32.46 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 		 234 aa  53.9  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  29.2 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.17 
 
 		 228 aa  53.5  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  29.36 
 
 		 215 aa  53.5  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 241 aa  53.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.08 
 
 		 222 aa  52.8  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  24.65 
 
 		 155 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.2 
 
 		 219 aa  53.1  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  30.47 
 
 		 225 aa  52  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  28.32 
 
 		 224 aa  52.4  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  29.36 
 
 		 215 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36 
 
 		 257 aa  52.8  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.23 
 
 		 224 aa  52.4  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  24.65 
 
 		 154 aa  52.8  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.95 
 
 		 225 aa  51.6  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 263 aa  51.2  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  31.86 
 
 		 224 aa  51.2  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  25.74 
 
 		 219 aa  50.8  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  29.13 
 
 		 449 aa  50.8  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.07 
 
 		 226 aa  50.4  0.000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.08 
 
 		 225 aa  50.4  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 238 aa  50.4  0.000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12585  hypothetical protein  32.73 
 
 		 583 aa  50.1  0.000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.274213  normal  0.619754 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  26.36 
 
 		 171 aa  50.1  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 		 224 aa  50.1  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.2 
 
 		 224 aa  50.1  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0576  cyclic nucleotide-binding  28.93 
 
 		 211 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.315995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2678  cyclic nucleotide-binding protein  32.67 
 
 		 1017 aa  49.3  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0916435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.51 
 
 		 228 aa  49.7  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  28.21 
 
 		 225 aa  49.3  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2455  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 		 594 aa  49.7  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  23.24 
 
 		 154 aa  49.3  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0161  cyclic nucleotide-binding protein  31.9 
 
 		 583 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 230 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.53 
 
 		 225 aa  48.5  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82287  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit)  29.92 
 
 		 441 aa  48.5  0.00003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.770378 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.46 
 
 		 220 aa  48.5  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  24.37 
 
 		 495 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0586  cyclic nucleotide-binding protein  30.69 
 
 		 211 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 225 aa  48.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3195  cyclic nucleotide-binding protein  35.29 
 
 		 598 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 241 aa  47.8  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0301  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.76 
 
 		 858 aa  47.8  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  25 
 
 		 225 aa  47.8  0.00005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12211  predicted protein  33.71 
 
 		 528 aa  47.8  0.00005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 241 aa  47.4  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.52 
 
 		 215 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.37 
 
 		 228 aa  47.4  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  31.15 
 
 		 435 aa  47.4  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 230 aa  47  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.32 
 
 		 236 aa  47  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  47  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2817  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.44 
 
 		 229 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 214 aa  46.6  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1111  cyclic nucleotide-binding  29.37 
 
 		 729 aa  46.6  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.804267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2392  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.44 
 
 		 230 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0296  cyclic nucleotide-binding protein  31.43 
 
 		 624 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.339618 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>