41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0193 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0195  aminoglycoside phosphotransferase  100 
 
 		 795 bp  1576    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000752934  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0194    100 
 
 		 327 bp  648    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0193    100 
 
 		 3052 bp  6050    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  unclonable  0.000000152133  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3721  aminoglycoside 3'-phosphotransferase  98.99 
 
 		 795 bp  1513    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0529  hypothetical protein  88.94 
 
 		 792 bp  519  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0287  hypothetical protein  87.95 
 
 		 792 bp  478  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0137467 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0200  hypothetical protein  89.42 
 
 		 816 bp  357  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0386  putative transport protein  87.5 
 
 		 792 bp  309  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.631786 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0413  hypothetical protein  87.18 
 
 		 792 bp  301  6e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.229598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0551  hypothetical protein  87.18 
 
 		 816 bp  301  6e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2043  hypothetical protein  85.31 
 
 		 786 bp  145  8.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.28558  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4182  hypothetical protein  90.77 
 
 		 771 bp  81.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.253743  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1717  aminoglycoside phosphotransferase  95.56 
 
 		 804 bp  73.8  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4550  hypothetical protein  100 
 
 		 711 bp  71.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00145642 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4482  protein of unknown function UPF0005  97.44 
 
 		 711 bp  69.9  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2693  aminoglycoside phosphotransferase  91.84 
 
 		 792 bp  65.9  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.876153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3673  hypothetical protein  97.22 
 
 		 711 bp  63.9  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.915645 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0100  hypothetical protein  88.33 
 
 		 783 bp  63.9  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.179512  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3734  protein of unknown function UPF0005  86.57 
 
 		 729 bp  61.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2134  protein of unknown function UPF0005  93.02 
 
 		 708 bp  61.9  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00000000183428  normal  0.170874 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1395  hypothetical protein  92.68 
 
 		 759 bp  58  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.681625  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2951  aminoglycoside phosphotransferase  90.91 
 
 		 798 bp  56  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0863477  normal  0.942803 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0131    100 
 
 		 354 bp  56  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.825654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0538  hypothetical protein  86.67 
 
 		 687 bp  56  0.00006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5468  hypothetical protein  87.5 
 
 		 825 bp  56  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1579  transposon Tn3 resolvase  100 
 
 		 558 bp  56  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.159821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0047    100 
 
 		 153 bp  56  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000130394  normal  0.301815 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3983  hypothetical protein  90.7 
 
 		 711 bp  54  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3093  integral membrane protein  100 
 
 		 714 bp  54  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.718082  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0927  protein of unknown function UPF0005  92.31 
 
 		 708 bp  54  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.441127 
 
 
-
 
NC_004310  BR0088  hypothetical protein  84.85 
 
 		 738 bp  52  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0086  hypothetical protein  84.85 
 
 		 738 bp  52  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1913  hypothetical protein  88 
 
 		 780 bp  52  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.841584  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7161  protein of unknown function UPF0005  88.89 
 
 		 711 bp  50.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147509  normal  0.897358 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2225  protein of unknown function UPF0005  93.94 
 
 		 768 bp  50.1  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0352825 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1889  hypothetical protein  86.79 
 
 		 741 bp  50.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0536  hypothetical protein  86.79 
 
 		 741 bp  50.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1019  hypothetical protein  79.19 
 
 		 771 bp  50.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.219255  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2268  hypothetical protein  93.94 
 
 		 885 bp  50.1  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.476385 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3076  hypothetical protein  96.55 
 
 		 738 bp  50.1  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0671  hypothetical protein  86.79 
 
 		 741 bp  50.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.435313  decreased coverage  0.00362929 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>