169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0224 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0224  superoxide dismutase copper/zinc binding  100 
 
 
172 aa  342  2e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.504945  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0488  superoxide dismutase, copper/zinc binding  78.49 
 
 
172 aa  264  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2796  copper/Zinc superoxide dismutase  66.86 
 
 
169 aa  232  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.914684 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3597  superoxide dismutase, copper/zinc binding  68.05 
 
 
169 aa  219  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592346  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3067  Superoxide dismutase  55.09 
 
 
175 aa  170  7.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00079657 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3011  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  51.68 
 
 
174 aa  152  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4070  superoxide dismutase copper/zinc binding  54.05 
 
 
171 aa  151  5e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.273253  normal  0.944661 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2865  superoxide dismutase copper/zinc binding  49.32 
 
 
172 aa  143  9e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2345  superoxide dismutase  45.61 
 
 
178 aa  132  3e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0211561  normal  0.0730316 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3135  superoxide dismutase, copper/zinc binding  47.06 
 
 
191 aa  130  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.310957  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3220  superoxide dismutase, copper/zinc binding  42.59 
 
 
173 aa  129  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1634  superoxide dismutase, copper/zinc binding  50.33 
 
 
165 aa  127  7.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2599  superoxide dismutase, copper/zinc binding  45.68 
 
 
239 aa  124  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00595972  normal  0.45771 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5046  superoxide dismutase, Cu-Zn  43.26 
 
 
179 aa  122  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4777  superoxide dismutase, Cu-Zn  43.26 
 
 
179 aa  121  5e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4617  superoxide dismutase, Cu-Zn  43.26 
 
 
179 aa  121  5e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4639  superoxide dismutase, Cu-Zn  43.26 
 
 
179 aa  121  5e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5139  superoxide dismutase, Cu-Zn  43.26 
 
 
179 aa  121  5e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5018  superoxide dismutase, Cu-Zn  43.26 
 
 
165 aa  121  5e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5051  superoxide dismutase, Cu-Zn  43.26 
 
 
179 aa  121  5e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1782  copper/Zinc superoxide dismutase  48.25 
 
 
156 aa  120  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0454  superoxide dismutase, copper/zinc binding  48.3 
 
 
190 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101401  normal  0.041937 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0195  superoxide dismutase, Cu-Zn  41.84 
 
 
179 aa  119  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4729  superoxide dismutase copper/zinc binding  41.84 
 
 
179 aa  118  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4681  Superoxide dismutase  46.05 
 
 
208 aa  117  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1161  superoxide dismutase copper/zinc binding  43.87 
 
 
171 aa  117  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.552065  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0442  superoxide dismutase, copper/zinc binding  47.26 
 
 
185 aa  117  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.039325  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1796  putative copper/Zinc superoxide dismutase  46.58 
 
 
185 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.749298  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5039  superoxide dismutase, Cu-Zn  41.13 
 
 
179 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.792086  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0702  superoxide dismutase copper/zinc binding  47.89 
 
 
172 aa  116  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123655  normal  0.846065 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3518  superoxide dismutase copper/zinc binding  37.87 
 
 
180 aa  116  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4523  superoxide dismutase  45.45 
 
 
510 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1699  superoxide dismutase copper/zinc binding  43.71 
 
 
176 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000210654  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1009  superoxide dismutase copper/zinc binding  43.23 
 
 
171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.814161 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0817  superoxide dismutase, copper/zinc binding  40.12 
 
 
226 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.509975  decreased coverage  0.0003056 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2943  copper/Zinc superoxide dismutase  42.14 
 
 
172 aa  112  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.171551  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3942  superoxide dismutase copper/zinc binding  40.62 
 
 
212 aa  111  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00379903  normal  0.128954 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4338  copper/Zinc superoxide dismutase  45.86 
 
 
180 aa  110  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1900  superoxide dismutase, copper/zinc binding  38.25 
 
 
185 aa  110  9e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.370601  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1561  superoxide dismutase copper/zinc binding  39.53 
 
 
172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.639151  normal  0.731272 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3819  superoxide dismutase copper/zinc binding  40.38 
 
 
179 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.130006  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1610  Superoxide dismutase  41.78 
 
 
184 aa  107  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3827  superoxide dismutase  36.11 
 
 
173 aa  107  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0122  superoxide dismutase copper/zinc binding  40.13 
 
 
179 aa  107  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2368  superoxide dismutase Cu-Zn precursor protein  43.95 
 
 
182 aa  105  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0422357 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2872  superoxide dismutase copper/zinc binding  42.07 
 
 
169 aa  106  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0217452 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1980  superoxide dismutase, copper/zinc binding  41.29 
 
 
183 aa  105  2e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0783595 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03561  superoxide dismutase  44.44 
 
 
203 aa  105  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2757  superoxide dismutase, copper/zinc binding  53.1 
 
 
191 aa  105  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00492325  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3554  superoxide dismutase  38.95 
 
