162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0253 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0253  hypothetical protein  100 
 
 		 220 aa  443  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0043  hypothetical protein  83.18 
 
 		 232 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0473  hypothetical protein  86.3 
 
 		 225 aa  357  7e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.303142  normal  0.215459 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0318  hypothetical protein  83.56 
 
 		 231 aa  342  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.811126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1107  hypothetical protein  65.57 
 
 		 219 aa  253  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1892  hypothetical protein  60.19 
 
 		 218 aa  241  6e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5354  hypothetical protein  61.75 
 
 		 216 aa  238  5e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190586  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1820  hypothetical protein  59.71 
 
 		 218 aa  238  5e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.385222  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4015  putative methyltransferase protein  59.15 
 
 		 215 aa  234  8e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0970  hypothetical protein  58.74 
 
 		 218 aa  231  5e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0363  hypothetical protein  60.29 
 
 		 223 aa  231  7.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3694  putative methyltransferase protein  58.77 
 
 		 217 aa  230  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0640  hypothetical protein  55.19 
 
 		 223 aa  230  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5047  hypothetical protein  59.17 
 
 		 232 aa  228  4e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0078002 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2248  hypothetical protein  59.35 
 
 		 220 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00723109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1972  hypothetical protein  58.26 
 
 		 216 aa  224  6e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1927  hypothetical protein  59.35 
 
 		 216 aa  224  7e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.383798  normal  0.0886446 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0759  hypothetical protein  61.11 
 
 		 219 aa  223  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.580871 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2246  hypothetical protein  53.67 
 
 		 219 aa  218  3.9999999999999997e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0818704 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2961  hypothetical protein  52.58 
 
 		 218 aa  217  8.999999999999998e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.210334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4139  hypothetical protein  55.96 
 
 		 219 aa  211  5.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0573  hypothetical protein  46.48 
 
 		 216 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0557  hypothetical protein  48.84 
 
 		 218 aa  176  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.417048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3080  hypothetical protein  46.08 
 
 		 221 aa  171  7.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.293949  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3181  hypothetical protein  45.59 
 
 		 221 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.169587  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2163  hypothetical protein  51.89 
 
 		 214 aa  167  2e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1878  methyltransferase-like protein  48.1 
 
 		 214 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.627264  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1573  methyltransferase type 12  52.38 
 
 		 222 aa  162  3e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.973711 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1522  methyltransferase small  52.38 
 
 		 222 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000115411 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2946  hypothetical protein  46.48 
 
 		 217 aa  159  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.669539 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2983  hypothetical protein  45.59 
 
 		 221 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.651745  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3111  hypothetical protein  44.29 
 
 		 215 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2021  methyltransferase small  47.67 
 
 		 221 aa  141  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0400913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3122  methyltransferase small  44.72 
 
 		 226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal  0.652615 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1825  methyltransferase small  45.54 
 
 		 219 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0056314 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3352  methyltransferase small  44.72 
 
 		 226 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.054842  hitchhiker  0.00782478 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5022  hypothetical protein  35.97 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0687  hypothetical protein  35.06 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4465  hypothetical protein  36.72 
 
 		 217 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0557  methyltransferase type 12  38.13 
 
 		 219 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0564  methyltransferase type 12  40.62 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.772066 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0546  methyltransferase type 12  38.85 
 
 		 218 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1042  hypothetical protein  39.84 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06680  hypothetical protein  40.74 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3860  methyltransferase type 12  37.5 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.79296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11350  hypothetical protein  38.28 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0604927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1764  hypothetical protein  30.15 
 
 		 232 aa  59.7  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3618  methyltransferase type 12  36.94 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.971669  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3232  Methyltransferase type 11  30 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.74588  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_25153  predicted protein  45.21 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00188354  hitchhiker  0.00255191 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3963  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.35 
 
 		 293 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00574631  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0401  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.35 
 
 		 293 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0130632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3624  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.35 
 
 		 293 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000162524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0400  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.35 
 
