288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0162 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0162  rRNA large subunit methyltransferase  100 
 
 		 160 aa  318  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0256  rRNA large subunit methyltransferase  86.25 
 
 		 160 aa  266  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0568  rRNA large subunit methyltransferase  85 
 
 		 185 aa  261  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0416  rRNA large subunit methyltransferase  73.12 
 
 		 160 aa  237  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.852231 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0164  rRNA large subunit methyltransferase  76.88 
 
 		 160 aa  236  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0523  rRNA large subunit methyltransferase  74.21 
 
 		 160 aa  235  2e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.238061  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0447  rRNA large subunit methyltransferase  72.33 
 
 		 160 aa  226  1e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399021  normal  0.903772 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4731  rRNA large subunit methyltransferase  58.49 
 
 		 162 aa  181  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14241  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0100  rRNA large subunit methyltransferase  58.13 
 
 		 164 aa  175  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.465557 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4221  rRNA large subunit methyltransferase  54.72 
 
 		 162 aa  174  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.567617  normal  0.0594421 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1059  rRNA large subunit methyltransferase  53.12 
 
 		 160 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3883  rRNA large subunit methyltransferase  50.31 
 
 		 160 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.320389  normal  0.0327662 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4207  rRNA large subunit methyltransferase  49.69 
 
 		 160 aa  159  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0647  rRNA large subunit methyltransferase  52.83 
 
 		 160 aa  158  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0130752 
 
 
-
 
NC_004310  BR1840  rRNA large subunit methyltransferase  49.43 
 
 		 174 aa  154  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1773  rRNA large subunit methyltransferase  50.3 
 
 		 169 aa  154  6e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1475  hypothetical protein  48.75 
 
 		 160 aa  154  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.710814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4277  rRNA large subunit methyltransferase  48.75 
 
 		 160 aa  153  7e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3014  rRNA large subunit methyltransferase  49.38 
 
 		 160 aa  150  8.999999999999999e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0634983  normal  0.903693 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2933  rRNA large subunit methyltransferase  49.38 
 
 		 170 aa  149  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0866  rRNA large subunit methyltransferase  51.57 
 
 		 155 aa  146  9e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0155  rRNA large subunit methyltransferase  50.31 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2061  rRNA large subunit methyltransferase  55 
 
 		 160 aa  145  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2517  rRNA large subunit methyltransferase  51.57 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2526  rRNA large subunit methyltransferase  50.94 
 
 		 155 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.631198  normal  0.935869 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2564  rRNA large subunit methyltransferase  53.75 
 
 		 165 aa  144  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00528144 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2289  rRNA large subunit methyltransferase  53.75 
 
 		 165 aa  144  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.080755 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2505  rRNA large subunit methyltransferase  48.43 
 
 		 156 aa  144  7.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3453  rRNA large subunit methyltransferase  49.06 
 
 		 159 aa  139  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2246  rRNA large subunit methyltransferase  55 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.37412  normal  0.418544 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0322  rRNA large subunit methyltransferase  42.14 
 
 		 160 aa  135  2e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0088  rRNA large subunit methyltransferase  45.91 
 
 		 156 aa  132  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0114414  normal  0.53865 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2794  hypothetical protein  44.65 
 
 		 156 aa  126  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2545  hypothetical protein  44.03 
 
 		 140 aa  117  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146464  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4722  rRNA large subunit methyltransferase  43.4 
 
 		 154 aa  115  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.108427 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1235  hypothetical protein  41.88 
 
 		 152 aa  115  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0057  hypothetical protein  41.51 
 
 		 141 aa  113  8.999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0378  hypothetical protein  46.1 
 
 		 137 aa  110  7.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0576  hypothetical protein  40.25 
 
 		 142 aa  104  5e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262239 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0291  protein of unknown function DUF163  35.29 
 
 		 160 aa  103  1e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0186032  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3202  hypothetical protein  40.62 
 
 		 154 aa  100  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  2.69553e-19  unclonable  6.7014e-24 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1082  protein of unknown function DUF163  40.76 
 
 		 152 aa  100  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0655  protein of unknown function DUF163  33.33 
 
 		 157 aa  98.6  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08411  hypothetical protein  31.65 
 
 		 157 aa  98.2  4e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2326  rRNA large subunit methyltransferase  34.55 
 
 		 159 aa  97.8  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000881248  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2576  hypothetical protein  37.97 
 
 		 156 aa  97.4  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709351  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1551  hypothetical protein  39.38 
 
 		 158 aa  97.1  8e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.923861  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1993  rRNA large subunit methyltransferase  42.86 
 
 		 156 aa  97.1  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350093  normal  0.83098 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0613  rRNA large subunit methyltransferase  46.15 
 
 		 147 aa  96.3  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0360  rRNA large subunit methyltransferase  32.12 
 
 		 159 aa  97.1  1e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.615006  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1242  rRNA large subunit methyltransferase  48.08 
 
