More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0137 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1384  hydrogenases, Fe-only  57.07 
 
 		 606 aa  691    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2502  iron-containing hydrogenase, Hyd gamma  56.06 
 
 		 598 aa  672    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  100 
 
 		 619 aa  1271    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  45.12 
 
 		 581 aa  520  1e-146  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  44.58 
 
 		 582 aa  518  1.0000000000000001e-145  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  44.43 
 
 		 579 aa  513  1e-144  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  43.78 
 
 		 582 aa  508  9.999999999999999e-143  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  45.41 
 
 		 573 aa  492  9.999999999999999e-139  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  44.94 
 
 		 583 aa  491  1e-137  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  44.92 
 
 		 578 aa  491  1e-137  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  43.52 
 
 		 582 aa  487  1e-136  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  43.64 
 
 		 574 aa  488  1e-136  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  44.52 
 
 		 574 aa  486  1e-136  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  44.56 
 
 		 573 aa  486  1e-136  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  44.26 
 
 		 585 aa  478  1e-133  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  43.13 
 
 		 573 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  43.27 
 
 		 580 aa  471  1.0000000000000001e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  42.71 
 
 		 593 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  42.49 
 
 		 594 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  45.19 
 
 		 590 aa  466  9.999999999999999e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1633  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  43.43 
 
 		 585 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000469619  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  42.78 
 
 		 573 aa  466  9.999999999999999e-131  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  42.96 
 
 		 573 aa  467  9.999999999999999e-131  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  42.88 
 
 		 578 aa  464  1e-129  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1605  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  42.93 
 
 		 585 aa  464  1e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  42.51 
 
 		 666 aa  464  1e-129  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  41.11 
 
 		 586 aa  464  1e-129  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  43.5 
 
 		 582 aa  462  9.999999999999999e-129  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  43.11 
 
 		 582 aa  457  1e-127  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  43.2 
 
 		 576 aa  457  1e-127  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  43 
 
 		 582 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  42.71 
 
 		 577 aa  449  1e-125  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  42.71 
 
 		 587 aa  444  1e-123  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  43.66 
 
 		 569 aa  445  1e-123  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  42.41 
 
 		 578 aa  441  9.999999999999999e-123  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1548  hydrogenase, Fe-only  43.05 
 
 		 615 aa  429  1e-119  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  42.83 
 
 		 570 aa  432  1e-119  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3601  hydrogenase, Fe-only  40.71 
 
 		 587 aa  428  1e-118  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  39.35 
 
 		 625 aa  425  1e-117  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2436  (Fe) hydrogenase, large subunit HymC, putative  41.07 
 
 		 563 aa  420  1e-116  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000128912  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  37.9 
 
 		 601 aa  421  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1544  hydrogenase, Fe-only  40.73 
 
 		 581 aa  419  9.999999999999999e-116  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557218 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  45.26 
 
 		 527 aa  411  1e-113  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0533  hydrogenase, Fe-only  37.99 
 
 		 582 aa  408  1.0000000000000001e-112  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0310904  normal  0.240554 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  38.97 
 
 		 596 aa  404  1e-111  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  37.87 
 
 		 566 aa  403  1e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  38.29 
 
 		 562 aa  397  1e-109  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  44.04 
 
 		 520 aa  394  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  38.3 
 
 		 567 aa  394  1e-108  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  38.2 
 
 		 572 aa  389  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0168  hydrogenase, Fe-only  44.81 
 
 		 513 aa  388  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.191335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  37.68 
 
 		 572 aa  384  1e-105  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2159  hydrogenase, Fe-only  37 
 
 		 582 aa  383  1e-105  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16530  hydrogenase, Fe-only  37.78 
 
 		 569 aa  382  1e-104  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.143158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0290  hydrogenase, Fe-only  42.8 
 
 		 549 aa  382  1e-104  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0157  hydrogenase, Fe-only  45.04 
 
 		 523 aa  376  1e-103  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.434937  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  38.15 
 
 		 667 aa  362  9e-99  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  38.78 
 
 		 659 aa  353  7e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  35.98 
 
 		 653 aa  343  5.999999999999999e-93  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  35.51 
 
 		 666 aa  339  7e-92  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  40.09 
 
 		 644 aa  335  1e-90  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  43.71 
 
 		 458 aa  332  1e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  36.95 
 
 		 645 aa  322  1.9999999999999998e-86  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  36.95 
 
 		 645 aa  321  3e-86  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  39.07 
 
 		 460 aa  316  9e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  37.82 
 
 		 1150 aa  310  4e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1076  [Fe] hydrogenase  37.25 
 
 		 696 aa  309  8e-83  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.723256  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  46.06 
 
 		 387 aa  306  5.0000000000000004e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  36.82 
 
 		 696 aa  303  8.000000000000001e-81  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2056  hydrogenase, Fe-only  37.64 
 
 		 644 aa  298  2e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000410653  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  44.53 
 
 		 439 aa  296  9e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0848  hydrogenases, Fe-only  41 
 
 		 417 aa  283  7.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0711  response regulator receiver protein  40.4 
 
 		 410 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312278  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3250  hydrogenases, Fe-only  40.15 
 
 		 410 aa  270  4e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.644479  hitchhiker  0.0000163586 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3920  periplasmic Fe hydrogenase, large subunit  40.05 
 
 		 410 aa  266  8e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1503  hydrogenase, Fe-only  40.72 
 
 		 418 aa  258  3e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349556  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1386  hydrogenases, Fe-only  37.84 
 
 		 421 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.999103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0081  ferredoxin hydrogenase  37.19 
 
 		 421 aa  243  7e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33837  predicted protein  30.88 
 
 		 473 aa  167  5.9999999999999996e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.40604 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0310  ferredoxin hydrogenase  30.32 
 
 		 462 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2274  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.61 
 
 		 956 aa  148  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.217783 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.25 
 
 		 1000 aa  147  5e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.53 
 
 		 984 aa  147  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0555  formate dehydrogenase subunit alpha  38.84 
 
 		 957 aa  147  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.358497 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.77 
 
 		 948 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.19 
 
 		 898 aa  145  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.61 
 
 		 979 aa  145  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  38.07 
 
 		 984 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.1 
 
 		 948 aa  145  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.07 
 
 		 984 aa  144  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.07 
 
 		 984 aa  144  4e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.07 
 
 		 984 aa  144  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.67 
 
 		 944 aa  144  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.07 
 
 		 984 aa  144  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.07 
 
 		 984 aa  144  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.07 
 
 		 984 aa  144  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0619  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.43 
 
 		 956 aa  144  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.961077  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.25 
 
 		 949 aa  144  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4024  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.56 
 
 		 966 aa  143  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.68 
 
 		 893 aa  142  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>