 
171 aa  103  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642978  normal  0.247145 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3343  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  37.21 
 
 
210 aa  103  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0409606 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3711  superoxide dismutase copper/zinc binding  43.18 
 
 
180 aa  103  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0124  superoxide dismutase copper/zinc binding  42.86 
 
 
189 aa  102  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0952022 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0125  superoxide dismutase copper/zinc binding  43.54 
 
 
206 aa  102  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.100957 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0852  superoxide dismutase, copper/zinc binding  46.48 
 
 
183 aa  102  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03563  superoxide dismutase  39.22 
 
 
200 aa  100  8e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2177  superoxide dismutase copper/zinc binding  41.72 
 
 
183 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.462725  normal  0.0481765 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0906  superoxide dismutase, Cu/Zn  40.11 
 
 
192 aa  99.8  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.381444  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3449  superoxide dismutase, copper/zinc binding  37.82 
 
 
180 aa  99  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.00000937306 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1626  superoxide dismutase, copper/zinc binding  39.66 
 
 
177 aa  98.2  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2380  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  38.1 
 
 
220 aa  98.2  5e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2581  superoxide dismutase copper/zinc binding  42.38 
 
 
183 aa  97.8  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152888  normal  0.324375 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1880  superoxide dismutase copper/zinc binding  37.75 
 
 
175 aa  96.7  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2057  superoxide dismutase, copper/zinc binding  37.75 
 
 
175 aa  96.7  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0494601  normal  0.319354 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4679  superoxide dismutase copper/zinc binding  35.22 
 
 
201 aa  97.1  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4310  superoxide dismutase copper/zinc binding  35.22 
 
 
201 aa  97.1  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.366806  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12203  Copper/Zinc superoxide dismutase  38.78 
 
 
194 aa  95.9  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.348099  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4059  superoxide dismutase copper/zinc binding  36.93 
 
 
214 aa  96.3  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.453641  normal  0.169503 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01616  superoxide dismutase, Cu, Zn  37.64 
 
 
173 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00181178  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1994  Superoxide dismutase  37.64 
 
 
173 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374216  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2358  superoxide dismutase  37.64 
 
 
173 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000359959  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1983  superoxide dismutase  37.64 
 
 
178 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0141955  hitchhiker  0.00119703 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1838  superoxide dismutase  37.64 
 
 
173 aa  95.9  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.159694  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1723  superoxide dismutase  37.64 
 
 
173 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.335611  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1857  superoxide dismutase  37.64 
 
 
173 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.195407  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01606  hypothetical protein  37.64 
 
 
173 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00112048  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1552  superoxide dismutase  37.64 
 
 
173 aa  95.1  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0496165  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4761  superoxide dismutase, copper/zinc binding  35.43 
 
 
179 aa  95.1  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.271734  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4827  superoxide dismutase copper/zinc binding  35.22 
 
 
201 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.661461  normal  0.600787 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2833  superoxide dismutase copper/zinc binding  35.19 
 
 
177 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0916793  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1610  superoxide dismutase  35.96 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.815221 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2378  superoxide dismutase copper/zinc binding  35.26 
 
 
177 aa  88.2  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1903  superoxide dismutase  35.96 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.292339  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1537  superoxide dismutase  35.96 
 
 
173 aa  87.8  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.19125  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1550  superoxide dismutase  35.96 
 
 
173 aa  87.8  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0659  superoxide dismutase, Cu-Zn  34.07 
 
 
174 aa  87  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4195  superoxide dismutase copper/zinc binding  32.22 
 
 
210 aa  86.7  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0703  superoxide dismutase, Cu-Zn  32.6 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0659  superoxide dismutase, Cu-Zn  32.6 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1734  superoxide dismutase  35.39 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0827551  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2653  superoxide dismutase, copper/zinc binding  40.14 
 
 
182 aa  85.1  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.792961  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1801  superoxide dismutase  37.06 
 
 
172 aa  85.1  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0159903  normal  0.0303591 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1186  superoxide dismutase, Cu-Zn  33.94 
 
 
171 aa  85.1  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08070  superoxide dismutase (Cu-Zn)  36.24 
 
 
158 aa  84.3  8e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000475437  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2125  superoxide dismutase, copper/zinc binding  36.2 
 
 
170 aa  84.3  8e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0013475  normal  0.0132534 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2101  superoxide dismutase copper/zinc binding  33.15 
 
 
174 aa  84  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.651227  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2024  superoxide dismutase, copper/zinc binding  36.99 
 
 
170 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000023752  hitchhiker  0.00000198076 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1951  superoxide dismutase, copper/zinc binding protein  36.99 
 
 
170 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0285693  hitchhiker  0.00191784 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2022  superoxide dismutase (Cu-Zn)  32.56 
 
 
170 aa  82.8  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1507  superoxide dismutase precursor (Cu-Zn)  34.21 
 
 
178 aa  82.4  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.814898  normal  0.841266 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>