 		 135 aa  96.7  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1287  hypothetical protein  38.36 
 
 		 144 aa  96.3  2e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2393  rRNA large subunit methyltransferase  41.61 
 
 		 156 aa  95.5  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0024  rRNA large subunit methyltransferase  32.12 
 
 		 159 aa  95.1  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000287275  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0024  hypothetical protein  38.36 
 
 		 146 aa  95.5  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.820161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0024  rRNA large subunit methyltransferase  32.12 
 
 		 159 aa  95.1  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000337367  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3859  protein of unknown function DUF163  38.61 
 
 		 154 aa  94.7  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.161132 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0291  rRNA large subunit methyltransferase  29.7 
 
 		 159 aa  94.4  6e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.191259  normal  0.200135 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2090  rRNA large subunit methyltransferase  33.33 
 
 		 157 aa  94  7e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0556  rRNA large subunit methyltransferase  29.7 
 
 		 159 aa  94  7e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16031  hypothetical protein  36.77 
 
 		 150 aa  93.6  9e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3208  hypothetical protein  39.87 
 
 		 153 aa  93.2  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0200038  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3775  protein of unknown function DUF163  37.97 
 
 		 154 aa  93.6  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000455884  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3630  protein of unknown function DUF163  35.44 
 
 		 153 aa  92.4  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000133759  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0979  rRNA large subunit methyltransferase  39.63 
 
 		 156 aa  92.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0544  protein of unknown function DUF163  36.71 
 
 		 155 aa  92.8  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2195  rRNA large subunit methyltransferase  41.61 
 
 		 156 aa  91.7  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5626  rRNA large subunit methyltransferase  40 
 
 		 156 aa  91.7  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2216  rRNA large subunit methyltransferase  39.38 
 
 		 156 aa  91.7  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2337  rRNA large subunit methyltransferase  39.38 
 
 		 156 aa  91.3  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.390809  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2322  rRNA large subunit methyltransferase  39.38 
 
 		 156 aa  90.9  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.810756  normal  0.749932 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0233  hypothetical protein  37.5 
 
 		 153 aa  90.9  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.585462  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2080  rRNA large subunit methyltransferase  36.42 
 
 		 155 aa  90.9  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1687  rRNA large subunit methyltransferase  39.38 
 
 		 156 aa  90.9  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2299  rRNA large subunit methyltransferase  39.38 
 
 		 156 aa  90.9  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1183  hypothetical protein  36.48 
 
 		 144 aa  90.9  7e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2291  hypothetical protein  38.22 
 
 		 155 aa  90.5  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0244  protein of unknown function DUF163  38.99 
 
 		 153 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.998147  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0027  rRNA large subunit methyltransferase  31.93 
 
 		 159 aa  90.1  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000611129  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0845  protein of unknown function DUF163  37.04 
 
 		 155 aa  90.1  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0190186 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2927  rRNA large subunit methyltransferase  29.09 
 
 		 159 aa  90.1  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2610  rRNA large subunit methyltransferase  29.09 
 
 		 159 aa  90.1  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2139  hypothetical protein  37.65 
 
 		 154 aa  90.1  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.895316  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0073  protein of unknown function DUF163  34.73 
 
 		 159 aa  89.4  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00804321  normal  0.0154947 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1622  rRNA large subunit methyltransferase  29.7 
 
 		 159 aa  89  2e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0255  protein of unknown function DUF163  38.99 
 
 		 153 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0353542  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2069  rRNA large subunit methyltransferase  36.81 
 
 		 156 aa  89.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.608211  normal  0.214177 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3612  hypothetical protein  36.08 
 
 		 152 aa  89.4  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000547821  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1077  protein of unknown function DUF163  32.26 
 
 		 154 aa  89  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3264  rRNA large subunit methyltransferase  36.81 
 
 		 156 aa  89  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_2001  rRNA large subunit methyltransferase  33.95 
 
 		 159 aa  88.6  3e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.554964  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3345  hypothetical protein  37.58 
 
 		 159 aa  88.6  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0130226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19420  hypothetical protein  32.1 
 
 		 156 aa  88.6  3e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000114035 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2529  rRNA large subunit methyltransferase  30.18 
 
 		 159 aa  88.2  5e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000224859  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09451  hypothetical protein  35.48 
 
 		 145 aa  87.8  5e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.499948  normal  0.0862143 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1296  rRNA large subunit methyltransferase  36.2 
 
 		 156 aa  87.8  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433807  normal  0.073248 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0362  hypothetical protein  34.38 
 
 		 156 aa  87.8  6e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2894  protein of unknown function DUF163  30.72 
 
 		 159 aa  87.4  7e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.577579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3199  rRNA large subunit methyltransferase  39.51 
 
 		 155 aa  87.4  7e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0492492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1379  rRNA large subunit methyltransferase  38.75 
 
 		 156 aa  87.4  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.588338  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>