 		 293 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0151894  normal  0.0533338 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1319  Lipocalin  31.62 
 
 		 260 aa  53.9  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00248779 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0391  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.53 
 
 		 293 aa  53.5  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000998179  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3938  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.18 
 
 		 293 aa  52.8  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000797733  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3442  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.18 
 
 		 293 aa  52.8  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.116345  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4117  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.53 
 
 		 293 aa  52.8  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0350894  hitchhiker  0.000425949 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3886  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.18 
 
 		 293 aa  52  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.393855  hitchhiker  0.00000257617 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4079  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.18 
 
 		 293 aa  52.4  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0139274  normal  0.0416888 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  53.85 
 
 		 295 aa  51.6  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0395  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.95 
 
 		 293 aa  51.2  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1549  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.38 
 
 		 304 aa  51.2  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0566  ribosomal protein L11 methyltransferase  53.85 
 
 		 296 aa  51.2  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0178303  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0556  ribosomal L11 methyltransferase  29.09 
 
 		 289 aa  51.2  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00516263  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0446  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.95 
 
 		 293 aa  50.4  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119875  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0455  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.18 
 
 		 293 aa  50.8  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000781607  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0331  ribosomal protein L11 methyltransferase  51.92 
 
 		 293 aa  50.4  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0506  ribosomal protein L11 methyltransferase  54.17 
 
 		 293 aa  49.7  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0662184  hitchhiker  0.00329443 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2244  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.97 
 
 		 293 aa  49.3  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.924831  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0515  Methyltransferase type 12  28.46 
 
 		 235 aa  49.3  0.00004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002195  ribosomal protein L11 methyltransferase  53.85 
 
 		 295 aa  49.3  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00271176  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  53.85 
 
 		 294 aa  48.9  0.00006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0527  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.23 
 
 		 289 aa  48.5  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0136  ribosomal L11 methyltransferase  41.18 
 
 		 214 aa  48.5  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000366624  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3687  ribosomal protein L11 methyltransferase  51.92 
 
 		 295 aa  48.5  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.768619  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0503  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.23 
 
 		 289 aa  48.5  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0005  methyltransferase small  26.12 
 
 		 264 aa  48.5  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.125741 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_92679  predicted protein  31.4 
 
 		 216 aa  48.5  0.00009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  54.9 
 
 		 295 aa  48.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4421  ribosomal protein L11 methyltransferase  50 
 
 		 293 aa  48.1  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00260494  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3219  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.89 
 
 		 307 aa  47.8  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607744  hitchhiker  0.0000170628 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0540  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.23 
 
 		 293 aa  48.1  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0635  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.77 
 
 		 311 aa  47.4  0.0002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.312814 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1470  ribosomal protein L11 methyltransferase  47.06 
 
 		 308 aa  47.4  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.456616  unclonable  0.00000118267 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5617  ribosomal L11 methyltransferase  35.06 
 
 		 276 aa  47  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.395097 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1648  ribosomal protein L11 methyltransferase  47.06 
 
 		 308 aa  47.4  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.411566  hitchhiker  0.000715669 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4036  histidine kinase  25.31 
 
 		 221 aa  47  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3637  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.08 
 
 		 297 aa  47  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0187  ribosomal L11 methyltransferase  36.49 
 
 		 258 aa  47  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1852  ribosomal L11 methyltransferase  40.91 
 
 		 282 aa  47.4  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.524439  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2327  ribosomal L11 methyltransferase  51.02 
 
 		 285 aa  47  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1626  hypothetical protein  31.07 
 
 		 231 aa  46.2  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.220792 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3467  methylase  38.46 
 
 		 231 aa  46.6  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2947  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.08 
 
 		 297 aa  46.6  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0239  ribosomal protein L11 methyltransferase  48.08 
 
 		 295 aa  46.6  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0243  ribosomal protein L11 methyltransferase  48.08 
 
 		 295 aa  46.6  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  50 
 
 		 295 aa  46.6  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0475  hypothetical protein  26.52 
 
 		 227 aa  46.2  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0149122 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>